<div class="gmail_quote">On Mon, Jul 9, 2012 at 2:11 PM, Jeff Wiens <span dir="ltr"><<a href="mailto:jwiens@sfu.ca" target="_blank">jwiens@sfu.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I am storing a multidimensional solution to a pde in a petsc vector<br>
using a distributed array. I would like to output this vector at<br>
different time-steps so that it can visualized in VisIt. I want to<br>
know the recommended way of doing this in petsc 3.2-p7.<br></blockquote><div><br></div><div>Please upgrade to petsc-3.3, then use VecView() and PETSCVIEWERVTK. The file name should end in .vts.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
I assumed that the HDF5 viewer would be the most appropriate option.<br></blockquote><div><br></div><div>HDF5 is like a file system. You can put anything there with any structure at all, therefore packages like VisIt can't read it without extra descriptive files (e.g. XDMF) or a custom viewer.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
However, I am running into several obstacles when using it:<br>
<br>
- I can't get PetscViewerHDF5SetTimestep/PetscViewerHDF5IncrementTimestep/PetscViewerHDF5PushGroup<br>
to work.<br></blockquote><div><br></div><div>We need symptoms.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
- I can't find a way to include the spatial coordinates into the hdf5<br>
file (and for it to be used by visit).<br></blockquote><div><br></div><div>Did you use DMDASetCoordinates? That is used by the VTK viewer.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

- It is not immediate obvious to me how a vector field should be saved<br>
so it is understood as a vector field in visit.<br></blockquote><div><br></div><div>Make it a vector using the Expression editor in VisIt.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
First, I would like to know how other users are outputting petsc data<br>
for VisIt. Secondly, for users using HDF5, has anyone run into similar<br>
issues.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Jeff<br>
</font></span></blockquote></div><br>