<div><font>it works! </font></div><div><font>Thanks!!!</font></div><div><font><br></font></div><div><sign signid="99"><div><font><br></font><font><br></font><font><br></font><font><br></font><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px"></div></div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;" class="signRealArea"><div><div class="logo" style="width:305px;height:35px;line-height:35px;margin:20px 0 0 0;"><img src="https://exmail.qq.com/cgi-bin/viewfile?type=logo&domain=mail.sustech.edu.cn" onerror=""></div><div class="c_detail" style="margin:10px 0 0 0;"><h4 class="name" style="margin:0;font-size:14px;font-weight:bold;line-height:28px;zoom:1;">David Jiawei LUO LIANG</h4><p class="position" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;"></p><p class="department" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;">南方科技大学/学生/研究生/2024</p><p class="phone" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;"></p><p class="addr" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;">广东省深圳市南山区学苑大道1088号</p></div></div></div></sign></div><div> </div><div><includetail><div> </div><div> </div><div style="font:Verdana normal 14px;color:#000;"><div style="FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="FONT-SIZE: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div id="menu_sender"><b>From: </b> "Satish Balay"<balay.anl@fastmail.org>;</div><div><b>Date: </b> Fri, Nov 15, 2024 02:09 PM</div><div><b>To: </b> "David Jiawei LUO LIANG"<12431140@mail.sustech.edu.cn>; <wbr></div><div><b>Cc: </b> "petsc-dev"<petsc-dev@mcs.anl.gov>; "Satish Balay"<balay.anl@fastmail.org>; <wbr></div><div><b>Subject: </b> Re: [petsc-dev] petsc compatibility issues with slepc</div></div><div> </div><div style="position:relative;"><div id="tmpcontent_res"></div>

Try building MPICH with the additional flags:<br><br>'LDFLAGS=-Wl,-ld_classic -Wl,-commons,use_dylibs'<br><br>some of the MacOS/Xcode15+/Mumps issues are discussed at <a href="https://urldefense.us/v3/__https://gitlab.com/petsc/petsc/-/issues/1637__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq6Bi-PFl$">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/issues/1637</a><br><br>We do not know the exact reason why MUMPS fails [without these extra options]<br><br>Satish<br><br>On Fri, 15 Nov 2024, David Jiawei LUO LIANG wrote:<br><br>> My MacBook is M2<br>> gcc, g++, c++, cpp version is : <br>> <br>> Apple clang version 16.0.0 (clang-1600.0.26.4)<br>>  <br>> Target: arm64-apple-darwin24.1.0<br>>  <br>> Thread model: posix<br>>  <br>> InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin<br>> <br>> <br>> <br>> # install mpich by source<br>> ./configure --prefix=/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt<br>> <br>> config.status: executing gen_binding_f90 commands<br>>  <br>> &nbsp; [ ./maint/gen_binding_f90.py -f-logical-size=4 -ignore-tkr=gcc ]<br>>  <br>> &nbsp; --&gt; [src/binding/fortran/use_mpi/mpi_base.f90]<br>>  <br>> &nbsp; --&gt; [src/binding/fortran/use_mpi/pmpi_base.f90]<br>>  <br>> &nbsp; --&gt; [src/binding/fortran/use_mpi/mpi_constants.f90]<br>>  <br>> &nbsp; --&gt; [src/binding/fortran/use_mpi/mpi_sizeofs.f90]<br>>  <br>> *****************************************************<br>>  <br>> ***<br>>  <br>> *** device&nbsp; &nbsp; &nbsp; : ch4:ofi (embedded libfabric)<br>>  <br>> *** shm feature : auto <br>>  <br>> *** gpu support : disabled<br>>  <br>> ***<br>>  <br>> &nbsp; MPICH is configured with device ch4:ofi, which should work<br>>  <br>> &nbsp; for TCP networks and any high-bandwidth interconnect<br>>  <br>> &nbsp; supported by libfabric. MPICH can also be configured with<br>>  <br>> &nbsp; "--with-device=ch4:ucx", which should work for TCP networks<br>>  <br>> &nbsp; and any high-bandwidth interconnect supported by the UCX<br>>  <br>> &nbsp; library. In addition, the legacy device ch3 (--with-device=ch3)<br>>  <br>> &nbsp; is also available.<br>>  <br>> *****************************************************<br>>  <br>> Configuration completed.<br>> <br>> <br>> make -j6 2&gt;&amp;1 | tee m.txt<br>> <br>> &nbsp; MOD&nbsp; &nbsp; &nbsp; src/binding/fortran/use_mpi/mpi.mod-stamp<br>>  <br>> copying selected object files to avoid basename conflicts...