<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">b) In MATLAB, arrays are used everywhere, also for small collections, where one would use tuples or lists in Python (e.g. multiple return values from a function). When I encounter an array in the original MATLAB code, I have to decide whether a tuple, a list, a numpy.ndarray or a PETSc.Vec/PETSc.Mat is appropriate. </blockquote>
<div><br></div><div>ndarray for numerical data, Python dicts and lists for more flexibility, PETSc Vecs and Mats if you need the PETSc API. �Conversion between ndarray and PETSc Vecs is practically free, so I would keep them as numpy arrays for as long as possible (this is the strategy in pyclaw).</div>
<div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">One approach would be to use PETSc wherever the array can be larger than a typical tuple. Is there a performance penalty associated with using PETSc Vec/Mat for rather small arrays?<br>
</blockquote><div><br></div><div>I agree with Matt, no performance penalty here.</div><div><br></div><div>A�</div></div></div>