Dear PETSc team,<br><br>I am solving the compressible Navier--Stokes equations in compressible form, so in order to apply the operator, I<br><ol><li>apply BCs on the flow field</li><li>compute the flux</li><li>take the derivative using finite differences</li>
<li>apply BCs on the derivatives of the flux<br></li></ol><br>In order to apply the linearized operator, I wish to linearize steps 2 and 4 (the other are linear). For this I assemble sparse matrices (MPIAIJ). The matrices should be block diagonal -- with square or rectangular blocks --  so I preallocate the whole diagonal blocks (but I only use MatSetValues for nonzero entries). When I do this, the linearized code runs approximately 50% slower (the computation of derivatives takes more that 70% of the time in the non-linear code), so steps 2 and 4 are much slower for the linear operator although the number of operations is very similar. Is this be due to the poor preallocation? Is there a way to improve the performance?<br>
<br>Thank you very much,<br><br>Xavier<br>