<div class="gmail_quote">On Wed, May 16, 2012 at 8:17 AM, Andrew Spott <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:andrew.spott@gmail.com" target="_blank">andrew.spott@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div>Ok, so now I&#39;m leaking memory without even creating the extra matrix:</div></div></blockquote><div><br></div><div>Send -malloc_dump output</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div><div class="im"><div>PetscErrorCode HamiltonianJ(TS timeStepContext, PetscReal t, Vec u, Mat *A, Mat *B, MatStructure *flag, void* context)</div><div>{</div></div><div class="im">
<div>    PetscErrorCode  err;</div><div>    Context         *cntx = (Context*)context;</div><div>    PetscScalar     ef = eField(t, cntx-&gt;params);</div><div>    //if (cntx-&gt;rank == 0) std::cout &lt;&lt; &quot;ef: &quot; &lt;&lt; ef;</div>
<div>    </div></div><div>    err = MatDuplicate(cntx-&gt;energy_eigenstates,MAT_COPY_VALUES,A);</div><div>    err = MatAXPY(*A, ef, cntx-&gt;dipole_matrix, DIFFERENT_NONZERO_PATTERN);</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>err = MatAssemblyBegin(*A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>err = MatAssemblyEnd(*A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);</div><div>    </div><div>    *flag = DIFFERENT_NONZERO_PATTERN;</div><div><br></div><div>    // absorb!</div><div><br></div><div>
    return err;</div><div>}</div></div><div><br></div><div>I&#39;m honestly stumped now…</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>-Andrew</div><div><br></div><br></font></span><div><div class="im">
<div>On May 16, 2012, at 7:17 AM, Jed Brown wrote:</div><br></div><div><div class="h5"><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote">On Wed, May 16, 2012 at 7:08 AM, Andrew Spott <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:andrew.spott@gmail.com" target="_blank">andrew.spott@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Not until you pointed it out… :).  Though it probably should have been.  It was late.<div><br></div><div>Though I&#39;m not sure how to fix that… should I do a MatDestroy(A) at the beginning of that function every time?.</div>

<div><br></div><div>Is *A a pointer to the last used matrix, should I just do the mat duplicate into A?</div></div></blockquote><div><br></div><div>Do you really mean to only change A (the operator), but not B (the preconditioning matrix)?</div>

<div><br></div><div>Why do you want to create a new matrix instead of reusing those?</div></div>
</blockquote></div></div></div><br></div></blockquote></div><br>