On Wed, Nov 16, 2011 at 1:31 PM, Yixun Liu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:yxliuwm@gmail.com">yxliuwm@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>Hi,</div>
<div>Please see the attachment.</div></blockquote><div><br></div><div>Your compiler does not work (it returns error code from the compile). Perhaps you have not</div><div>correctly set environment variables?</div><div><br>
</div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div> </div>
<div>Yixun<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Nov 16, 2011 at 1:00 PM, <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:petsc-users-request@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users-request@mcs.anl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="border-left:#ccc 1px solid;margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex" class="gmail_quote">Send petsc-users mailing list submissions to<br>       <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>

<br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>       <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users</a><br>or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>

       <a href="mailto:petsc-users-request@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users-request@mcs.anl.gov</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>       <a href="mailto:petsc-users-owner@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users-owner@mcs.anl.gov</a><br>

<br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than &quot;Re: Contents of petsc-users digest...&quot;<br><br><br>Today&#39;s Topics:<br><br>  1. Re:  configuration error on Windows with VS2005 (Satish Balay)<br>

  2. Re:  ERROR Arguments are incompatible in MatSetValues()<br>     (Matthew Knepley)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Wed, 16 Nov 2011 10:21:29 -0600 (CST)<br>

From: Satish Balay &lt;<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>Subject: Re: [petsc-users] configuration error on Windows with VS2005<br>To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>

Message-ID: &lt;alpine.LFD.2.02.1111161019310.2218@asterix&gt;<br>Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII<br><br>Please send the corresponding configure.log to <a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-maint@mcs.anl.gov</a><br>

<br>Satish<br><br>On Wed, 16 Nov 2011, Yixun Liu wrote:<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; I have a configuration error as I install PETSc.<br>&gt;<br>&gt; According to the installation instructions, I first *Setup cygwin bash<br>&gt; shell with Working Compilers:*<br>

&gt;<br>&gt; C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 8\VC&gt;c:\cygwin\bin\bash.exe<br>&gt; --login<br>&gt;<br>&gt; I got the following message:<br>&gt;<br>&gt; Your group is currently &quot;mkpasswd&quot;.  This indicates that your<br>

&gt; gid is not in /etc/group and your uid is not in /etc/passwd.<br>&gt; The /etc/passwd (and possibly /etc/group) files should be rebuilt.<br>&gt; See the man pages for mkpasswd and mkgroup then, for example, run<br>&gt; mkpasswd -l [-d] &gt; /etc/passwd<br>

&gt; mkgroup  -l [-d] &gt; /etc/group<br>&gt; Note that the -d switch is necessary for domain users.<br>&gt;<br>&gt; Then I run the commands:<br>&gt; mkpasswd -l &gt; /etc/passwd and<br>&gt; mkpasswd -l &gt; /etc/group<br>

&gt;<br>&gt; at last, as I run command cl, I got message:<br>&gt;<br>&gt; Microsoft (R) 32-bit C/C++ Optimizing Compiler Version 14.00.50727.762 for<br>&gt; 80x86<br>&gt; Copyright (C) Microsoft Corporation.  All rights reserved.<br>

&gt; usage: cl [ option... ] filename... [ /link linkoption... ]<br>&gt;<br>&gt; So, I think it works now.<br>&gt;<br>&gt; Then I configure PETSc with the following command, but get the error &quot;C<br>&gt; compiler you provided with -with-cc=win32fe cl does not work&quot;.<br>

&gt;<br>&gt;<br>&gt; liuy14@CC1DR1C515W05 /cygdrive/c/Yixun/VC/petsc-3.2-p5#  ./configure<br>&gt; --with-cc=&#39;win32fe cl&#39; --with-fc=&#39;win32fe ifort&#39;  --with-cxx=&#39;win 32fe cl&#39;<br>&gt; --download-f-blas-lapack=1<br>

&gt;<br>&gt; ===============================================================================<br>&gt;              Configuring PETSc to compile on your system<br>&gt; ===============================================================================<br>

&gt; TESTING: configureExternalPackagesDir from<br>&gt; config.framework(config/BuildSystem/c<br>&gt; TESTING: configureDebuggers from<br>&gt; PETSc.utilities.debuggers(config/PETSc/utilitie<br>&gt; TESTING: configureCMake from<br>

&gt; PETSc.utilities.CMake(config/PETSc/utilities/CMake.<br>&gt; TESTING: configureCLanguage from<br>&gt; PETSc.utilities.languages(config/PETSc/utilitie<br>&gt; TESTING: configureLanguageSupport from<br>&gt; PETSc.utilities.languages(config/PETSc/ut<br>

