On Wed, Jul 25, 2012 at 10:31 AM, Chris Eldred <span dir="ltr"><<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com" target="_blank">chris.eldred@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I am getting a segfault in DMMeshSetChart and I was wondering if someone could shed a little light on it.<br></blockquote><div><br></div><div>Please use DMComplex. It is mostly the same and MUCH easier to debug. I will help with any conversion</div>
<div>you need.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">PETSC (v3.3 p2) was compiled with gcc/gfortran/g++ (4.4.3) using the options: --with-clanguage=C++ --with-sieve --download-f-blas-lapack --download-parmetis --download-hdf5 --download-boost --download-metis.<br>

<br>Running under gdb, the following error was obtained:<br>Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.<br>0x083352aa in ALE::Obj<ALE::IFSieve<int, ALE::malloc_allocator<int> >, ALE::malloc_allocator<ALE::IFSieve<int, ALE::malloc_allocator<int> > > >::operator-> (<br>

    this=0x1c)<br>    at /home/celdred/Desktop/NTM/petsc-3.3-p2/include/sieve/ALE_mem.hh:675<br>675         X*   operator->() const {return objPtr;};<br><br>The relevant code snippet is:<br><br clear="all">call PetscInitialize(PETSC_NULL_CHARACTER,ierr)<br>

CHKERRQ(ierr)<br>call MPI_Comm_rank(PETSC_COMM_WORLD,rank,ierr)<br>CHKERRQ(ierr)<br>call DMMeshCreate(PETSC_COMM_WORLD,model_mesh,ierr)<br>CHKERRQ(ierr)<br><br>ncells = nx*ny<br>nvertices = nx*ny<br>nedges = 2*nx*ny<br><br>

start_index = 0<br>end_index = ncells + nvertices + nedges - 1<br>call DMMeshSetChart(model_mesh, start_index, end_index , ierr)<br>CHKERRQ(ierr)<br><br>Any ideas?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br>-- <br>
Chris Eldred<br>DOE Computational Science Graduate Fellow<br>
Graduate Student, Atmospheric Science, Colorado State University<br>B.S. Applied Computational Physics, Carnegie Mellon University, 2009<br><a href="mailto:chris.eldred@gmail.com" target="_blank">chris.eldred@gmail.com</a><br>


</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>