<div class="gmail_quote">On Wed, May 30, 2012 at 2:16 PM, John Fettig <span dir="ltr"><<a href="mailto:john.fettig@gmail.com" target="_blank">john.fettig@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div id=":5il">What I mean is if I run the code twice, once with SAME_PRECONDITIONER<br>
and once with DIFFERENT_NONZERO_PATTERN, the solution for the second<br>
solve in the code is different.  I am sure the matrix does not change.<br>
 There are a couple of calls to MatZeroRows but I have verified that<br>
the diagonal is set to the exact same value both time.  The difference<br>
in the solution is not insignificant (it is probably below the solver<br>
tolerance but still in the 3rd significant digit).</div></blockquote></div><br><div>Why are you calling KSPSetOperators at all if the matrix doesn't change at all?</div><div><br></div><div>Run both cases with -ksp_view_binary (renaming 'binaryoutput' between the runs), then use src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex10 to solve them separately. You can also check whether the matrices are indeed identical. I suspect they are different in some minor way.</div>