<div><div>>On Sep 9, 2012, at 12:02 PM, Satish Balay <balay at mcs.anl.gov> wrote:</div><div><br></div><div>>> On Sun, 9 Sep 2012, Barry Smith wrote:</div><div>> ></div><div>>> ></div><div>>> >On Sep 9, 2012, at 7:55 AM, Matthew Knepley <knepley at gmail.com> wrote:</div><div>>>> </div><div>>>> >On Sun, Sep 9, 2012 at 12:31 AM, Satish Balay <balay at mcs.anl.gov> wrote:</div><div>>>>>> ncgentab.c:(.text+0x1e2): undefined reference to `yyunput'</div><div>>> ></div><div>>>  > Satish,</div><div>>>> </div><div>>>
>  Weird undefined symbols like yyunput are always a result of flex issues. </div><div>>> ></div><div>>>   > Could you please make the same changes to netcdf.py that you made to the other package that used flex (which resolved the problem there).</div><div>>> </div><div>> >In this case netcdf has its own configure - and does its own search for flex etc.</div><div>> ></div><div>>>>> ></div><div>> >checking for flex... flex</div><div>> >checking lex output file root... lex.yy</div><div>> >checking lex library... -lfl</div><div>> ><<<</div><div>> ></div><div>>> So the tools appear to be found. And I don't see them being used</div><div>> >further down [in configure.log].</div><div><br></div><div>  > Agreed. It seems some of the processing is lost; perhaps netcdf build tools do not properly display everything >they are doing</div><div><br></div><div>  > Note the use of .l files and the symbol yyunput which is very specific to flex. </div><div>>
</div><div>> > So its not clear if 'missing flex'</div><div>> >is the cause of this error.</div><div><br></div><div> >  Yes, it may not be a "missing" flex that is causing the problem but the problem is related flex, bison and all that >crap. Unfortunately if we cannot reproduce on a machine we have access to there is no way we can debug it.</div><div><br></div><div>I am not sure if  the error is the result of the "missing" flex, but when I used netcdf-4.1.3, instead of netcdf-4.1.1, the petsc worked well. Thus, Maybe there is a bug in the netcdf itself.</div><div><br></div><div> >   Barry</div><div><br></div><div>> ></div><div>> </div><div>> >And after my patch [with netcdf upgrade] - I have a successful build</div><div>> >of netcdf on rhel5 - even without flex/bison.</div><div>> ></div><div>> >However flex is needed for ptscotch anyway [so one would get an error</div><div>> >from ptscotch if flex is missing]</div><div>>> </div><div>> >Satish</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px">------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div>Fande Kong</div><div>ShenZhen Institutes of Advanced Technology</div><div>Chinese Academy of Sciences</div>
</div></div><div> </div>