<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

<font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">Hi all,</font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"><br><br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">thank you Barry for the indication you gave me.</font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"><br><br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">As a matter of fact, i verified my jacobian and function evaluation again and again but i really dont see anything wrong in it. </font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"><br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">So i came back to the basic Laplacian problem (- \Delta u = f ) in the unit cube discretized in regular hexes. The numerical scheme i use is a vertex-centred finite volume scheme.</font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"><br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">The solution i get is correct compared to the exact solution (of second order) and i know my jacobian and residual evalutions are correct. But here is the log out i get.</font><font style="font-size: 12pt;" face="Comic Sans MS" size="3"><br><br></font><br>Event&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Count&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time (sec)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Flops/sec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --- Global ---&nbsp; --- Stage ---&nbsp;&nbsp; Total<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max Ratio&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ratio&nbsp;&nbsp; Max&nbsp; Ratio&nbsp; Mess&nbsp;&nbsp; Avg len Reduct&nbsp; %T %F %M %L %R&nbsp; %T %F %M %L %R Mflop/s<br>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>--- Event Stage 0: Main Stage<br><br><font style="" color="#ff0000">VecMDot&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71 1.0 2.9587e-02 1.0 6.23e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 25&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 25&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 623</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecNorm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77 1.0 3.3638e-02 1.0 4.24e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecScale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74 1.0 2.1052e-03 1.0 3.26e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 326</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecCopy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80 1.0 3.4863e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecSet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 1.0 2.0776e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 1.0 2.3208e-04 1.0 3.99e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 399</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecWAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 6.6995e-05 1.0 1.38e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 138</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecMAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74 1.0 3.8138e-02 1.0 5.18e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 27&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 27&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 518</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAssemblyBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 1.0 9.8636e-06 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAssemblyEnd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 1.0 6.9494e-06 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecScatterBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 1.0 3.0706e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecNormalize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74 1.0 3.4648e-02 1.0 5.88e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 3&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 3&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59</font><br><font style="" color="#00b050">MatMult&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73 1.0 1.4618e-01 1.0 2.22e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 45&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 45&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 222</font><font style="" color="#00b050"><br></font><font style="" color="#00b050">MatAssemblyBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 1.0 6.9899e-06 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#00b050"><br></font><font style="" color="#00b050">MatAssemblyEnd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 1.0 6.1999e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br><font style="" color="#17365d">SNESSolve&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 6.7333e+01 1.0 1.08e+06 1.0 0.0e+00 0.0e+00 3.0e+00 99100&nbsp; 0&nbsp; 0100&nbsp; 99100&nbsp; 0&nbsp; 0100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESLineSearch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 5.1989e-01 1.0 8.91e+04 1.