You can set this as the Jacobian routine.<br><br><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/SNES/SNESDefaultComputeJacobianColor.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/SNES/SNESDefaultComputeJacobianColor.html</a><br>
<br>This example, cited in the link above, creates a coloring.<br><br><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex45.c.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex45.c.html</a><div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 10, 2012 at 5:13 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:panourg@mech.upatras.gr" target="_blank">panourg@mech.upatras.gr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
It makes sense because i want to compute the preconditioner only per some<br>
time steps of my finite element code whereas in other times step<br>
(non-linear systems) i dont compute the prec and only the mf works using<br>
the same prec from previous step.<br>
<br>
Finally, could you tell me a source with all these functions so that i can<br>
solve my problem?<br>
<br>
Thanks<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
> On Wed, Oct 10, 2012 at 4:33 PM, <<a href="mailto:panourg@mech.upatras.gr">panourg@mech.upatras.gr</a>> wrote:<br>
><br>
>> What do you mean when you say that i do not use a matrix free method at<br>
>> all?<br>
>><br>
>> With matrix-free method only the operator is "free". Not the<br>
>> preconditioning matrix.<br>
>><br>
><br>
> Yes, but if you are assembling the Jacobian using coloring, but then only<br>
> using it as a preconditioner and using a separate matrix-free finite<br>
> differencing step to apply the operator, then you are just goofing off. Of<br>
> course you can do it, but it doesn't make sense.<br>
><br>
><br>
>><br>
>> For this i always set -snes_mf_operator option.<br>
>><br>
>> Either way is any way to have preconditioner without forming the its<br>
>> prec<br>
>> matrix??<br>
>><br>
>><br>
> Sure, but you have to understand the problem, e.g., multilevel structure,<br>
> plane waves, an embedded discretization. If you want to use PETSc's<br>
> automatic preconditioners instead of rolling your own, then you should<br>
> assemble the operator.<br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>