<br>>  <br>> &nbsp; GEN&nbsp; &nbsp; &nbsp; lib/libmpi.la<br>>  <br>> &nbsp; CXXLD&nbsp; &nbsp; lib/libmpicxx.la<br>>  <br>> &nbsp; GEN&nbsp; &nbsp; &nbsp; lib/libmpifort.la<br>>  <br>> &nbsp; CCLD &nbsp; &nbsp; src/env/mpichversion<br>>  <br>> &nbsp; CCLD &nbsp; &nbsp; src/env/mpivars<br>>  <br>> ld: warning: -dylib_file is deprecated. Use -F or -L to control where indirect dylibs are found<br>>  <br>> ld: warning: -dylib_file is deprecated. Use -F or -L to control where indirect dylibs are found<br>>  <br>> Making all in examples<br>>  <br>> &nbsp; CC &nbsp; &nbsp; &nbsp; cpi.o<br>>  <br>> &nbsp; CCLD &nbsp; &nbsp; cpi<br>> <br>> <br>> <br>> make install 2&gt;&amp;1 | tee mi.txt<br>> <br>> /usr/bin/install -c -m 644 index.htm /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich/www3/index.htm<br>>  <br>> /usr/bin/install -c -m 644 mpi.cit /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich/www3/mpi.cit<br>>  <br>> if [ ! -e /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich ] ; then mkdir -p /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich ; fi<br>>  <br>> if [ -s ./doc/userguide/user.pdf ] ; then /usr/bin/install -c -m 644 ./doc/userguide/user.pdf /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich/user.pdf ; fi<br>>  <br>> if [ -s ./doc/installguide/install.pdf ] ; then /usr/bin/install -c -m 644 ./doc/installguide/install.pdf /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich/install.pdf ; fi<br>>  <br>> if [ -s ./doc/logging/logging.pdf ] ; then /usr/bin/install -c -m 644 ./doc/logging/logging.pdf /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/share/doc/mpich/logging.pdf ; fi<br>>  <br>> &nbsp;mkdir -p '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;/usr/bin/install -c -m 644 src/include/mpi_proto.h '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;mkdir -p '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;/usr/bin/install -c -m 644 src/binding/fortran/use_mpi/mpi.mod src/binding/fortran/use_mpi/mpi_sizeofs.mod src/binding/fortran/use_mpi/mpi_constants.mod src/binding/fortran/use_mpi/mpi_base.mod src/binding/fortran/use_mpi/pmpi_base.mod '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;mkdir -p '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;/usr/bin/install -c -m 644 src/binding/cxx/mpicxx.h src/binding/fortran/mpif_h/mpif.h src/include/mpi.h '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include'<br>>  <br>> &nbsp;mkdir -p '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/lib/pkgconfig'<br>>  <br>> &nbsp;/usr/bin/install -c -m 644 src/packaging/pkgconfig/mpich.pc '/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/lib/pkgconfig'<br>>  <br>> Making install in examples<br>>  <br>> make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.<br>>  <br>> make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.<br>> <br>> <br>> <br>> export PATH=/Users/jiaweiluo/lib/mpich-4.2.3-opt/bin:$PATH<br>> source ~/.zshrc<br>> which mpicc<br>> <br>> /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicc<br>> <br>> <br>> <br>> # install vtk by source <br>> cmake ../VTK-9.3.1-src/ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/lawkawai/lib/VTK-9.3.1-shared -DBUILD_SHARED_LIBS=ON &nbsp;-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release<br>> <br>> <br>> <br>>  <br>> -- Configuring done (44.3s)<br>>  <br>> -- Generating done (1.8s)<br>>  <br>> -- Build files have been written to: /Users/lawkawai/lib/build_vtk<br>> <br>> <br>> <br>> make -j4<br>> <br>> [100%] Building CXX object Views/Infovis/CMakeFiles/ViewsInfovis.dir/vtkViewUpdater.cxx.o<br>>  <br>> [100%] Linking CXX shared library ../../lib/libvtkViewsInfovis-9.3.dylib<br>>  <br>> [100%] Built target ViewsInfovis<br>> <br>> <br>> <br>> make install<br>> <br>> -- Installing: /Users/lawkawai/lib/VTK-9.3.1-shared/lib/cmake/vtk-9.3/VTK-vtk-module-find-packages.cmake<br>>  <br>> -- Installing: /Users/lawkawai/lib/VTK-9.3.1-shared/share/licenses/VTK/Copyright.txt<br>> <br>> <br>> <br>> export LD_LIBRARY_PATH=/Users/lawkawai/lib/VTK-9.3.1-shared/lib:$LD_LIBRARY_PATH<br>> source ~/.zshrc<br>> <br>> <br>> # install petsc by source<br>> ./configure --with-x=0 -with-pic --with-make-np=4 --with-mpi-compilers=1 --with-mpi-dir=/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/ --with-scalar-type=real --with-precision=double --with-mumps=1 --download-mumps --with-scalapack=1 --download-scalapack --with-blacs=1 --download-blacs --download-fblaslapack --download-metis --download-hdf5 --with-debugging=no --download-slepc --prefix=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt<br>> <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Configuring PETSc to compile on your system<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ***** WARNING *****<br>>  <br>> &nbsp; Found environment variable: FFLAGS=-w -fallow-argument-mismatch -O2. Ignoring it! Use<br>>  <br>> &nbsp; "./configure FFLAGS=$FFLAGS" if you really want to use this value<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ***** WARNING *****<br>>  <br>> &nbsp; Using default C optimization flags "-g -O3". You might consider manually setting optimal<br>>  <br>> &nbsp; optimization flags for your system with COPTFLAGS="optimization flags" see<br>>  <br>> &nbsp; config/examples/arch-*-opt.py for examples<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ***** WARNING *****<br>>  <br>> &nbsp; Using default Cxx optimization flags "-g -O3". You might consider manually setting<br>>  <br>> &nbsp; optimal optimization flags for your system with CXXOPTFLAGS="optimization flags" see<br>>  <br>> &nbsp; config/examples/arch-*-opt.py for examples<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ***** WARNING *****<br>>  <br>> &nbsp; Using default FC optimization flags "-g -O". You might consider manually setting optimal<br>>  <br>> &nbsp; optimization flags for your system with FOPTFLAGS="optimization flags" see<br>>  <br>> &nbsp; config/examples/arch-*-opt.py for examples<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; Trying to download<br>>  <br>> &nbsp; <a href="https://urldefense.us/v3/__https://web.cels.anl.gov/projects/petsc/download/externalpackages/hdf5-1.14.3-p1.tar.bz2__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq-fGhbWd$">https://web.cels.anl.gov/projects/petsc/download/externalpackages/hdf5-1.14.3-p1.tar.bz2</a><br>>  <br>> &nbsp; for HDF5<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Running configure on HDF5; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Running make on HDF5; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Running make install on HDF5; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Trying to download <a href="https://urldefense.us/v3/__https://bitbucket.org/petsc/pkg-fblaslapack__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq2zgeINB$">https://bitbucket.org/petsc/pkg-fblaslapack</a> for FBLASLAPACK<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Compiling FBLASLAPACK; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Trying to download <a href="https://urldefense.us/v3/__https://bitbucket.org/petsc/pkg-metis.git__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq-hg2DcU$">https://bitbucket.org/petsc/pkg-metis.git</a> for METIS<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Configuring METIS with CMake; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Compiling and installing METIS; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; Trying to download <a href="https://urldefense.us/v3/__https://github.com/Reference-ScaLAPACK/scalapack__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq_rhQh2-$">https://github.com/Reference-ScaLAPACK/scalapack</a> for SCALAPACK<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Configuring SCALAPACK with CMake; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Compiling and installing SCALAPACK; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Trying to download <a href="https://urldefense.us/v3/__https://mumps-solver.org/MUMPS_5.7.3.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq0NHbScS$">https://mumps-solver.org/MUMPS_5.7.3.tar.gz</a> for MUMPS<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Compiling MUMPS; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Installing MUMPS; this may take several minutes<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Trying to download <a href="https://urldefense.us/v3/__https://gitlab.com/slepc/slepc.git__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq_htxo61$">https://gitlab.com/slepc/slepc.git</a> for SLEPC<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> &nbsp; SLEPc examples are available at arch-darwin-c-opt/externalpackages/git.slepc<br>>  <br>> &nbsp; export SLEPC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt<br>>  <br>> ================================================================================<br>>  <br>> Compilers:<br>>  <br>> &nbsp; C Compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicc&nbsp; -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -g -O3 <br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; Version: Apple clang version 16.0.0 (clang-1600.0.26.4)<br>>  <br>> &nbsp; C++ Compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicxx&nbsp; -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fstack-protector -fno-stack-check -fvisibility=hidden -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fstack-protector -fno-stack-check -fvisibility=hidden -g -O3&nbsp; -std=gnu++20 -fPIC <br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; Version: Apple clang version 16.0.0 (clang-1600.0.26.4)<br>>  <br>> &nbsp; Fortran Compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpif90&nbsp; -fPIC -Wall -ffree-line-length-none -ffree-line-length-0 -Wno-lto-type-mismatch -Wno-unused-dummy-argument -Wall -ffree-line-length-none -ffree-line-length-0 -Wno-lto-type-mismatch -Wno-unused-dummy-argument -g -O &nbsp;<br>>  <br>> &nbsp; &nbsp; Version: GNU Fortran (Homebrew GCC 14.2.0_1) 14.2.0<br>>  <br>> Linkers:<br>>  <br>> &nbsp; Shared linker: &nbsp; /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicc&nbsp; -dynamiclib -undefined dynamic_lookup&nbsp; -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -g -O3<br>>  <br>> &nbsp; Dynamic linker: &nbsp; /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicc&nbsp; -dynamiclib -undefined dynamic_lookup&nbsp; -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -Wall -Wwrite-strings -Wno-unknown-pragmas -Wconversion -Wno-sign-conversion -Wno-float-conversion -Wno-implicit-float-conversion -fstack-protector -fno-stack-check -Qunused-arguments -fvisibility=hidden -g -O3<br>>  <br>> &nbsp; Libraries linked against:&nbsp; &nbsp;<br>>  <br>> BlasLapack:<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -lflapack -lfblas<br>>  <br>> &nbsp; uses 4 byte integers<br>>  <br>> MPI:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 4<br>>  <br>> &nbsp; Includes: &nbsp; -I/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/include<br>>  <br>> &nbsp; mpiexec: /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpiexec<br>>  <br>> &nbsp; Implementation: mpich4<br>>  <br>> &nbsp; MPICH_NUMVERSION: 40203300<br>>  <br>> python:<br>>  <br>> &nbsp; Executable: /opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13<br>>  <br>> pthread:<br>>  <br>> cmake:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 3.31.0<br>>  <br>> &nbsp; Executable: /opt/homebrew/bin/cmake<br>>  <br>> fblaslapack:<br>>  <br>> hdf5:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 1.14.3<br>>  <br>> &nbsp; Includes: &nbsp; -I/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/include<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -lhdf5_hl -lhdf5<br>>  <br>> metis:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 5.1.0<br>>  <br>> &nbsp; Includes: &nbsp; -I/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/include<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -lmetis<br>>  <br>> slepc:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 3.22.0<br>>  <br>> &nbsp; Includes: &nbsp; -I/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/include<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -lslepc<br>>  <br>> regex:<br>>  <br>> bison:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 2.3<br>>  <br>> &nbsp; Executable: /usr/bin/bison<br>>  <br>> MUMPS:<br>>  <br>> &nbsp; Version:&nbsp; &nbsp; 5.7.3<br>>  <br>> &nbsp; Includes: &nbsp; -I/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/include<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -ldmumps -lmumps_common -lpord -lpthread<br>>  <br>> scalapack:<br>>  <br>> &nbsp; Libraries:&nbsp; -Wl,-rpath,/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -L/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib -lscalapack<br>>  <br>> PETSc:<br>>  <br>> &nbsp; Language used to compile PETSc: C<br>>  <br>> &nbsp; PETSC_ARCH: arch-darwin-c-opt<br>>  <br>> &nbsp; PETSC_DIR: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src<br>>  <br>> &nbsp; Prefix: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt<br>>  <br>> &nbsp; Scalar type: real<br>>  <br>> &nbsp; Precision: double<br>>  <br>> &nbsp; Support for __fp16<br>>  <br>> &nbsp; Integer size: 4 bytes<br>>  <br>> &nbsp; Single library: yes<br>>  <br>> &nbsp; Shared libraries: yes<br>>  <br>> &nbsp; Memory alignment from malloc(): 16 bytes<br>>  <br>> &nbsp; Using GNU make: /opt/homebrew/bin/gmake<br>>  <br>> xxx=======================================================================================xxx<br>>  <br>> &nbsp;Configure stage complete. Now build PETSc libraries with:<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; make PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src PETSC_ARCH=arch-darwin-c-opt all<br>>  <br>> xxx=======================================================================================xxx<br>> <br>> <br>> <br>> make PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src PETSC_ARCH=arch-darwin-c-opt all<br>> <br>> &nbsp; &nbsp; CLINKER arch-darwin-c-opt/lib/libpetsc.3.22.1.dylib<br>>  <br>> &nbsp;&nbsp; DSYMUTIL arch-darwin-c-opt/lib/libpetsc.3.22.1.dylib<br>>  <br>> gmake[3]: Leaving directory '/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src'<br>>  <br>> gmake[2]: Leaving directory '/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src'<br>>  <br>> =========================================<br>>  <br>> Now to install the libraries do:<br>>  <br>> make PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src PETSC_ARCH=arch-darwin-c-opt install<br>> <br>> <br>> <br>> make PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src PETSC_ARCH=arch-darwin-c-opt install<br>> <br>> <br>> *** Installing SLEPc ***<br>>  <br>> *** Installing SLEPc at prefix location: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt&nbsp; ***<br>>  <br>> ====================================<br>>  <br>> Install complete.