Dear Matt,<div><br></div><div>Thanks again for helping me on the '-snes_type test' issue. This is a great tool which helped us make really good progress recently.</div><div><br></div><div>I have couple of more questions about the '-snes_type test'. From my understanding, this finite difference method is based on a tiny perturbation from a base solution vector. This base solution vector, from my observation, seems to be [1, 1, 1, ....].  However, this solution vector sometimes is very far from real physics, which causes issue, for example a dependent pressure variable get negative value.</div>
<div><br></div><div>I wonder,</div><div>1), if this [1, 1, 1, ...] base solution vector is always used during the real simulation, for example when using the finite difference preconditioner. Or this base solution vector will change as solution gets updated?</div>
<div>2), is it possible to choose a different base solution, for example, [1000, 1000, 1000, 10, 10, 10, 1.e9, 1.e9, 1.e9] as the base solution vector when using the '-snes_type test'  option to test my hand-coded Jacobian.</div>
<div><br></div><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Ling</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
Ling</blockquote><div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 5, 2012 at 11:35 AM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">On Wed, Sep 5, 2012 at 12:24 PM, Zou (Non-US), Ling <span dir="ltr"><<a href="mailto:ling.zou@inl.gov" target="_blank">ling.zou@inl.gov</a>></span> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><div class="im">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear All,<br>
<br>
I am trying to use the option '-snes_type test' to test my coded<br>
Jacobian. I tested with different snes options and it gives me<br>
different answers. I wonder if someone could give me a hint what is<br>
wrong with my settings.<br>
<br>
The command line looks like this:<br>
./my-code-opt -i test.i -snes_type test -snes_test_display<br>
<br>
1), when using 'petsc_option = -snes' in my input file, it says the<br>
Finite difference Jacobian is very different than the Hand-coded<br>
Jacobian<br></blockquote><div><br></div></div><div>This means your hand-coded routine is likely wrong.</div><div class="im"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

2), when using 'petsc_option = -snes_fd' in my input file, it says the<br>
Finite difference Jacobian is idential to the Hand-coded Jacobian<br></blockquote><div><br></div></div><div>snes_fd replaces your hand-coded routine with our FD routine, so it</div><div>is of course the same as our FD routine.</div>
<div class="im">
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
3), when using 'petsc_option = -snes_mf_operator', it gives error messages like:<br>
"Invalid argument! Cannot test with alternative preconditioner!"<br></blockquote><div><br></div></div><div>This is inappropriate for testing.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Thanks in advance.<br>
<span><font color="#888888"><br>
Ling<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
</font></span></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>

-- Norbert Wiener<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>