<div dir="ltr">Dear Jed, <br><br>The following is the result with the options you told me. The iteration has converged, while converged at a wrong solution, compared to the result from LU. <br><br>tutorials]$ time ./ex78 -Ain A_phi -rhs rhs_phi -solu solu_phi -noshift -pc_type hypre -pc_hypre_type parasails -ksp_gmres_restart 600 -ksp_rtol 1e-7 -ksp_typ gmres -ksp_monitor_true_residual -ksp_converged_reason<br>
<br> Read matrix in ascii format ...<br>m: 288399, n: 288399, nz: 4023176 <br> read A completed <br> rowNumber[0] = 13 <br> rowNumber[1] = 13 <br> rowNumber[2] = 19 <br> read A is complete ! <br><br> Read rhs in ascii format ...<br>
<br> Read exact solution in ascii format ...<br>  0 KSP preconditioned resid norm 1.311815748108e+00 true resid norm 3.838432566849e-03 ||r(i)||/||b|| 1.000000000000e+00<br>  1 KSP preconditioned resid norm 5.507600629359e-01 true resid norm 1.878066463331e-03 ||r(i)||/||b|| 4.892795250727e-01<br>
  2 KSP preconditioned resid norm 4.013507277599e-01 true resid norm 1.785692106749e-03 ||r(i)||/||b|| 4.652138797934e-01<br>  3 KSP preconditioned resid norm 3.186589484171e-01 true resid norm 1.939928539000e-03 ||r(i)||/||b|| 5.053960191341e-01<br>
  4 KSP preconditioned resid norm 2.533816267053e-01 true resid norm 2.182716525094e-03 ||r(i)||/||b|| 5.686478756839e-01<br>  5 KSP preconditioned resid norm 1.956749847727e-01 true resid norm 2.436511231157e-03 ||r(i)||/||b|| 6.347672360328e-01<br>
  6 KSP preconditioned resid norm 1.489551919079e-01 true resid norm 2.625495747280e-03 ||r(i)||/||b|| 6.840020507214e-01<br>  7 KSP preconditioned resid norm 1.129706022530e-01 true resid norm 2.726727688051e-03 ||r(i)||/||b|| 7.103753004809e-01<br>
  8 KSP preconditioned resid norm 8.528153693722e-02 true resid norm 2.764872691683e-03 ||r(i)||/||b|| 7.203129515839e-01<br>  9 KSP preconditioned resid norm 6.419522418091e-02 true resid norm 2.765551151077e-03 ||r(i)||/||b|| 7.204897058665e-01<br>
 10 KSP preconditioned resid norm 4.793073337207e-02 true resid norm 2.754803244091e-03 ||r(i)||/||b|| 7.176896288040e-01<br> 11 KSP preconditioned resid norm 3.590594904610e-02 true resid norm 2.738481920714e-03 ||r(i)||/||b|| 7.134375485361e-01<br>
 12 KSP preconditioned resid norm 2.683482240096e-02 true resid norm 2.722031760807e-03 ||r(i)||/||b|| 7.091519033880e-01<br> 13 KSP preconditioned resid norm 2.001207136261e-02 true resid norm 2.709429246945e-03 ||r(i)||/||b|| 7.058686585627e-01<br>
 14 KSP preconditioned resid norm 1.493908729876e-02 true resid norm 2.699791991674e-03 ||r(i)||/||b|| 7.033579318265e-01<br> 15 KSP preconditioned resid norm 1.111558666088e-02 true resid norm 2.692890954089e-03 ||r(i)||/||b|| 7.015600527536e-01<br>
 16 KSP preconditioned resid norm 8.272119255509e-03 true resid norm 2.688069519102e-03 ||r(i)||/||b|| 7.003039580057e-01<br> 17 KSP preconditioned resid norm 6.143976425601e-03 true resid norm 2.684895702336e-03 ||r(i)||/||b|| 6.994771057136e-01<br>
 18 KSP preconditioned resid norm 4.563685459707e-03 true resid norm 2.682859292253e-03 ||r(i)||/||b|| 6.989465740324e-01<br> 19 KSP preconditioned resid norm 3.394656398417e-03 true resid norm 2.681459888330e-03 ||r(i)||/||b|| 6.985819971124e-01<br>
 20 KSP preconditioned resid norm 2.518916365228e-03 true resid norm 2.680609739005e-03 ||r(i)||/||b|| 6.983605136526e-01<br> 21 KSP preconditioned resid norm 1.872307188353e-03 true resid norm 2.680081243394e-03 ||r(i)||/||b|| 6.982228283859e-01<br>
 22 KSP preconditioned resid norm 1.390334828536e-03 true resid norm 2.679742748684e-03 ||r(i)||/||b|| 6.981346427259e-01<br> 23 KSP preconditioned resid norm 1.034606694934e-03 true resid norm 2.679535108562e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980805476966e-01<br>
 24 KSP preconditioned resid norm 7.710134967260e-04 true resid norm 2.679397134577e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980446022989e-01<br> 25 KSP preconditioned resid norm 5.725407938260e-04 true resid norm 2.679329449922e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980269688889e-01<br>
 26 KSP preconditioned resid norm 4.272990427118e-04 true resid norm 2.679284171589e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980151728414e-01<br> 27 KSP preconditioned resid norm 3.181341598383e-04 true resid norm 2.679247206576e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980055426050e-01<br>