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+00&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 33&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESFunctionEval&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 1.0 1.0441e+00 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 2.0e+00&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 67&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 67&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESJacobianEval&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 6.6026e+01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+00 97&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 33&nbsp; 97&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br><font style="" color="#974806">KSPGMRESOrthog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71 1.0 6.5884e-02 1.0 5.60e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 51&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 51&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 560</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">KSPSetup&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 2.2203e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">KSPSolve&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 2.6036e-01 1.0 2.80e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0100&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0100&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 280</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">PCSetUp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1.0 7.9495e-06 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">PCApply&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74 1.0 3.6445e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>Memory usage is given in bytes:<br><br>Object Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Creations&nbsp;&nbsp; Destructions&nbsp;&nbsp; Memory&nbsp; Descendants' Mem.<br><br>--- Event Stage 0: Main Stage<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index Set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 111792&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vec&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 223596&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vec Scatter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Matrix&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SNES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Krylov Solver&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Preconditioner&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viewer&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Draw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>========================================================================================================================<br>Average time to get PetscTime(): 1.60268e-06<br><br><br><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">This shows that the Jacobian evaluation takes 97% of time and the residual just 2% in the SNESSolve</font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">. But if you look at the total MFlops, you can see that its null(i guess very low) for these phases. What seems to be long is the part in red concerning Vector manips. You can even see at the end that the most memory use is in Index set and Vec.<br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">Then i did another test solving </font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"> this time </font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">the heat equation (unsteady) with a given initial condition and a </font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">compatible </font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">homogeneous Dirichlet boundary condition. Once again i get the right solution with the log out bellow.<br></font><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3"><br></font><br>Event&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Count&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time (sec)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Flops/sec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --- Global ---&nbsp; --- Stage ---&nbsp;&nbsp; Total<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max Ratio&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ratio&nbsp;&nbsp; Max&nbsp; Ratio&nbsp; Mess&nbsp;&nbsp; Avg len Reduct&nbsp; %T %F %M %L %R&nbsp; %T %F %M %L %R Mflop/s<br>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>--- Event Stage 0: Main Stage<br><br><font style="" color="#ff0000">VecMDot&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 1.0 5.0474e-04 1.0 5.48e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 6&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 6&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 548</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecNorm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62 1.0 8.8694e-03 1.0 4.72e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 9&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 9&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecScale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32 1.0 3.8212e-04 1.0 2.83e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 2&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 283</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecCopy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81 1.0 1.1948e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecSet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88 1.0 8.4816e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 1.8910e-04 1.0 3.57e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 357</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecWAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 2.6472e-04 1.0 1.27e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 1&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 127</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecMAXPY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32 1.0 1.0271e-03 1.0 4.14e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 9&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 9&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 414</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAssemblyBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40 1.0 8.7160e-05 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecAssemblyEnd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40 