Thanks for your reply. <br />    So, if I want to use &#39;--with-debugging=0&#39;, what is the PETSC_ARCH equal to?<br />    I just tried to use PETSC = arch-opt, and a error message comes up: <br />~/petsc-dev/conf/variables:95: ~/petsc-dev/arch-opt/conf/petscvariables: No such file or directory<br />~l/petsc-dev/conf/rules:1018: ~/petsc-dev/arch-opt/conf/petscrules: No such file or directory<br />make: *** No rule to make target `~l/petsc-dev/arch-opt/conf/petscrules&#39;.  Stop.<br />    this really confused me.<br /><br />thanks,<br />Alan<br /><br />On , Barry Smith &lt;bsmith@mcs.anl.gov&gt; wrote:<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; On Jun 3, 2011, at 2:57 PM, Alan Wei wrote:<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; &gt; Dear Sir/Madam,<br />&gt; <br />&gt; &gt;     Lately, I read there is a optimized version of PETSc by using &#39;--with-debugging=0&#39;. I have two questions here:<br />&gt; <br />&gt; &gt; 1, Do I need to use &#39;/config/configure.py ... --with-debugging=0&#39; when I configure the PETSc in order to use the non-debugging version of PETSc? Therefore, if I want to switch PETSc between these two versions, I have to keep configuring.<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt;    ABSOLUTELY NOT.  You use two different values of the environmental variable PETSC_ARCH and switch back and forth by changing the variable. You can even change it on the make command line. For example make mycode PETSC_ARCH=arch-opt<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt;    Note that you can use any name you want for the values of PETSC_ARCH. I often use arch-debug and arch-opt to keep track of them.<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; &gt; 2, I was using the &#39;--with-debugging=0&#39; to configure the PETSc. However, I tested the computational rate by executing the ex29.c. The non-debugging version does not improve the speed much; in the contrary, it slow down the speed a little bit. The comparison is attached here. Any idea on this.<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt;     It depends on the compiler and particular code you are running. We recommend using the option -log_summary to see how much time is spent in each part of the computation and how much it gets better with optimization.<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt;    Barry<br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; &gt;<br />&gt; <br />&gt; &gt; thanks in advance,<br />&gt; <br />&gt; &gt; Alan<br />&gt; <br />&gt; &gt;<br />&gt; <br />&gt; &gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt;