On Sat, Oct 6, 2012 at 4:19 PM, TAY wee-beng <span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">May I know where can I find all the options for GAMG? I can't find
    it in the manual.<br></div></blockquote><div><br></div><div>As always, run with -help. The options for GAMG specifically are controlled under the prefix -pc_gamg_*. The smoothers  and coarse grid solvers are configured under -mg_levels_*.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    I also used -info for the GAMG and what does these mean:<br>
    <br>
    1. [9] MatAssemblyBegin_MPIAIJ(): Stash has 14396 entries, uses 1
    mallocs </div></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    How serious is this? Does it mean there's a lot of mallocs going on?
    Do I correct this by using higher d_nz and o_nz?<br></div></blockquote><div><br></div><div>No, the stash holds entries that are stored on a different process from where you assemble. Assembling some values off-process is common for finite element discretizations, for example. Less than one percent of the values are assembled off-process, which is fine.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    2. [4] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 112785 X 112785;
    storage space: 0 unneeded,3628127 used<br>
    [4] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues()
    is 0<br>
    [4] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 59<br>
    <br>
    When I use MatCreateAIJ, my d_nz and o_nz are both 7. If the row is
    59, does it mean that my d_nz and o_nz are too small. Must I set it
    to the maximum nonzeros given by -info?<br></div></blockquote><div><br></div><div>Either this line is not the first assembly or you didn't pass 7. If you don't want to use extra memory, you should preallocate exactly, otherwise it is better to over-estimate than to under-estimate.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    3. [0] MatSetOption_SeqAIJ(): Option STRUCTURALLY_SYMMETRIC ignored<br>
    <br>
    My Poisson matrix is symmetrical, so why is it ignored?</div></blockquote></div><br><div>This is a bad info message. That option is handled at a higher level. I'll fix it.</div>