1.0 7.5617e-05 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecScatterBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39 1.0 1.5163e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#ff0000"><br></font><font style="" color="#ff0000">VecNormalize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32 1.0 3.8553e-03 1.0 6.65e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 5&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 5&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67</font><br><font style="" color="#00b050">MatMult&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 1.0 1.5831e-02 1.0 2.16e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 72&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 72&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 216</font><font style="" color="#00b050"><br></font><font style="" color="#00b050">MatAssemblyBegin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30 1.0 6.5176e-05 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#00b050"><br></font><font style="" color="#00b050">MatAssemblyEnd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30 1.0 1.2829e-02 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#00b050"><br></font><font style="" color="#00b050">MatZeroEntries&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 1.0 1.8313e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br><font style="" color="#17365d">SNESSolve&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 1.7674e+01 1.0 2.69e+05 1.0 0.0e+00 0.0e+00 3.0e+01 93100&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 94100&nbsp; 0&nbsp; 0 75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESLineSearch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 3.7443e+00 1.0 4.51e+04 1.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+01 20&nbsp; 4&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 20&nbsp; 4&nbsp; 0&nbsp; 0 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESFunctionEval&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20 1.0 7.2693e+00 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 2.0e+01 38&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 39&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#17365d"><br></font><font style="" color="#17365d">SNESJacobianEval&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 1.0367e+01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+01 55&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 55&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br><font style="" color="#974806">KSPGMRESOrthog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 1.0 1.4277e-03 1.0 3.88e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 12&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 12&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 388</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">KSPSetup&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 1.3128e-03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">KSPSolve&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 2.8431e-02 1.0 1.57e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0 94&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0 94&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 157</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">PCSetUp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 1.0 2.5831e-05 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><font style="" color="#974806"><br></font><font style="" color="#974806">PCApply&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32 1.0 5.7973e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</font><br>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>Memory usage is given in bytes:<br><br>Object Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Creations&nbsp;&nbsp; Destructions&nbsp;&nbsp; Memory&nbsp; Descendants' Mem.<br><br>--- Event Stage 0: Main Stage<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index Set&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 548800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vec&nbsp;&nbsp; 167&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 153&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4198932&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vec Scatter&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Matrix&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SNES&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1116&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Krylov Solver&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 151920&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Preconditioner&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viewer&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>========================================================================================================================<br>Average time to get PetscTime(): 1.60486e-06<br><br><br><font style="font-size: 12pt;" face="Courier New" size="3">Now the Jacobian evaluation takes 55% of time and the residual 38%</font><font style="font-size: 12pt;" size="3"><font style="" face="Courier New"> and the more time steps i make the more these two time percentages equilibrate and then change ie. the residual eval spends more.<br>A quick overview shows the same behavior than the previous test.<br>So may be im wrong but i doubt there is a problem in my Jacobian and Residual evaluation.<br>My Real problem is that in a 30min nonlinear resolution with many time steps (say 100) i have 10min just for the first Newton iteration at the first time step and this happens even for the Basic Laplacian test.