 28 KSP preconditioned resid norm 2.368729933003e-04 true resid norm 2.679233163958e-03 ||r(i)||/||b|| 6.980018841799e-01<br> 29 KSP preconditioned resid norm 1.766017339700e-04 true resid norm 2.679224053276e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979995106376e-01<br>
 30 KSP preconditioned resid norm 1.313377419946e-04 true resid norm 2.679217016981e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979976775210e-01<br> 31 KSP preconditioned resid norm 9.789603459870e-05 true resid norm 2.679213290696e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979967067380e-01<br>
 32 KSP preconditioned resid norm 7.275708495896e-05 true resid norm 2.679210423371e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979959597340e-01<br> 33 KSP preconditioned resid norm 5.412802491776e-05 true resid norm 2.679209810847e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979958001573e-01<br>
 34 KSP preconditioned resid norm 4.026672785271e-05 true resid norm 2.679209362635e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979956833876e-01<br> 35 KSP preconditioned resid norm 2.990907253308e-05 true resid norm 2.679208426592e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979954395269e-01<br>
 36 KSP preconditioned resid norm 2.226822676398e-05 true resid norm 2.679208136434e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953639342e-01<br> 37 KSP preconditioned resid norm 1.654703590780e-05 true resid norm 2.679208182746e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953759996e-01<br>
 38 KSP preconditioned resid norm 1.229268254949e-05 true resid norm 2.679208209944e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953830852e-01<br> 39 KSP preconditioned resid norm 9.149145951039e-06 true resid norm 2.679208050822e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953416303e-01<br>
 40 KSP preconditioned resid norm 6.813825018110e-06 true resid norm 2.679207932900e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953109089e-01<br> 41 KSP preconditioned resid norm 5.075333494970e-06 true resid norm 2.679208029175e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953359907e-01<br>
 42 KSP preconditioned resid norm 3.770609781438e-06 true resid norm 2.679208069198e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953464175e-01<br> 43 KSP preconditioned resid norm 2.808924777973e-06 true resid norm 2.679208000517e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953285246e-01<br>
 44 KSP preconditioned resid norm 2.094599249993e-06 true resid norm 2.679207985642e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953246492e-01<br> 45 KSP preconditioned resid norm 1.559223301396e-06 true resid norm 2.679208018840e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953332981e-01<br>
 46 KSP preconditioned resid norm 1.160309778657e-06 true resid norm 2.679208029228e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953360044e-01<br> 47 KSP preconditioned resid norm 8.638154916854e-07 true resid norm 2.679208013013e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953317800e-01<br>
 48 KSP preconditioned resid norm 6.436084879799e-07 true resid norm 2.679208008459e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953305937e-01<br> 49 KSP preconditioned resid norm 4.797395939888e-07 true resid norm 2.679208018385e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953331796e-01<br>
 50 KSP preconditioned resid norm 3.573839482305e-07 true resid norm 2.679208020910e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953338374e-01<br> 51 KSP preconditioned resid norm 2.662426448119e-07 true resid norm 2.679208017655e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953329896e-01<br>
 52 KSP preconditioned resid norm 1.984893339085e-07 true resid norm 2.679208016597e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953327137e-01<br> 53 KSP preconditioned resid norm 1.484050273141e-07 true resid norm 2.679208018006e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953330809e-01<br>
 54 KSP preconditioned resid norm 1.106994152625e-07 true resid norm 2.679208019541e-03 ||r(i)||/||b|| 6.979953334807e-01<br>Linear solve converged due to CONVERGED_RTOL iterations 54<br><br> Accuracy of the soltuion on the solution from LU: | u -U_lu |_2 : 3321.15 <br>
<br> Iteration number is  :  54 <br><br> Accuracy of the soltuion: | b - A*u |_2 : 0.004681 <br><br>real    0m15.393s<br>user    0m14.895s<br>sys    0m0.251s<br><br><br><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Message: 8<br>