<br>>  <br>> Now to check if the libraries are working do (in current directory):<br>>  <br>> make SLEPC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt PETSC_ARCH="" check<br>>  <br>> ====================================<br>>  <br>> /opt/homebrew/bin/gmake --no-print-directory -f makefile PETSC_ARCH=installed-arch-darwin-c-opt PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt SLEPC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src/arch-darwin-c-opt/externalpackages/git.slepc install-builtafterslepc<br>>  <br>> /opt/homebrew/bin/gmake --no-print-directory -f makefile PETSC_ARCH=installed-arch-darwin-c-opt PETSC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt SLEPC_DIR=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src/arch-darwin-c-opt/externalpackages/git.slepc slepc4py-install<br>>  <br>> gmake[7]: Nothing to be done for 'slepc4py-install'.<br>>  <br>> gmake[3]: Nothing to be done for 'hpddm-install'.<br>>  <br>> gmake[3]: Nothing to be done for 'amrex-install'.<br>>  <br>> gmake[3]: Nothing to be done for 'bamg-install'.<br>> <br>> <br>> <br>> when I run my software<br>> # my cmake<br>> # This is a sample code that provide a linkage between the<br>> # PERIGEE code and external libraries. Users will have to<br>> # provide correct values for the libraries, according to their<br>> # installation.<br>> # This one is a sample one, assuming the libraries are installed<br>> # following the guide documented in<br>> # <a href="https://urldefense.us/v3/__https://github.com/ju-liu/PERIGEE-NS/blob/master/install-external-libs.md__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq0KvQQKF$">https://github.com/ju-liu/PERIGEE-NS/blob/master/install-external-libs.md</a><br>> # The value of $HOME is /Users/lawkawai<br>> <br>> # ========================================================<br>> # Specify the library locations<br>> # ========================================================<br>> # VTK_DIR should be the vtk directory/lib/cmake/vtk-version,<br>> # which contains VTKConfig.cmake file.<br>> # In the guide, vtk directory is $HOME/lib/VTK-7.1.1-shared<br>> set(VTK_DIR /Users/lawkawai/lib/VTK-9.3.1-shared/lib/cmake/vtk-9.3)<br>> <br>> # Modify the PETSC_DIR variable to point to the location of PETSc.<br>> set(PETSC_DIR /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt)<br>> <br>> # Modify the SLEPC_DIR<br>> set(SLEPC_DIR ${PETSC_DIR})<br>> <br>> # Modify the PETSC_ARCH variable. You can find it in your configuration<br>> # output. If you forget it, go to your PETSc home director and open<br>> # configure.log. Go the end of the file, and you shall find the value <br>> # of PETSC_ARCH<br>> set(PETSC_ARCH .)<br>> <br>> # Modify the METIS_DIR.<br>> # Note: If your PETSc has METIS installed, the conf<br>> # file will directly load that METIS; otherwise this METIS will<br>> # be used for PERIGEE. This means, if you are sure that you have<br>> # METIS in PETSc, you do not have to specify the METIS_DIR variable.<br>> set(METIS_DIR ${PETSC_DIR})<br>> <br>> # Modify the HDF5_ROOT, pointing to your hdf5 library location<br>> set(HDF5_ROOT ${PETSC_DIR})<br>> <br>> set(YAML_DIR /Users/lawkawai/lib/yaml-shared)<br>> <br>> # set(OpenMP_ROOT /opt/homebrew/Cellar/libomp/19.1.3)<br>> <br>> # set(Matlab_ROOT /Applications/MATLAB_R2023b.app)<br>> # ========================================================<br>> # Setup the libraries<br>> # You do NOT have to modify anything in this part<br>> # ========================================================<br>> list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}")<br>> <br>> find_package(VTK REQUIRED)<br>> find_package(PETSc REQUIRED)<br>> find_package(HDF5 REQUIRED)<br>> find_package(SLEPc)<br>> find_package(YAML REQUIRED)<br>> # find_package(OpenMP<br>> # find_package(Matlab