On Thu, Sep 27, 2012 at 2:01 PM, Zou (Non-US), Ling <span dir="ltr"><<a href="mailto:ling.zou@inl.gov" target="_blank">ling.zou@inl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<font face="arial, helvetica, sans-serif">Dear all,</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I have a question on the PETSc option '-snes_mf_operator'.</font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am reading the    <PETSc Users Manual Revision 3.3>. On page 100, 2nd paragraph, it says:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">==============================================================================</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">"However, it
allows us to check the analytic Jacobian we construct in FormJacobian() by passing the -snes_mf_operator flag. This causes PETSc to approximate the Jacobian using finite differencing of the function
evaluation (discussed in section <span style="color:rgb(255,0,0)">5.6), </span>and the analytic Jacobian becomes merely the preconditioner."</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">==============================================================================</font></div>


                
        
        
                <p><font face="arial, helvetica, sans-serif">I wonder, if the '-snes_mf_operator' option is used, the Jacobian will always be calculated from the finite difference method while ignore whatever has been provided from user.</font></p>
</blockquote><div>Yes, yhe action will be FD, but it will take the user provided operator to form a preconditioner from.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<p><font face="arial, helvetica, sans-serif">One more question, if I pass '-snes' to PETSc, since it is direct Newton's method, I assume it will explicitly construct a Jacobian. Does this Jacobian come from user provided Jacobian or from the finite difference Jacobian?</font></p>

<p><br></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks,</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">Ling</font></p><div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>