&gt; Date: Thu, 10 Nov 2011 14:10:14 +0000<br>
&gt; From: Matthew Knepley &lt;<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; Subject: Re: [petsc-users] Any suggestion for this kinds of matrix?<br>
&gt; To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
&gt; Message-ID:<br>
&gt;        &lt;<a href="mailto:CAMYG4GnxR2A%2BTcVzmsiOgD4wp4P%2Ba_GRnPBg1YQKz7bJT5XiDw@mail.gmail.com">CAMYG4GnxR2A+TcVzmsiOgD4wp4P+a_GRnPBg1YQKz7bJT5XiDw@mail.gmail.com</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Nov 10, 2011 at 1:48 PM, Bao Kai &lt;<a href="mailto:paeanball@gmail.com">paeanball@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Dear all,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I have been trying with PETSC to solve the linear system from mixed<br>
&gt; finite<br>
&gt; &gt; element method.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The pattern of the matrix is as the following, but due to the irregular<br>
&gt; &gt; boundary involved, the matrix A is not strictly symmetric.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;    A     dt* C<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;    C^T     0<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;  As a  result of the matrix pattern, the diagonal entries of the<br>
&gt; &gt; bottom-right portion are all zero.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I am just wondering if there are any suggestion of the type of the solver<br>
&gt; &gt; and preconditioner for this kinds of linear system?  Thank you very much.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; When I tried to solve the system with PETSC, I got the following<br>
&gt; &gt; information. (  PCType PCASM,  KSPType, KSPFGMRES )<br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ILU is jsut not going to work for this type of matrix (a saddle point). I<br>
&gt; suggest reading about PCFIELDSPLIT.<br>
&gt;<br>
&gt;   Matt<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
&gt; &gt; ------------------------------------<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Object is in wrong state!<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 288398!<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR:<br>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.2.0, Patch 4, Sun Oct 23 12:23:18<br>
&gt; &gt; CDT 2011<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR:<br>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/arch-linux2-c-debug-withhypre/lib<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Configure run at Thu Nov 10 11:49:03 2011<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: Configure options --download-hypre=yes<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR:<br>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ_ilu0() line 1636 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1740 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: MatILUFactorSymbolic() line 6092 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/mat/interface/matrix.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: PCSetUp_ILU() line 216 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: PCSetUp() line 819 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: KSPSetUp() line 260 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: PCSetUpOnBlocks_ASM() line 339 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/pc/impls/asm/asm.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: PCSetUpOnBlocks() line 852 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: KSPSetUpOnBlocks() line 154 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 380 in<br>
&gt; &gt; /home/baok/software/petsc-3.2-p4/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
&gt; &gt; [0]PETSC ERROR: main() line 261 in src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex78.c<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Best Regards,<br>
&gt; &gt; Kai<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; What most experimenters take for granted before they begin their<br>
&gt; experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
&gt; experiments lead.<br>
&gt; -- Norbert Wiener<br>
&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt; URL: &lt;<br>
&gt; <a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/2ea2b385/attachment.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/2ea2b385/attachment.htm</a><br>

