<div class="gmail_quote">On Mon, May 16, 2011 at 16:50, Tian(ICT) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rongtian@ncic.ac.cn">rongtian@ncic.ac.cn</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><font size="2">./pgfem -pc_type none does not work either, leading to 
negative jacobian of element.</font></div></blockquote><div><br></div><div>During finite differencing or in the line search? Perhaps a trust region would be better for this problem.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<div><font size="2">What is the output for -mat_view, are all the output the 
jacobian, or do they inlcude preconditioning matrix?</font></div></blockquote></div><br><div>It includes all matrices. You can call MatSetOptionsPrefix(B,&quot;jacpre_&quot;) and then run with -jacpre_mat_view to see only that matrix.</div>