REQUIRED)<br>> <br>> include_directories(${VTK_INCLUDE_DIRS})<br>> include_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})<br>> include_directories(${PETSC_INC})<br>> include_directories(${SLEPC_INC})<br>> include_directories(${YAML_INC})<br>> # include_directories(${Matlab_INCLUDE_DIRS})<br>> <br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${VTK_LIBRARIES})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${HDF5_LIBRARIES})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${PETSC_LIB})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${PETSC_METIS_LIB})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${SLEPC_LIB})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${YAML_LIB})<br>> # set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${Matlab_ENG_LIBRARY})<br>> <br>> <br>> if(PETSC_METIS)<br>>   set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${PETSC_METIS_LIB})<br>>   message(STATUS "Use METIS in PETSc: " ${PETSC_METIS_LIB})<br>> else(PETSC_METIS)<br>>   find_package(METIS)<br>>   INCLUDE_DIRECTORIES(${METIS_INCLUDE_DIRS})<br>>   set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${METIS_LIBRARIES})<br>> endif(PETSC_METIS)<br>> <br>> include_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})<br>> set(EXTRA_LINK_LIBS ${EXTRA_LINK_LIBS} ${HDF5_LIBRARIES})<br>> <br>> message(STATUS "External Libraries: " ${EXTRA_LINK_LIBS})<br>> <br>> # ========================================================<br>> # Compiler options <br>> # ========================================================<br>> # Specify the MPI compilers. There should be compilers in<br>> # $PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/bin, or the mpich you specified for <br>> # PETSc install.<br>> set(CMAKE_C_COMPILER  /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicc)<br>> set(CMAKE_CXX_COMPILER /Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/bin/mpicxx)<br>> set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)<br>> <br>> if( ${CMAKE_BUILD_TYPE} MATCHES "Release" )<br>>   set(CMAKE_CXX_FLAGS " -O3 -Wall ")<br>> else( ${CMAKE_BUILD_TYPE} MATCHES "Release" )<br>>   set(CMAKE_CXX_FLAGS " -O0 -Wall ")<br>> endif( ${CMAKE_BUILD_TYPE} MATCHES "Release" )<br>> <br>> set(CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE OFF)<br>> <br>> # EOF<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> # cmake my project<br>> cmake ../../codes/MixPERIGEE/examples/elasticity_NURBS_TaylorHood -DCMKAE_BUILD_TYPE=Release<br>> <br>> -- The C compiler identification is AppleClang 16.0.0.16000026<br>>  <br>> -- The CXX compiler identification is AppleClang 16.0.0.16000026<br>>  <br>> -- Detecting C compiler ABI info<br>>  <br>> -- Detecting C compiler ABI info - done<br>>  <br>> -- Check for working C compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/cc - skipped<br>>  <br>> -- Detecting C compile features<br>>  <br>> -- Detecting C compile features - done<br>>  <br>> -- Detecting CXX compiler ABI info<br>>  <br>> -- Detecting CXX compiler ABI info - done<br>>  <br>> -- Check for working CXX compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/c++ - skipped<br>>  <br>> -- Detecting CXX compile features<br>>  <br>> -- Detecting CXX compile features - done<br>>  <br>> -- =================== System setup ==========================<br>>  <br>> -- THE SYSTEM is Darwin<br>>  <br>> -- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Darwin-24.1.0<br>>  <br>> -- CMAKE_BINARY_DIR: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE<br>>  <br>> -- CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR: /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE<br>>  <br>> -- CMAKE_SOURCE_DIR: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/codes/MixPERIGEE/examples/elasticity_NURBS_TaylorHood<br>>  <br>> -- CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR: /Users/lawkawai/codes/MixPERIGEE/examples/elasticity_NURBS_TaylorHood<br>>  <br>> -- PROJECT_BINARY_DIR: /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE<br>>  <br>> -- PROJECT_SOURCE_DIR: /Users/lawkawai/codes/MixPERIGEE/examples/elasticity_NURBS_TaylorHood<br>>  <br>> -- EXECUTABLE_OUTPUT_PATH: /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE<br>>  <br>> -- LIBRARY_OUTPUT_PATH: &nbsp; &nbsp; /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE/lib<br>>  <br>> -- CMAKE_COMMAND: /opt/homebrew/bin/cmake<br>>  <br>> -- CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR: arm64<br>>  <br>> -- CMAKE_AR: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/ar<br>>  <br>> -- CMAKE_RANLIB: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/ranlib<br>>  <br>> -- Performing Test CMAKE_HAVE_LIBC_PTHREAD<br>>  <br>> -- Performing Test CMAKE_HAVE_LIBC_PTHREAD - Success<br>>  <br>> -- Found Threads: TRUE<br>>  <br>> -- Found OpenGL: /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework&nbsp; found