&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; petsc-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; End of petsc-users Digest, Vol 35, Issue 29<br>
&gt; *******************************************<br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/da069f92/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/da069f92/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 10 Nov 2011 14:49:55 -0600<br>
From: Jed Brown &lt;<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
Subject: Re: [petsc-users] Any suggestion for this kinds of matrix?<br>
To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;CAM9tzSkW7PZaBLH_sXpxToYv6x3seupTQcY+sPj=<a href="mailto:fHc_ax-AjA@mail.gmail.com">fHc_ax-AjA@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
On Thu, Nov 10, 2011 at 14:45, Bao Kai &lt;<a href="mailto:paeanball@gmail.com">paeanball@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; PCFIELDSPLIT seems a little more complex, I will try that.<br>
&gt;<br>
&gt; I tried some different preconditioners, only lu can get right results.<br>
&gt;<br>
&gt; With some pc, some wrong results can be obtained, such as the following<br>
&gt; one.<br>
&gt;<br>
&gt; tutorials]$ time ./ex78 -Ain A_in -rhs rhs -solu solu -noshift -pc_type<br>
&gt; hypre -pc_hypre_type parasails -ksp_gmres_restart 600 -ksp_rtol 1e-5<br>
&gt; -ksp_typ gmres<br>
&gt;<br>
<br>
Always run with -ksp_monitor_true_residual -ksp_converged_reason when<br>
checking whether a preconditioner is working.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/3d5e1de6/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/3d5e1de6/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 10 Nov 2011 22:11:01 -0700<br>
From: Xiang Hao &lt;<a href="mailto:haoxiang@yahoo.cn">haoxiang@yahoo.cn</a>&gt;<br>
Subject: [petsc-users] Problem with including petscdmda.h<br>
To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CAL-Bv1oxfJhXrrxJxGz1%2BmEGbnP7fRREGHpqsyB%2Brk0jTfpFCw@mail.gmail.com">CAL-Bv1oxfJhXrrxJxGz1+mEGbnP7fRREGHpqsyB+rk0jTfpFCw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;windows-1252&quot;<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I have a question about petscdmda.h.<br>
<br>
I have a program using PETSc, which is running well. Now I just add a new<br>
line #include &lt;petscdmda.h&gt; in my code and get the following error. I don&#39;t<br>
understand what&#39;s going on here. Any help?<br>
<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
In file included from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdmda.h:4:0,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.h:18,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.cxx:9:<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:27:8: error: ?PetscClassId?<br>
does not name a type<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:48:8: error: ?PetscBool?<br>
does not name a type<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:120:55: error: ?PetscBool?<br>
has not been declared<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:144:46: error: ?PetscBool?<br>
has not been declared<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:145:42: error: ?PetscBool?<br>
has not been declared<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:146:42: error: ?PetscBool?<br>
has not been declared<br>
In file included from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:157:0,<br>
                 from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdmda.h:4,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.h:18,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.cxx:9:<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscbag.h:44:60: error: ?PetscBool?<br>
has not been declared<br>
In file included from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdmda.h:5:0,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.h:18,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.cxx:9:<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscpf.h:41:8: error: ?PetscClassId?<br>
does not name a type<br>
In file included from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdmda.h:5:0,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.h:18,<br>
                 from<br>
/home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.cxx:9:<br>
/home/sci/hao/software/PETSc/include/petscpf.h:52:8: error: ?PetscBool?<br>
does not name a type<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
