Hello,<br><br>I got the following error message when I run my code.<br><br>Does anyone know what may be the problem? Thanks.<br><br>Best,<br>Rongliang<br><br><br>---------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>0 91 89 91 0<br>[850]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[850]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[850]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[850]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[850]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[850]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[850]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[850]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[850]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[850]PETSC ERROR: Signal received!<br>[850]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[850]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[850]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[850]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[850]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[850]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[850]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1338 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[850]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[850]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[850]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[850]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[850]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>--------------------------------------------------------------------------<br>
MPI_ABORT was invoked on rank 850 in communicator MPI_COMM_WORLD <br>with errorcode 59.<br><br>NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>0 91 89 91 0<br>
[986]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[986]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>[986]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
[986]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[986]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[986]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[986]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[986]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[986]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[986]PETSC ERROR: Signal received!<br>[986]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[986]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[986]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[986]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[986]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[986]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[986]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1326 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[986]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[986]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[986]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[986]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[986]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>
0 91 89 91 0<br>[1409]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1409]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[1409]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[1409]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1409]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1409]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[1409]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[1409]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[1409]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[1409]PETSC ERROR: Signal received!<br>[1409]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1409]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[1409]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[1409]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[1409]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[1409]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[1409]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1268 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[1409]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[1409]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[1409]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[1409]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1409]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>
0 91 89 91 0<br>[1233]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1233]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[1233]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[1233]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1233]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1233]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[1233]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[1233]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[1233]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[1233]PETSC ERROR: Signal received!<br>[1233]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1233]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[1233]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[1233]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[1233]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[1233]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[1233]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1304 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[1233]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[1233]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[1233]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[1233]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1233]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>
0 91 89 91 0<br>[1026]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1026]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[1026]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[1026]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1026]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1026]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[1026]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[1026]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[1026]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[1026]PETSC ERROR: Signal received!<br>[1026]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1026]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[1026]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[1026]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[1026]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[1026]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[1026]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1323 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[1026]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[1026]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[1026]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[1026]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1026]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>
0 91 89 91 0<br>[1326]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1326]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[1326]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[1326]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1326]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/faq.html#valgrind[1326]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[1326]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[1326]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[1326]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
[1326]PETSC ERROR: Signal received!<br>[1326]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1326]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18 CDT 2011 <br>
[1326]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[1326]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[1326]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[1326]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[1326]PETSC ERROR: ./joab on a Janus-nod named node1276 by ronglian Sat Nov 26 21:44:16 2011<br>[1326]PETSC ERROR: Libraries linked from /projects/ronglian/soft/petsc-3.2-p4/Janus-nodebug/lib<br>[1326]PETSC ERROR: Configure run at Tue Oct 25 19:27:52 2011<br>
[1326]PETSC ERROR: Configure options --known-level1-dcache-size=32768 --known-level1-dcache-linesize=32 --known-level1-dcache-assoc=0 --known-memcmp-ok=1 --known-sizeof-char=1 --known-sizeof-void-p=8 --known-sizeof-short=2 --known-sizeof-int=4 --known-sizeof-long=8 --known-sizeof-long-long=8 --known-sizeof-float=4 --known-sizeof-double=8 --known-sizeof-size_t=8 --known-bits-per-byte=8 --known-sizeof-MPI_Comm=8 --known-sizeof-MPI_Fint=4 --known-mpi-long-double=1 --with-batch=1 --with-mpi-shared=1 --known-mpi-shared-libraries=0 --with-debugging=0 --download-f-blas-lapack=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-superlu=1 --download-scalapack=1 --download-blacs=1 --download-mumps=1 --download-hypre=1<br>
[1326]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[1326]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>***ASSERTION failed on line 169 of file ccgraph.c: cadjwgtsum[cnvtxs] == idxsum(nedges, cadjwgt)<br>
0 91 89 91 0<br>