<div class="gmail_quote">On Mon, Aug 27, 2012 at 10:49 PM, Pierre-Yves Aquilanti <span dir="ltr"><<a href="mailto:sperif@gmail.com" target="_blank">sperif@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
The problem is that when in parallel, it is quite tricky to use a matrix in Matrix Market format as an input. And if I'm not mistaking, it is needed to convert the matrix from MM to PETSc binary format, which can take a lot time in some cases (I am converting dielFilterV3clx, it has been running for 162h and still not finished).</blockquote>
</div><div><br></div><div>Right here, you don't preallocate:</div><br><div><a href="https://github.com/Perif/MatrixMarketToPETSc/blob/master/libs.c#L29">https://github.com/Perif/MatrixMarketToPETSc/blob/master/libs.c#L29</a></div>
<div><br></div><div>Preallocate (e.g. by making two passes over the input file) and it will take seconds to convert that file.</div><div><br></div><div>You can write a very simple converter using scipy.io.mmread() and bin/pythonscripts/PetscBinaryIO.py.</div>