<head><!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-start -->
<style>
  #pfptBannerww60sd1 { all: revert !important; display: block !important; 
    visibility: visible !important; opacity: 1 !important; 
    background-color: #D0D8DC !important; 
    max-width: none !important; max-height: none !important }
  .pfptPrimaryButtonww60sd1:hover, .pfptPrimaryButtonww60sd1:focus {
    background-color: #b4c1c7 !important; }
  .pfptPrimaryButtonww60sd1:active {
    background-color: #90a4ae !important; }
</style>

<!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-end -->
</head><!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-start -->
<!-- Preheader Text : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
 On Thu, Mar 7, 2024 at 12: 08 AM Adrian Croucher <a. croucher@ auckland. ac. nz> wrote: hi Matt, With a bit more experimenting, I find I get the same sort of error in DMPlexStratify() if I run a very simple program that just reads in a DMPlex
</div>
<!-- Preheader Text : END -->

<!-- Email Banner : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerStart</div>

<!--[if ((ie)|(mso))]>
  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
<![endif]-->

<![if !((ie)|(mso))]>
  <div dir="ltr"  id="pfptBannerww60sd1" style="all: revert !important; display:block !important; text-align: left !important; margin:16px 0px 16px 0px !important; padding:8px 16px 8px 16px !important; border-radius: 4px !important; min-width: 200px !important; background-color: #D0D8DC !important; background-color: #D0D8DC; border-top: 4px solid #90a4ae !important; border-top: 4px solid #90a4ae;">
    <div id="pfptBannerww60sd1" style="all: unset !important; float:left !important; display:block !important; margin: 0px 0px 1px 0px !important; max-width: 600px !important;">
      <div id="pfptBannerww60sd1" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold !important; font-weight:bold; font-size:14px !important; line-height:18px !important; line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="pfptBannerww60sd1" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px !important; line-height:18px !important; line-height:18px; margin-top:2px !important;">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="clear: both !important; display: block !important; visibility: hidden !important; line-height: 0 !important; font-size: 0.01px !important; height: 0px"> </div>
  </div>
<![endif]>

<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>
<!-- Email Banner : END -->

<!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-end -->
<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Thu, Mar 7, 2024 at 12:08 AM Adrian Croucher <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz">a.croucher@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">hi Matt,<br>
<br>
With a bit more experimenting, I find I get the same sort of error in <br>
DMPlexStratify() if I run a very simple program that just reads in a <br>
DMPlex from file and then stratifies it (no dual porosity, no <br>
distribution etc.), i.e.:<br>
<br>
   call DMPlexCreateFromFile(PETSC_COMM_WORLD, 'gminc_1d.exo', 'mesh', &<br>
        PETSC_TRUE, dm, ierr)<br>
   call DMPlexStratify(dm, ierr)<br>
<br>
The error again looks like this:<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc has generated inconsistent data<br>
[0]PETSC ERROR: New depth 0 range [10,54) overlaps with depth 0 range <br>
[10,54)<br>
<br>
Would you expect that to work?<br></blockquote><div><br></div><div>Here is what is happening in this case. The DMPlexCreateFromFile() call already stratifies the mesh.</div><div>Then the call DMPlexStratify() attempts to do this again. There is a check in DMPlexCreateDepthStratum()</div><div>that checks for overlap. If we want to call this again, we first need to wipe out the depth label. I wasn't sure I wanted DMPlexStratify() to do this automatically, but maybe it should.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
- Adrian<br>
<br>
-- <br>
Dr Adrian Croucher<br>
Senior Research Fellow<br>
Department of Engineering Science<br>
Waipapa Taumata Rau / University of Auckland, New Zealand<br>
email: <a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a><br>
tel: +64 (0)9 923 4611<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!egE85226em0pMIxZzhtCDoypqqpVkgjeDShU6xwNDaUaSg_Yalo45qmkBBW2k1X4NfXTdLKw0pfSGAOd7xGB$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>