<br>Therefore, I thought that may be the nonlinear </font></font><font style="font-size: 12pt;" size="3"><font style="" face="Courier New">solver </font></font><font style="font-size: 12pt;" size="3"><font style="" face="Courier New">context and vectors initializations are heavy and so last a lot. But I dont know if there is a way to improve that. Or possibly there is a problem with the interfacing between LibMesh and PETSc (actually i dont use PETSc directly, i call it via the code LibMesh).<br>What do you think?<br><br>Thanks a lot.<br><br>Stephane<br><br></font></font><br>&gt; ------------------------------<br>&gt; <br>&gt; Message: 2<br>&gt; Date: Tue, 24 Feb 2009 12:25:44 -0600<br>&gt; From: Barry Smith &lt;bsmith@mcs.anl.gov&gt;<br>&gt; Subject: Re: petsc-users Digest, Vol 2, Issue 32<br>&gt; To: PETSc users list &lt;petsc-users@mcs.anl.gov&gt;<br>&gt; Message-ID: &lt;014621DE-584C-4574-8F95-9E491F8858D9@mcs.anl.gov&gt;<br>&gt; Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed; delsp=yes<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; SNESSolve            100 1.0 2.9339e+03 1.0 9.17e+05 1.0 0.0e+00 0.0e <br>&gt; +00 1.0e+03100100  0  0  1 100<br>&gt; SNESLineSearch       202 1.0 7.9707e+02 1.0 4.35e+05 1.0 0.0e+00 0.0e <br>&gt; +00 4.0e+02 27 13  0  0  0  27<br>&gt; SNESFunctionEval     302 1.0 1.1836e+03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e <br>&gt; +00 3.0e+02 40  0  0  0  0  40<br>&gt; SNESJacobianEval     202 1.0 1.7238e+03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e <br>&gt; +00 2.0e+02 59  0  0  0  0  59<br>&gt; <br>&gt; The final column above (I have removed the later ones for clarity) is  <br>&gt; the problem. Your function evaluation is<br>&gt; taking 40% of the time and the Jacobian 59%<br>&gt; <br>&gt; The PETSc linear solver is taking 1% so something is seriously bad  <br>&gt; about your function evaluation and Jacobian evaluation<br>&gt; code.<br>&gt; <br>&gt;     Barry<br>&gt; <br>&gt;<br><br><br>&gt; Today's Topics:<br>&gt; <br>&gt;    1. RE: petsc-users Digest, Vol 2, Issue 32 (STEPHANE TCHOUANMO)<br>&gt;    2. Re: petsc-users Digest, Vol 2, Issue 32 (Barry Smith)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ----------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; Message: 1<br>&gt; Date: Tue, 24 Feb 2009 19:17:27 +0100<br>&gt; From: STEPHANE TCHOUANMO &lt;tchouanm@msn.com&gt;<br>&gt; Subject: RE: petsc-users Digest, Vol 2, Issue 32<br>&gt; To: &lt;petsc-users@mcs.anl.gov&gt;<br>&gt; Message-ID: &lt;BAY107-W22ABC8C694BF4A780D2F0FC2AF0@phx.gbl&gt;<br>&gt; Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Here is my -log_summary:<br>&gt; Something looks a bit strange to me; its the MPI Reductions below.<br>&gt; Other than that, i dont see anything relevant.<br>&gt; What do you think?<br>&gt; Thanks<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ---------------------------------------------- PETSc Performance Summary: ----------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; ./diff-conv-opt on a linux-gnu named linux-stchouan with 1 processor, by stephane Tue Feb 24 13:54:35 2009<br>&gt; Using Petsc Release Version 2.3.3, Patch 13, Thu May 15 17:29:26 CDT 2008 HG revision: 4466c6289a0922df26e20626fd4a0b4dd03c8124<br>&gt; <br>&gt;                                                   Max       Max/Min        Avg      Total <br>&gt; Time (sec):                         2.937e+03      1.00000   2.937e+03<br>&gt; Objects:                              3.420e+03      1.00000   3.420e+03<br>&gt; Flops:                                  2.690e+09      1.00000   2.690e+09  2.690e+09<br>&gt; Flops/sec:                           9.161e+05      1.00000   9.161e+05  9.161e+05<br>&gt; MPI Messages:                  0.000e+00      0.00000   0.000e+00  0.000e+00<br>&gt; MPI Message Lengths:    0.000e+00      0.00000   0.000e+00  0.000e+00<br>&gt; MPI Reductions:                1.189e+05      1.00000<br>&gt; <br>&gt; Flop counting convention: 1 flop = 1 real number operation of type (multiply/divide/add/subtract)<br>&gt;                             e.g., VecAXPY() for real vectors of length N --&gt; 2N flops<br>&gt;                             and VecAXPY() for complex vectors of length N --&gt; 8N flops<br>&gt; <br>&gt; Summary of Stages:   ----- Time ------  ----- Flops -----  --- Messages ---  -- Message Lengths --  -- Reductions --<br>&gt;                         Avg     %Total     Avg     %Total   counts   %Total     Avg         %Total   counts   %Total <br>&gt;  0:      Main Stage: 2.9367e+03 100.0%  2.6905e+09 100.0%  0.000e+00   0.0%  0.000e+00        0.0%  1.106e+03   0.9% <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; See the 'Profiling' chapter of the users' manual for details on interpreting output.<br>&gt; Phase summary info:<br>&gt;    Count: number of times phase was executed<br>&gt;    Time and Flops/sec: Max - maximum over all processors<br>&gt;                        Ratio - ratio of maximum to minimum over all processors<br>&gt;    Mess: number of messages sent<br>&gt;    Avg. len: average message length<br>&gt;    Reduct: number of global reductions<br>&gt;    Global: entire computation<br>&gt;    Stage: stages of a computation. Set stages with PetscLogStagePush() and PetscLogStagePop().