<div dir="ltr"><div>Sphinx cannot see any of the TOC entries for the API:</div><div><br></div>(petsc-doc-env) knepley/feature-ephemeral-label *$:/PETSc3/petsc/petsc-dev/doc$ make html SPHINXOPTS="-T -E -W -j 1"<br>Running Sphinx v4.5.0<br>Warning: A custom extension duplicates code from Sphinx (4, 2, 0, 'final', 0)  which differs from the current version (4, 5, 0, 'final<br>', 0) so unexpected behavior may be observed.<br>checking bibtex cache... out of date<br>parsing bibtex file /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/petsc.bib... parsed 3762 entries<br><br>myst v0.18.1: MdParserConfig(commonmark_only=False, gfm_only=False, enable_extensions=['dollarmath', 'amsmath', 'deflist'], disable_sy<br>ntax=[], all_links_external=False, url_schemes=('http', 'https', 'mailto', 'ftp'), ref_domains=None, highlight_code_blocks=True, numbe<br>r_code_blocks=[], title_to_header=False, heading_anchors=None, heading_slug_func=None, footnote_transition=True, words_per_minute=200,<br> sub_delimiters=('{', '}'), linkify_fuzzy_links=True, dmath_allow_labels=True, dmath_allow_space=True, dmath_allow_digits=True, dmath_<br>double_inline=False, update_mathjax=True, mathjax_classes='tex2jax_process|mathjax_process|math|output_area')<br>==================================================================<br>Performing a minimal PETSc (re-)configuration needed to build docs<br>PETSC_DIR=/PETSc3/petsc/petsc-dev<br>PETSC_ARCH=arch-classic-docs<br>==================================================================<br>=============================================================================================<br>                         Configuring PETSc to compile on your system<br>=============================================================================================<br>TESTING: configureArchitecture from PETSc.options.arch(config/PETSc/options/arch.py:42)Your configure options and state has not change<br>d; no need to run configure<br>However you can force a configure run using the option: --force<br>xxx=========================================================================xxx<br> Build PETSc libraries with:<br>   make PETSC_DIR=/PETSc3/petsc/petsc-dev PETSC_ARCH=arch-classic-docs all<br>xxx=========================================================================xxx<br>============================================<br>Assuming that the classic docs in /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build_classic are current wrt stage "pre"<br>To rebuild, manually run the following before re-making:<br>  rm -rf /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build_classic<br>============================================<br>============================================<br>    Copying classic docs (pre)<br>============================================<div>Copying directory /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build_classic/docs/manualpages to ./docs/manualpages<br>============================================<br>    Updating htmlmap<br>============================================<br>building [mo]: targets for 0 po files that are out of date<br>building [html]: targets for 133 source files that are out of date<br>updating environment: [new config] 133 added, 0 changed, 0 removed<br>reading sources... [100%] tutorials/physics/guide_to_stokes<br>============================================<br><br>Assuming that the classic docs in /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build_classic are current wrt stage "post"<br>To rebuild, manually run the following before re-making:<br>  rm -rf /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build_classic<br>============================================<br>==========================================================================<br>    open /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/_build/html/index.html in your browser to view the documentation<br>==========================================================================<br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/cmd/build.py", line 276, in build_main<br>    app.build(args.force_all, filenames)<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/application.py", line 330, in build<br>    self.builder.build_update()<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 286, in build_update<br>    self.build(to_build,<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 300, in build<br>    updated_docnames = set(self.read())<br>  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/contextlib.py", line 120, in __exit__<br>    next(self.gen)<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/util/logging.py", line 217, in pending_warnings<br>    memhandler.flushTo(logger)<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/util/logging.py", line 182, in flushTo<br>    logger.handle(record)<br>  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1587, in handle<br>    self.callHandlers(record)<br>  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1649, in callHandlers<br>    hdlr.handle(record)<br>  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 946, in handle<br>    rv = self.filter(record)</div><div>  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 807, in filter<br>    result = f.filter(record)<br>  File "/PETSc3/petsc/petsc-dev/petsc-doc-env/lib/python3.8/site-packages/sphinx/util/logging.py", line 425, in filter<br>    raise exc<br>sphinx.errors.SphinxWarning: /PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/docs/manualpages/index.rst:21:toctree contains reference to nonexisting document 'docs/manualpages/AO/index.html'<br>Warning, treated as error:<br>/PETSc3/petsc/petsc-dev/doc/docs/manualpages/index.rst:21:toctree contains reference to nonexisting document 'docs/manualpages/AO/index.html'<br>make: *** [html] Error 2</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt<br><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>