The head file of my program begin with the following. The read line is the<br>
one I just added.<br>
<br>
#include &lt;fstream&gt;<br>
#include &lt;iostream&gt;<br>
#include &lt;itkImage.h&gt;<br>
#include &lt;itkImageFileReader.h&gt;<br>
#include &lt;itkImageFileWriter.h&gt;<br>
#include &lt;itkVectorImage.h&gt;<br>
#include &lt;itkRecursiveGaussianImageFilter.h&gt;<br>
#include &lt;petscksp.h&gt;<br>
#include &lt;petscdmda.h&gt;<br>
#include &lt;itkMedianImageFilter.h&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/a9209e2e/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/a9209e2e/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 10 Nov 2011 23:17:27 -0600<br>
From: Jed Brown &lt;<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
Subject: Re: [petsc-users] Problem with including petscdmda.h<br>
To: PETSc users list &lt;<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CAM9tzSkbrwNLoMCu4p_eL9syVxMXdm6jtmgvts6WwohniREMJw@mail.gmail.com">CAM9tzSkbrwNLoMCu4p_eL9syVxMXdm6jtmgvts6WwohniREMJw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
On Thu, Nov 10, 2011 at 23:11, Xiang Hao &lt;<a href="mailto:haoxiang@yahoo.cn">haoxiang@yahoo.cn</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; I have a program using PETSc, which is running well. Now I just add a new<br>
&gt; line #include &lt;petscdmda.h&gt; in my code and get the following error. I don&#39;t<br>
&gt; understand what&#39;s going on here. Any help?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; -------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; In file included from /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdmda.h:4:0,<br>
&gt;                  from<br>
&gt; /home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.h:18,<br>
&gt;                  from<br>
&gt; /home/sci/hao/programming/C++/ITK/SolveAlpha/SolveAlpha.cxx:9:<br>
&gt; /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:27:8: error: ?PetscClassId?<br>
&gt; does not name a type<br>
&gt; /home/sci/hao/software/PETSc/include/petscdm.h:48:8: error: ?PetscBool?<br>
&gt; does not name a type<br>
&gt;<br>
<br>
The most likely explanation is that a path to an old version of PETSc<br>
appears before this one in the header search paths, therefore it finds the<br>
file with a new name (petscdm.h) in the new directory, but finds all the<br>
supporting headers (which did not change names) in the old directory. Check<br>
the command line and environment.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/7c64d647/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20111110/7c64d647/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Fri, 11 Nov 2011 12:39:02 +0200<br>
From: Konstantinos Kontzialis &lt;<a href="mailto:ckontzialis@lycos.com">ckontzialis@lycos.com</a>&gt;<br>
Subject: [petsc-users] configuration problem<br>
To: <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4EBCFB46.8050509@lycos.com">4EBCFB46.8050509@lycos.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
I&#39;m trying to configure petsc v3.2 with the following options:<br>
<br>
./configure --with-debugging=1 --with-mpi-dir=/usr/lib64/mpich2/bin<br>
--with-shared-libraries<br>
--with-large-file-io=1<br>
--with-precision=__float128<br>
--with-blacs=1<br>
--download-blacs=yes<br>
--download-f-blas-lapack=yes<br>
--with-plapack=1<br>
--download-plapack=yes<br>
--with-scalapack=1<br>
--download-scalapack=yes<br>
--with-superlu=1<br>
--download-superlu=yes<br>
  --with-superlu_dist=1<br>
--download-superlu_dist=yes<br>
  --with-ml=1 --download-ml=yes<br>
  --with-umfpack=1<br>
  --download-umfpack=yes<br>
  --with-sundials=1<br>
--download-sundials=1<br>
--with-parmetis=1<br>
  --download-parmetis=1<br>
--with-hypre=1<br>
--download-hypre=1<br>
<br>
<br>
and I get:<br>
<br>
<br>
*******************************************************************************<br>
          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log<br>
for details):<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>
Could not use downloaded f-blas-lapack?<br>
*******************************************************************************<br>
<br>
What should I do?<br>
<br>
Kostas<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
petsc-users mailing list<br>
<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/petsc-users</a><br>
<br>
<br>
End of petsc-users Digest, Vol 35, Issue 32<br>
*******************************************<br>
</blockquote><br></div><br></div>