<div class="gmail_quote">On Sun, Jun 3, 2012 at 9:19 AM, Niceno Bojan <span dir="ltr"><<a href="mailto:bojan.niceno@psi.ch" target="_blank">bojan.niceno@psi.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div id=":5d2">I use a command like this:<br>
<br>
  MatSetValues(A, 1, &gi, 1, &gj, &M[i][j], INSERT_VALUES);<br>
<br>
Always inserting values, rather than adding.<br>
<div class="im"><br>
<br>
> Did you use -ksp_view_binary and ksp ex10 to check that the system really<br>
> is identical? Does ksp ex10 give the same output each time you run it?<br>
<br>
</div>Not yet.  I am not that prudent with PETSc, I am currently celebrating for being able to see residual history :-)<br></div></blockquote><div><br></div><div>Just go build that example, then run it with -f path/to/binaryoutput. It will load the matrix and vector from the file and solve.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div id=":5d2"><div class="im">
> Can you send a few iterations of output from -ksp_monitor_true_residual?<br>
<br>
</div>Yes, they look like:<br>
<br>
  0 KSP preconditioned resid norm 5.321355215818e+01 true resid norm 1.650035042618e+01 ||r(i)||/||b|| 1.000000000000e+00<br>
  1 KSP preconditioned resid norm 2.013755144242e+01 true resid norm 1.361285352452e+01 ||r(i)||/||b|| 8.250039043366e-01<br>
  2 KSP preconditioned resid norm 7.629376453731e+00 true resid norm 3.184316336783e-01 ||r(i)||/||b|| 1.929847702951e-02<br>
  3 KSP preconditioned resid norm 3.869976235279e+00 true resid norm 4.559806478792e-01 ||r(i)||/||b|| 2.763460387822e-02<br>
  4 KSP preconditioned resid norm 1.889666147602e+00 true resid norm 1.422513113059e-01 ||r(i)||/||b|| 8.621108499622e-03<br>
  5 KSP preconditioned resid norm 9.253616017337e-01 true resid norm 1.065191369186e-02 ||r(i)||/||b|| 6.455568164761e-04<br>
  6 KSP preconditioned resid norm 4.759923245260e-01 true resid norm 2.662360840276e-02 ||r(i)||/||b|| 1.613517756600e-03<br>
  7 KSP preconditioned resid norm 2.492423883098e-01 true resid norm 1.216652507263e-02 ||r(i)||/||b|| 7.373494961255e-04<br>
  8 KSP preconditioned resid norm 1.306776196573e-01 true resid norm 1.933734977205e-03 ||r(i)||/||b|| 1.171935702734e-04<br>
  9 KSP preconditioned resid norm 7.267055499898e-02 true resid norm 9.770926706361e-04 ||r(i)||/||b|| 5.921647997767e-05<br>
 10 KSP preconditioned resid norm 3.833602982459e-02 true resid norm 9.695036607433e-04 ||r(i)||/||b|| 5.875654975214e-05<br>
  velocity[0] took 10 iterations to reach residual  3.83360e-02</div></blockquote></div><br><div>Interesting that the true residual is dropping faster than preconditioned residual. Can you show the output from both runs? Are each individually reproducible?</div>