<br>&gt;       %T - percent time in this phase         %F - percent flops in this phase<br>&gt;       %M - percent messages in this phase     %L - percent message lengths in this phase<br>&gt;       %R - percent reductions in this phase<br>&gt;    Total Mflop/s: 10e-6 * (sum of flops over all processors)/(max time over all processors)<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; Event                Count      Time (sec)     Flops/sec                         --- Global ---  --- Stage ---   Total<br>&gt;                    Max Ratio  Max     Ratio   Max  Ratio  Mess   Avg len Reduct  %T %F %M %L %R  %T %F %M %L %R Mflop/s<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; --- Event Stage 0: Main Stage<br>&gt; <br>&gt; VecDot               202 1.0 3.0360e-02 1.0 3.96e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0   396<br>&gt; VecMDot              202 1.0 3.0552e-02 1.0 3.94e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0   394<br>&gt; VecNorm             1110 1.0 1.2257e+00 1.0 5.40e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  2  0  0  0   0  2  0  0  0    54<br>&gt; VecScale             404 1.0 3.5342e-02 1.0 3.41e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0   341<br>&gt; VecCopy              507 1.0 8.4626e-02 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; VecSet              1408 1.0 1.1664e-01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; VecAXPY              202 1.0 2.6221e-02 1.0 4.59e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0   459<br>&gt; VecWAXPY             202 1.0 4.4239e-02 1.0 1.36e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0   136<br>&gt; VecMAXPY             404 1.0 7.3515e-02 1.0 3.27e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  1  0  0  0   0  1  0  0  0   327<br>&gt; VecAssemblyBegin     302 1.0 9.2960e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; VecAssemblyEnd       302 1.0 5.5790e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; VecScatterBegin      603 1.0 1.9933e-01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; VecNormalize         404 1.0 5.5408e-01 1.0 6.52e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  1  0  0  0   0  1  0  0  0    65<br>&gt; MatMult              404 1.0 2.6457e+00 1.0 2.26e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0 22  0  0  0   0 22  0  0  0   226<br>&gt; MatSolve             404 1.0 4.6454e+00 1.0 1.28e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0 22  0  0  0   0 22  0  0  0   128<br>&gt; MatLUFactorNum       202 1.0 1.5211e+01 1.0 8.85e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  1 50  0  0  0   1 50  0  0  0    89<br>&gt; MatILUFactorSym      100 1.0 1.9993e+00 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+02  0  0  0  0  0   0  0  0  0  9     0<br>&gt; MatAssemblyBegin     404 1.0 9.6217e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; MatAssemblyEnd       404 1.0 1.4601e+00 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; MatGetRowIJ          100 1.0 2.4641e-04 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; MatGetOrdering       100 1.0 7.6755e-02 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 2.0e+02  0  0  0  0  0   0  0  0  0 18     0<br>&gt; MatZeroEntries        99 1.0 3.6160e-01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; SNESSolve            100 1.0 2.9339e+03 1.0 9.17e+05 1.0 0.0e+00 0.0e+00 1.0e+03100100  0  0  1 100100  0  0 91     1<br>&gt; SNESLineSearch       202 1.0 7.9707e+02 1.0 4.35e+05 1.0 0.0e+00 0.0e+00 4.0e+02 27 13  0  0  0  27 13  0  0 37     0<br>&gt; SNESFunctionEval     302 1.0 1.1836e+03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 3.0e+02 40  0  0  0  0  40  0  0  0 27     0<br>&gt; SNESJacobianEval     202 1.0 1.7238e+03 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 2.0e+02 59  0  0  0  0  59  0  0  0 18     0<br>&gt; KSPGMRESOrthog       202 1.0 7.0303e-02 1.0 3.42e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  1  0  0  0   0  1  0  0  0   342<br>&gt; KSPSetup             202 1.0 4.6391e-02 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0  0  0  0  0   0  0  0  0  0     0<br>&gt; KSPSolve             202 1.0 2.4101e+01 1.0 9.65e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 3.0e+02  1 86  0  0  0   1 86  0  0 27    97<br>&gt; PCSetUp              202 1.0 1.7296e+01 1.0 7.78e+07 1.0 0.0e+00 0.0e+00 3.0e+02  1 50  0  0  0   1 50  0  0 27    78<br>&gt; PCApply              404 1.0 4.6487e+00 1.0 1.28e+08 1.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00  0 22  0  0  0   0 22  0  0  0   128<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; Memory usage is given in bytes:<br>&gt; <br>&gt; Object Type          Creations   Destructions   Memory  Descendants' Mem.<br>&gt; <br>&gt; --- Event Stage 0: Main Stage<br>&gt; <br>&gt;            Index Set   904            901   107564984     0<br>&gt;                  Vec     1511           1497  357441684     0<br>&gt;          Vec Scatter   604          604          0     0<br>&gt;               Matrix       101          99     942432084     0<br>&gt;                 SNES   100              99      12276     0<br>&gt;        Krylov Solver   100        99    1671120     0<br>&gt;       Preconditioner   100        99      14256     0<br>&gt; ========================================================================================================================<br>&gt; Average time to get PetscTime(): 1.49164e-06<br>&gt; OptionTable: -snes_converged_reason<br>&gt; OptionTable: -snes_max_it 20<br>&gt; OptionTable: -snes_rtol 0.0000001<br>&gt; OptionTable: -snes_stol 0.001<br>&gt; Compiled without FORTRAN kernels<br>&gt; Compiled with full precision matrices (default)<br>&gt; sizeof(short) 2 sizeof(int) 4 sizeof(long) 4 sizeof(void*) 4 sizeof(PetscScalar) 8<br>&gt; Configure run at: Mon Feb 23 23:01:43 2009<br>&gt; Configure options: --with-debugging=no -with-shared --download-mpich=1<br>&gt; -----------------------------------------<br><br><br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; We can't say anything without seeing the entire output of -log_summary.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;    Matt<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br><br><br /><hr />check out the rest of the Windows Live�.

More than mail�Windows Live� goes way beyond your inbox.

 <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/' target='_new'>More than messages</a></body>

</html>