<div dir="ltr">Barry,<br>On the matlab side the code spent almost all the time waiting for the solution (sent by Petsc), because the function PetscOpenSocket.read consumes more than the half of the all simulation. in attach I&#39;m sending you a profile of the matlab code. is there some special format in which i can send to vector from matlab to petsc for a faster communication?<br>
<br>Michel<br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 16, 2008 at 2:15 PM, Barry Smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
VecLoad &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9845 1.0 4.7432e+02 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00 98 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;98 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 0<br>
<br>
MatLoad &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4922 1.0 6.7874e-01 1.0 0.00e+00 0.0 0.0e+00 0.0e+00 0.0e+00 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp; 0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 0<br>
<br>
 &nbsp; It is spending a huge amount of time in the VecLoad() but very little in the MatLoad(), this indicates to me that<br>
the time in VecLoad() is not actually moving the vector, it is time spent waiting for the vector to be ready. I suggest<br>
putting timers in the Matlab code to see where the Matlab codeis spending all its time, likely the Matlab code<br>
is really the one taking all the time.<br>
<br>
 &nbsp; Barry<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
<br>
On Sep 16, 2008, at 4:11 AM, Michel Cancelliere wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">
Hi,<br>
I have implemented a code for resolve with PETSc the linear system inside a Newton method writed in matlab, I am using the socket communication between Matlab and Petsc, but i get that about the 95% of the time is spent in the VecLoad() function. Is this behaviour normal? for the overhead time in the communication and writing and reading to/from binaries?<br>

<br>
I am attaching the log_summary<br>
<br>
Thank you<br></div></div>
&lt;log_prova_prec_NR_64_NZ_1_DT_1.log&gt;<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote></div><br></div>