components: OpenGL<br>>  <br>> -- Found PETSc: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libpetsc.dylib<br>>  <br>> -- Found HDF5: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib/libhdf5.dylib;/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libdl.tbd;/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libm.tbd (found version "1.14.3")<br>>  <br>> -- Found SLEPc: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libslepc.dylib<br>>  <br>> -- Found YAML: /Users/lawkawai/lib/yaml-shared/lib/libyaml-cpp.dylib<br>>  <br>> -- Use METIS in PETSc: /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libmetis.dylib<br>>  <br>> -- External Libraries:<br>VTK::WrappingToolsVTK::ViewsContext2DVTK::loguruVTK::TestingRenderingVTK::TestingCoreVTK::vtksysVTK::ViewsInfovisVTK::CommonColorVTK::RenderingVolumeOpenGL2VTK::glewVTK::openglVTK::RenderingLabelVTK::octreeVTK::RenderingLODVTK::RenderingLICOpenGL2VTK::RenderingImageVTK::RenderingContextOpenGL2VTK::RenderingCellGridVTK::IOVeraOutVTK::hdf5VTK::IOTecplotTableVTK::utf8VTK::IOSegYVTK::IOParallelXMLVTK::IOPLYVTK::IOOggTheoraVTK::theoraVTK::oggVTK::IONetCDFVTK::netcdfVTK::libprojVTK::IOMotionFXVTK::pegtlVTK::IOParallelVTK::jsoncppVTK::IOMINCVTK::IOLSDynaVTK::IOInfovisVTK::libxml2VTK::zlibVTK::IOImportVTK::IOIOSSVTK::fmtVTK::iossVTK::cgnsVTK::exodusIIVTK::IOFLUENTCFFVTK::IOVideoVTK::IOMovieVTK::IOExportPDFVTK::libharuVTK::IOExportGL2PSVTK::RenderingGL2PSOpenGL2VTK::gl2psVTK::pngVTK::IOExportVTK::RenderingVtkJSVTK::nlohmannjsonVTK::RenderingSceneGraphVTK::IOExodusVTK::IOEnSightVTK::IOCityGMLVTK::pugixmlVTK::IOChemistryVTK::IOCesium3DTilesVTK::IOGeometryVTK::IOCellGridVTK::IOCONVERGEC<br>FDVTK::IOHDFVTK::IOCGNSReaderVTK::IOAsynchronousVTK::IOAMRVTK::InteractionImageVTK::ImagingStencilVTK::ImagingStatisticsVTK::ImagingMorphologicalVTK::ImagingMathVTK::ImagingFourierVTK::IOSQLVTK::sqliteVTK::GeovisCoreVTK::InfovisLayoutVTK::ViewsCoreVTK::InteractionWidgetsVTK::RenderingVolumeVTK::RenderingAnnotationVTK::ImagingHybridVTK::ImagingColorVTK::InteractionStyleVTK::FiltersTopologyVTK::FiltersTensorVTK::FiltersSelectionVTK::FiltersSMPVTK::FiltersReductionVTK::FiltersProgrammableVTK::FiltersPointsVTK::FiltersParallelImagingVTK::FiltersImagingVTK::ImagingGeneralVTK::FiltersGeometryPreviewVTK::FiltersGenericVTK::FiltersFlowPathsVTK::eigenVTK::FiltersCellGridVTK::FiltersAMRVTK::FiltersParallelVTK::FiltersTextureVTK::FiltersModelingVTK::DomainsChemistryOpenGL2VTK::RenderingOpenGL2VTK::RenderingHyperTreeGridVTK::RenderingUIVTK::FiltersHybridVTK::DomainsChemistryVTK::ChartsCoreVTK::InfovisCoreVTK::FiltersExtractionVTK::ParallelDIYVTK::diy2VTK::IOXMLVTK::IOXMLParserVTK::expat<br>VTK::ParallelCoreVTK::IOLegacyVTK::IOCoreVTK::doubleconversionVTK::lz4VTK::lzmaVTK::fast_floatVTK::FiltersStatisticsVTK::FiltersHyperTreeVTK::ImagingSourcesVTK::IOImageVTK::DICOMParserVTK::jpegVTK::metaioVTK::tiffVTK::RenderingContext2DVTK::RenderingFreeTypeVTK::freetypeVTK::kwimlVTK::RenderingCoreVTK::FiltersSourcesVTK::ImagingCoreVTK::FiltersGeneralVTK::FiltersVerdictVTK::verdictVTK::FiltersGeometryVTK::CommonComputationalGeometryVTK::FiltersCoreVTK::CommonExecutionModelVTK::CommonDataModelVTK::CommonSystemVTK::CommonMiscVTK::exprtkVTK::CommonTransformsVTK::CommonMathVTK::kissfftVTK::CommonCore/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib/libhdf5.dylib/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libdl.tbd/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libm.tbd/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libpetsc.dylib/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libmetis.dylib/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libslepc.dylib/Users/lawkawai/<br>lib/yaml-shared/lib/libyaml-cpp.dylib/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/./lib/libmetis.dylib/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt/lib/libhdf5.dylib/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libdl.tbd/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX15.1.sdk/usr/lib/libm.tbd<br>>  <br>> -- Configuring done (0.9s)<br>>  <br>> -- Generating done (0.1s)<br>>  <br>> -- Build files have been written to: /Users/lawkawai/build/build_MixPERIGEE<br>> <br>> <br>> <br>> ./preprocess3d<br>> <br>> ========= Partition quality information =========&nbsp;<br>>  <br>> The largest ghost / local node ratio is: 0.1126126126126126<br>>  <br>> The smallest ghost / local node ratio is: 0.1126126126126126<br>>  <br>> The summation of the number of ghost nodes is: 47<br>>  <br>> The maximum badnode number is: 0<br>>  <br>> The maximum and minimum local node numbers are 222  222<br>>  <br>> The maximum / minimum of local node is: 1<br>>  <br>> <br>> <br>>  <br>> ================== Clean memory =================&nbsp;<br>>  <br>> -- Mesh_NURBS_MultiPatch_3D deleted.