On Sun, Jun 10, 2012 at 5:42 PM, TAY wee-beng <span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    Currently, my matrix A changes its non zero position at each time
    step. <br>
    <br>
    For e.g.: At a particular node, at time step = 1, I  will insert
    values into its east, west neighbours. At time step = 2, I  will
    insert values into its east, north neighbours. Hence, the non-zero
    positions at each row will be different at each time step. However,
    the max values per row will always be 5 or less.<br>
    <br>
    Currently, after MatSetValues and MatAssemblyBegin/End, I call:<br>
    <br>
    <i>call
      MatSetOption(A_mat,MAT_NEW_NONZERO_LOCATIONS,PETSC_TRUE,ierr)<br>
      <br>
      call
      KSPSetOperators(ksp,A_mat,A_mat,DIFFERENT_NONZERO_PATTERN,ierr)<br>
      <br>
      call KSPGetPC(ksp,pc,ierr)    <br>
      <br>
      ksptype=KSPBCGS<br>
      <br>
      call KSPSetType(ksp,ksptype,ierr)<br>
      <br>
      call KSPSetFromOptions(ksp,ierr)<br>
      <br>
      call KSPSolve(ksp,b_rhs,xx,ierr)</i><br>
    <br>
    Is this sufficient and correct? If so, apart from KSPSolve,
    MatSetValues and MatAssemblyBegin/End, can I only call the other
    subroutines once at the 1st time step?<br>
    <br>
    Or do I have to explicitly destroy the matrix and create a new one?
    I think I ask this question a while ago but I can't find the email
    now.</div></blockquote><div><br></div><div>After assembly the nonzero pattern is fixed. The right thing to do is put in explicit zeros for the rest of the stencil.</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <pre cols="72">-- 
Yours sincerely,

TAY wee-beng</pre>
  </font></span></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>