&gt; TESTING: configureExternC from<br>&gt; PETSc.utilities.languages(config/PETSc/utilities/<br>&gt; TESTING: configureFortranLanguage from<br>&gt; PETSc.utilities.languages(config/PETSc/ut<br>&gt; TESTING: configureMake from<br>

&gt; config.programs(config/BuildSystem/config/programs.p<br>&gt; TESTING: configureMkdir from<br>&gt; config.programs(config/BuildSystem/config/programs.<br>&gt; TESTING: configurePrograms from<br>&gt; config.programs(config/BuildSystem/config/progra<br>

&gt; TESTING: configureMercurial from<br>&gt; config.sourceControl(config/BuildSystem/config/<br>&gt; TESTING: configureCVS from<br>&gt; config.sourceControl(config/BuildSystem/config/source<br>&gt; TESTING: configureSubversion from<br>

&gt; config.sourceControl(config/BuildSystem/config<br>&gt; TESTING: configureDirectories from<br>&gt; PETSc.utilities.petscdir(config/PETSc/utiliti<br>&gt; TESTING: configureExternalPackagesDir from<br>&gt; PETSc.utilities.petscdir(config/PETSc<br>

&gt; TESTING: configureInstallationMethod from<br>&gt; PETSc.utilities.petscdir(config/PETSc/<br>&gt; TESTING: configureETags from<br>&gt; PETSc.utilities.Etags(config/PETSc/utilities/Etags.<br>&gt; TESTING: getDatafilespath from<br>

&gt; PETSc.utilities.dataFilesPath(config/PETSc/utilit<br>&gt; TESTING: resetEnvCompilers from<br>&gt; config.setCompilers(config/BuildSystem/config/se<br>&gt; TESTING: checkMPICompilerOverride from<br>&gt; config.setCompilers(config/BuildSystem/co<br>

&gt; TESTING: checkVendor from<br>&gt; config.setCompilers(config/BuildSystem/config/setCompi<br>&gt; TESTING: checkInitialFlags from<br>&gt; config.setCompilers(config/BuildSystem/config/se<br>&gt; TESTING: checkCCompiler from<br>

&gt; config.setCompilers(config/BuildSystem/config/setCo<br>&gt;   File<br>&gt; &quot;/cygdrive/c/Yixun/VC/petsc-3.2-p5/config/BuildSystem/config/setCompilers<br>&gt; .py&quot;, line 508, in checkCCompiler<br>&gt;     self.checkCompiler(&#39;C&#39;)<br>

&gt;   File<br>&gt; &quot;/cygdrive/c/Yixun/VC/petsc-3.2-p5/config/BuildSystem/config/setCompilers<br>&gt; .py&quot;, line 410, in checkCompiler<br>&gt;     raise RuntimeError(msg)<br>&gt; *******************************************************************************<br>

&gt;          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>&gt; detail<br>&gt; s):<br>&gt; -------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; C compiler you provided with -with-cc=win32fe cl does not work<br>

&gt; *******************************************************************************<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Thank you for your help.<br>&gt;<br>&gt; Best,<br>&gt;<br>&gt; Yixun<br>&gt;<br><br><br><br>------------------------------<br>

<br>Message: 2<br>Date: Wed, 16 Nov 2011 11:33:13 -0600<br>From: Matthew Knepley &lt;<a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-maint@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>Subject: Re: [petsc-users] ERROR Arguments are incompatible in<br>

       MatSetValues()<br>To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>Message-ID:<br>       &lt;CAMYG4GmyUeoi8DVnu-p3gWdQgyeqdB45juT7mNJs_==<a href="mailto:Zk4Cf-Q@mail.gmail.com" target="_blank">Zk4Cf-Q@mail.gmail.com</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br>On Wed, Nov 16, 2011 at 10:09 AM, PEREZ CERQUERA MANUEL RICARDO &lt;<br><a href="mailto:manuel.perezcerquera@polito.it" target="_blank">manuel.perezcerquera@polito.it</a>&gt; wrote:<br>

<br>&gt; Hi all,<br>&gt;<br>&gt; I have a petsc code which works for a certain number of unknowns, I mean<br>&gt; it works with a matrix of 12000X 12000 elements, then when I increase the<br>&gt; Number of unknowns to 25000 X 25000 I got this error at certain point in<br>

