<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    <pre wrap="">Dear all,

I'm using a matrix free formulation of the Newton-Krylov method.

    My code is running when I use a constant matrix as a preconditioner.

    However, when I want to use another matrix (problem specific) I read to the

    manual that I have to use the -snes_mf_operator option, with 

    appropriately setting

    snessetjacobian function. I do that in my code as follows:

    ierr = MatCreateSNESMF(sys.snes, &amp;sys.J);

         CHKERRQ(ierr);

    ierr = SNESSetJacobian(sys.snes, sys.J, sys.P, jacobian_matrix, &amp;sys);

          CHKERRQ(ierr);

    I have preallocated space for matrix sys.P, but when I start running I 

    get the following error:

    [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message 

    ------------------------------------

    [1]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer!

    [1]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1!

    [1]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.1.0, Patch 7, Mon Dec 20 

- Ignored:

    14:26:37 CST 2010

    [1]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.

    [1]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.

    [1]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.

    [1]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [1]PETSC ERROR: ./hoac_forth on a linux-gnu named localhost by 

    kontzialis Wed Mar 23 04:42:52 2011

    [1]PETSC ERROR: Libraries linked from 

    /home/kontzialis/PETSC/petsc-3.1-p7/linux-gnu-c-debug/lib

    [1]PETSC ERROR: Configure run at Mon Feb 21 14:55:24 2011

    [1]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=1 --with-cc=mpicc 

    --with-fc=mpif90 --with-shared=1 --with-shared-libraries --wi[0]PETSC 

    ERROR: --------------------- Error Message 

    ------------------------------------

    [0]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer!

    [0]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1!

    [0]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.1.0, Patch 7, Mon Dec 20 

    14:26:37 CST 2010

    [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.

    [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.

    [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.

    [0]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [0]PETSC ERROR: ./hoac_forth on a linux-gnu named localhost by 

    kontzialis Wed Mar 23 04:42:52 2011

    [0]PETSC ERROR: Libraries linked from 

    /home/kontzialis/PETSC/petsc-3.1-p7/linux-gnu-c-debug/lib

    [0]PETSC ERROR: Configure run at Mon Feb 21 14:55:24 2011

    [0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=1 --with-cc=mpicc 

    --with-fc=mpif90 --with-shared=1 --with-shared-libraries 

    --with-large-file-io=1 --with-precision=double --with-blacs=1 

    --download-blacs=yes --download-f-blas-lapack=yes --with-plapack=1 

    --download-plapack=yes --with-scalapack=1 --download-scalapack=yes 

    --with-superlu=1 --download-superlu=yes --with-superlu_dist=1 

    --download-superlu_dist=yes --with-ml=1 --download-ml=yes 

    --with-umfpack=1 --download-umfpack=yes --with-mpi=1 --download-mpich=1 

    --with-sundials=1 --download-sundials=1 --with-parmetis=1 

    --download-parmetis=1 --with-hypre=1 --download-hypre=1

    [1]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [1]PETSC ERROR: PetscObjectGetComm() line 34 in src/sys/objects/gcomm.c

    [1]PETSC ERROR: VecNormBegin() line 495 in src/vec/vec/utils/comb.c

    [1]PETSC ERROR: MatMFFDCompute_WP() line 73 in src/mat/impls/mffd/wp.c

    [1]PETSC ERROR: MatMult_MFFD() line 315 in src/mat/impls/mffd/mffd.c

    [1]PETSC ERROR: MatMult() line 1899 in src/mat/interface/matrix.c

    [1]PETSC ERROR: PCApplyBAorAB() line 585 in src/ksp/pc/interface/precon.c

    [1]PETSC ERROR: Gth-large-file-io=1 --with-precision=double 

    --with-blacs=1 --download-blacs=yes --download-f-blas-lapack=yes 

    --with-plapack=1 --download-plapack=yes --with-scalapack=1 

    --download-scalapack=yes --with-superlu=1 --download-superlu=yes 

    --with-superlu_dist=1 --download-superlu_dist=yes --with-ml=1 

    --download-ml=yes --with-umfpack=1 --download-umfpack=yes --with-mpi=1 

    --download-mpich=1 --with-sundials=1 --download-sundials=1 

    --with-parmetis=1 --download-parmetis=1 --with-hypre=1 --download-hypre=1

    [0]PETSC ERROR: 