&nbsp;<br>>  <br>> -- Mesh_NURBS_MultiPatch_3D deleted.&nbsp;<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> mpirun -np 2 ./mixed_ga_drive<br>> <br>> Time is 13:09:19 2024/11/15&nbsp;<br>>  <br>> ===&gt; Assembly mass matrix and residual vector.<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Unknown type. Check for miss-spelling or missing package: <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/install/install/*external-packages__;Iw!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq5KI7SwD$">https://petsc.org/release/install/install/#external-packages</a><br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Unable to find requested PC type hypre<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: WARNING! There are unused option(s) set! Could be the program crashed before usage or a spelling mistake, etc!<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: &nbsp; Option left: name:-ksp_type value: gmres source: file<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: &nbsp; Option left: name:-pc_factor_mat_solver_type value: mumps source: file<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: &nbsp; Option left: name:-pc_type value: lu source: file<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: See <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMqycPjqfx$">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.22.1, Oct 28, 2024&nbsp;<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: ./mixed_ga_driver with 2 MPI process(es) and PETSC_ARCH&nbsp; on lawkawais-MacBook-Pro.local by lawkawai Fri Nov 15 13:09:19 2024<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Configure options: --with-x=0 -with-pic --with-make-np=4 --with-mpi-compilers=1 --with-mpi-dir=/Users/lawkawai/lib/mpich-4.2.3-opt/ --with-scalar-type=real --with-precision=double --with-mumps=1 --download-mumps --with-scalapack=1 --download-scalapack --with-blacs=1 --download-blacs --download-fblaslapack --download-metis --download-hdf5 --with-debugging=no --download-slepc --prefix=/Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-opt<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: #1 PCSetType() at /Users/lawkawai/lib/petsc-3.22.1-src/src/ksp/pc/interface/pcset.c:59<br>>  <br>> &nbsp; Residual norms for ls_mass_ solve.<br>>  <br>> &nbsp; 0 KSP Residual norm 1.337529422525e+02<br>>  <br>> &nbsp; 1 KSP Residual norm 5.908055492162e+01<br>> <br>> <br>> <br>> Time = 2.000000e-02, dt = 1.000000e-02, index = 2&nbsp;<br>>  <br>> &nbsp; --- M updated&nbsp; Init res 2-norm: 2.599563e+05&nbsp;<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: or see <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/*valgrind__;Iw!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMq5J27CSo$">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a> and <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!duCMx3OkODPjLyZVTbv5WftsFc4LZVovUkdmQmu8dr99yMV0j8D6AkEv_415C5GlgI8wwFtm2GWHszoCxBbHWXiMqycPjqfx$">https://petsc.org/release/faq/</a><br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run&nbsp;<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>>  <br>> [0]PETSC ERROR: Run with -malloc_debug to check if memory corruption is causing the crash.<br>>  <br>> Abort(59) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> when driver using cpu number &gt;= 2, Petsc cannot work. But for cpu of 1, it's working.&nbsp;<br>> What is the problem ?<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> David Jiawei LUO LIANG<br>> <br>> <br>> <br>> 南方科技大学/学生/研究生/2024<br>> <br>> <br>> <br>> 广东省深圳市南山区学苑大道1088号<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> &nbsp;<br>> &nbsp;<br>> &nbsp;<br>> ------------------ Original ------------------<br>> From: &nbsp;"Satish Balay"<balay.anl@fastmail.org&gt;;<br>> Date: &nbsp;Mon, Nov 11, 2024 11:40 PM<br>> To: &nbsp;"David Jiawei LUO LIANG"<12431140@mail.sustech.edu.cn&gt;; <br>> Cc: &nbsp;"Satish Balay"<balay.anl@fastmail.org&gt;; "petsc-dev"<petsc-dev@mcs.anl.gov&gt;; <br>> Subject: &nbsp;Re: ????????????[petsc-dev] petsc compatibility issues with slepc<br>> <br>> &nbsp;<br>> <br>>  On Mon, 11 Nov 2024, David Jiawei LUO LIANG wrote:<br>> <br>> &gt; But there still be some linking issues because my MacBook is arm64 architecture which is incompatible with x86<br>> <br>> with source install - everything should be built for arm64 - and there should be no "mixing" with x86 libraries.<br>> <br>> Satish<br><br>


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