<div dir="ltr">Can you send the complete configure.log to "PETSc Maint" <<a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov">petsc-maint@mcs.anl.gov</a>>?  The developers are probably still sleeping right now (they're all mostly on US Central time), it's not a problem I've seen before.<div>
<br></div><div>A<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 20, 2012 at 11:52 AM, Juha Jäykkä <span dir="ltr"><<a href="mailto:juhaj@iki.fi" target="_blank">juhaj@iki.fi</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear list,<br>
<br>
I have a strange linking problem with libpetsc.so. After running 'make<br>
PETSC_DIR=$(pwd) PETSC_ARCH=linux-gnu-cxx-opt all', the library looks like<br>
this:<br>
<br>
~> nm linux-gnu-cxx-opt/lib/libpetsc.so|grep SAMappingInitializePackage<br>
000000000048b4fe T SAMappingInitializePackage<br>
                 U _Z26SAMappingInitializePackagePKc<br>
00000000006060b0 r _ZZ26SAMappingInitializePackageE8__func__<br>
<br>
And, of course, make install will not fix it and therefore make test fails and<br>
all programs using it fail.<br>
<br>
Any ideas what could be causing this? It looks to me as if part of the code<br>
was compiled with mpicxx and got the names mangled in C++ fashion (hence<br>
_Z26SAMappingInitializePackagePKc) but for other parts, mpicc was used (hence<br>
no mangling and SAMappingInitializePackage). But why?<br>
<br>
I have --CC=mpicc.openmpi-gcc-1.4.4 --CXX=mpicxx.openmpi-gcc-1.4.4 on the<br>
congfigure line, so the compilers should be fine. The complete configure line<br>
is:<br>
<br>
./configure --prefix=${PREFIX}/petsc --with-shared-libraries --with-<br>
debugging=0 --with-fortran=0 --with-clanguage=C++ --with-dynamic-loading --<br>
with-c-support --useThreads=0 --with-mpi-shared=1 --with-hdf5=1 --with-gnu-<br>
compilers=1 --with-vendor-compilers=\[pathscale,intel\] --with-hdf5-<br>
dir=${HDF5_DIR} --with-petsc-arch=linux-gnu-cxx-opt --CC=mpicc.openmpi-<br>
gcc-1.4.4 --CXX=mpicxx.openmpi-gcc-1.4.4<br>
<br>
and is the exact same line as I have used on numerous other machines, too.<br>
<br>
Any ideas what's wrong or how to debug this?<br>
<br>
Cheers,<br>
Juha<br>
</blockquote></div><br></div></div>