    ------------------------------------------------------------------------

    [0]PETSC ERROR: PetscObjectGetComm() line 34 in src/sys/objects/gcomm.c

    [0]PETSC ERROR: VecNormBegin() line 495 in src/vec/vec/utils/comb.c

    [0]PETSC ERROR: MatMFFDCompute_WP() line 73 in src/mat/impls/mffd/wp.c

    [0]PETSC ERROR: MatMult_MFFD() line 315 in src/mat/impls/mffd/mffd.c

    [0]PETSC ERROR: MatMult() line 1899 in src/mat/interface/matrix.c

    [0]PETSC ERROR: PCApplyBAorAB() line 585 in src/ksp/pc/interface/precon.c

    [0]PETSC ERROR: GMREScycle() line 161 in src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c

    [1]PETSC ERROR: KSPSolve_GMRES() line 241 in src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c

    [1]PETSC ERROR: KSPSolve() line 396 in src/ksp/ksp/interface/itfunc.c

    [1]PETSC ERROR: SNES_KSPSolve() line 2944 in src/snes/interface/snes.c

    [1]PETSC ERROR: SNESSolve_LS() line 191 in src/snes/impls/ls/ls.c

    [1]PETSC ERROR: SNESSolve() line 2255 in src/snes/interface/snes.c

    [1]PETSC ERROR: User provided function() line 33 in 

    "unknowndirectory/"../crank_nickolson.c

    [1]PETSC ERROR: User provided function() line 84 in 

    "unknowndirectory/"../implicit_time.c

    [1]PETSC ERROR: User provided function() line 1158 in 

    "unknowndirectory/"../hoac.c

    MREScycle() line 161 in src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c

    [0]PETSC ERROR: KSPSolve_GMRES() line 241 in src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c

    [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 396 in src/ksp/ksp/interface/itfunc.c

    [0]PETSC ERROR: SNES_KSPSolve() line 2944 in src/snes/interface/snes.c

    [0]PETSC ERROR: SNESSolve_LS() line 191 in src/snes/impls/ls/ls.c

    [0]PETSC ERROR: SNESSolve() line 2255 in src/snes/interface/snes.c

    [0]PETSC ERROR: User provided function() line 33 in 

    "unknowndirectory/"../crank_nickolson.c

    [0]PETSC ERROR: User provided function() line 84 in 

    "unknowndirectory/"../implicit_time.c

    [0]PETSC ERROR: User provided function() line 1158 in 

    "unknowndirectory/"../hoac.c

    Please help.

    Costas

- Done.

</pre>

    <br>

    <fieldset class="mimeAttachmentHeader"><legend

        class="mimeAttachmentName">matrix free and preconditioner.eml</legend></fieldset>

    <table class="header-part1" border="0" cellpadding="0"

      cellspacing="0" width="100%">

      <tbody>

        <tr>

          <td>

            <div class="headerdisplayname" style="display: inline;">Subject:

            </div>

            matrix free and preconditioner</td>

        </tr>

        <tr>

          <td>

            <div class="headerdisplayname" style="display: inline;">From:

            </div>

            Kontsantinos Kontzialis <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:ckontzialis@lycos.com">&lt;ckontzialis@lycos.com&gt;</a></td>

        </tr>

        <tr>

          <td>

            <div class="headerdisplayname" style="display: inline;">Date:

            </div>

            Wed, 23 Mar 2011 04:43:43 +0200</td>

        </tr>

      </tbody>

    </table>

    <table class="header-part2" border="0" cellpadding="0"

      cellspacing="0" width="100%">

      <tbody>

        <tr>

          <td>

            <div class="headerdisplayname" style="display: inline;">To:

            </div>

            <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:petsc-users-request@mcs.anl.gov">petsc-users-request@mcs.anl.gov</a></td>

        </tr>

      </tbody>

    </table>

    <br>

    <div class="moz-text-flowed" style="font-family: -moz-fixed;

      font-size: 12px;" lang="x-western">Dear Petsc team,

      <br>

      <br>

      &nbsp;I'm using a matrix free formulation of the Newton-Krylov method.

      <br>

      My code is running when I use a constant matrix as a

      preconditioner.

      <br>

      However, when I want to use another matrix (problem specific) I

      read to the

      <br>

      manual that I have to use the -snes_mf_operator option, with

      appropriately setting

      <br>

      snessetjacobian function. I do that in my code as follows:

      <br>

      <br>

      ierr = MatCreateSNESMF(sys.snes, &amp;sys.J);

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CHKERRQ(ierr);

      <br>

      <br>

      ierr = SNESSetJacobian(sys.snes, sys.J, sys.P, jacobian_matrix,

      &amp;sys);

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHKERRQ(ierr);

      <br>

      <br>

      I have preallocated space for matrix sys.P, but when I start

      running I get the following error:

      <br>

      <br>

      [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message

      ------------------------------------

      <br>