&gt; one of the MatSetValues() function, I don&#39;t know which are the possible<br>&gt; causes, I have enough memory to handle it. Could you give me some ideas of<br>&gt; whats going on? . Thanks<br>&gt;<br><br>It appears that you are overflowing the integer offsets. I recommend trying<br>

this either:<br><br> a) With a 64-bit OS<br><br>or if you cannot upgrade the machine<br><br> b) Configuring with --with-64-bit-indices<br><br> Thanks,<br><br>     Matt<br><br><br>&gt; [0]PETSC ERROR: Fortran Pause - Enter command&lt;CR&gt; or &lt;CR&gt; to continue.<br>

&gt; --------------------- Error Message ------------------------------**------<br>&gt; [0]PETSC ERROR: Arguments are incompatible!<br>&gt; [0]PETSC ERROR: Memory regions overlap: either use PetscMemmov()<br>&gt;              or make sure your copy regions and lengths are correct.<br>

&gt;              Length (bytes) 1217067760 first address -844745856 second<br>&gt; address<br>&gt; -1712377200!<br>&gt; [0]PETSC ERROR: ------------------------------**<br>&gt; ------------------------------**----<br>&gt; --------<br>

&gt; [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 5, Sat Oct 29 13:45:54<br>&gt; CDT 20<br>&gt; 11<br>&gt; [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>&gt; [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>

&gt; [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>&gt; [0]PETSC ERROR: ------------------------------**<br>&gt; ------------------------------**----<br>&gt; --------<br>&gt; [0]PETSC ERROR: C:\Documents and Settings\d022117\Desktop\**<br>

&gt; MPIRunsPatrju\patreju1<br>&gt; .1.exe on a arch-mswi named GVSRV by d022117 Tue Nov 15 19:00:13 2011<br>&gt; [0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/d022117/petsc-3.2-p5/**<br>&gt; arch-mswin-cxx-<br>&gt; debug/lib<br>

&gt; [0]PETSC ERROR: Configure run at Mon Nov  7 13:06:56 2011<br>&gt; [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=&quot;win32fe cl&quot;<br>&gt; --with-fc=&quot;win32fe ifor<br>&gt; t&quot; --with-cxx=&quot;win32fe cl&quot; --download-f-blas-lapack=1<br>

&gt; --with-scalar-type=complex<br>&gt;  --with-clanguage=cxx --useThreads=0<br>&gt; [0]PETSC ERROR: ------------------------------**<br>&gt; ------------------------------**----<br>&gt; --------<br>&gt; [0]PETSC ERROR: PetscMemcpy() line 1779 in src/mat/impls/aij/seq/e:\**<br>

&gt; users\manuel<br>&gt; \phd\cygwin\home\d022117\**petsc-3.2-p5\include\petscsys.**h<br>&gt; [0]PETSC ERROR: MatSetValues_SeqAIJ() line 331 in<br>&gt; src/mat/impls/aij/seq/E:\Users<br>&gt; \Manuel\Phd\Cygwin\home\**d022117\PETSC-~2.2-P\src\mat\**<br>

&gt; impls\aij\seq\aij.c<br>&gt; [0]PETSC ERROR: MatSetValues() line 1115 in src/mat/interface/E:\Users\**<br>&gt; Manuel\Ph<br>&gt; d\Cygwin\home\d022117\PETSC-~**2.2-P\src\mat\INTERF~1\matrix.**c<br>&gt;<br>&gt; job aborted:<br>

&gt; rank: node: exit code[: error message]<br>&gt; 0: <a href="http://gvsrv.delen.polito.it/" target="_blank">gvsrv.delen.polito.it</a>: 1: process 0 exited without calling finalize<br>&gt;<br>&gt; Eng. Manuel Ricardo Perez Cerquera. MSc. Ph.D student<br>

&gt; Antenna and EMC Lab (LACE)<br>&gt; Istituto Superiore Mario Boella (ISMB)<br>&gt; Politecnico di Torino<br>&gt; Via Pier Carlo Boggio 61, Torino 10138, Italy<br>&gt; Email: <a href="mailto:manuel.perezcerquera@polito.it" target="_blank">manuel.perezcerquera@polito.it</a><br>

&gt; Phone: <a href="tel:%2B39%200112276704" value="+390112276704" target="_blank">+39 0112276704</a><br>&gt; Fax: <a href="tel:%2B39%20011%202276%20299" value="+390112276299" target="_blank">+39 011 2276 299</a><br>&gt;<br>
<br><br><br>--<br>What most experimenters take for granted before they begin their<br>
experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>experiments lead.<br>-- Norbert Wiener<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: &lt;<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111116/f98593ae/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111116/f98593ae/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

<br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>petsc-users mailing list<br><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br><a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users</a><br>

<br><br>End of petsc-users Digest, Vol 35, Issue 52<br>*******************************************<br></blockquote></div><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>