<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Nov 23, 2021 at 2:05 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Tue, 23 Nov 2021, Matthew Knepley wrote:<br>
<br>
> On Tue, Nov 23, 2021 at 12:56 PM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> > On Tue, Nov 23, 2021 at 12:29 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> The primary difference I can spot [as you say] is the older xcode you<br>
> >> have. Eventhough it says the same version of flex - perhaps its buggy?<br>
> >><br>
> >> Apple clang version 11.0.3 (clang-1103.0.32.59)<br>
> >> vs<br>
> >> Apple clang version 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)<br>
> >><br>
> >><br>
> >> ><br>
> >> PATH=/PETSc3/cig/bin:/PETSc3/petsc/petsc-pylith/arch-pylith-debug/bin:/PETSc3/petsc/apple/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/texbin:/opt/X11/bin:/usr/local/git/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/X11/bin:/usr/local/texlive/2019/bin/x86_64-darwin:/usr/local/cuda/bin:/usr/local/gmt/bin:/usr/local/bin:/usr/X11/bin:/usr/local/texlive/2019/bin/x86_64-darwin:/usr/local/cuda/bin:/usr/local/gmt/bin<br>
> >><br>
> >> BTW: Can you try a build with the following and see if it makes a<br>
> >> difference?<br>
> >><br>
> >> PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin<br>
> >> ./configure PETSC_ARCH=arch-test --with-mpi-dir=/PETSc3/petsc/apple<br>
> >> --download-c2html --download-ptscotch<br>
> >><br>
> ><br>
> > Damn damn damn damn. Now I have to bisect the PATH to see how in the world<br>
> > that can make a difference.<br>
> ><br>
> <br>
> Okay, the configure succeeds by taking out /opt/local/bin:/opt/local/sbin,<br>
> but I cannot figure out why this would be the case?<br>
<br>
<br>
If you can do 'strace --follow-forks' or equivalent on Mac - you might<br>
be able to see what gets used from /opt/local/bin/<br></blockquote><div><br></div><div>Hmm, I cannot figure out how to do that. Developer tools on Mac are embarrassing.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Also you might be better off using brew instead of what you currently<br>
have.. [likely you don't need most of the binaries below. 'brew<br>
leaves' gives a nice way to keep track of whats really needed]<br></blockquote><div><br></div><div>I do not use MacPorts. I edited my .profile years ago and I missed that when abandoning it.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Or a brute force bisection by moving binaries out of (and back into) this location.<br></blockquote><div><br></div><div>That sounds like something for "grad student time"</div><div><br></div><div>   Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Satish<br>
<br>
> <br>
> knepley/feature-plex-multiple-hybrid *$:/PETSc3/petsc/petsc-pylith$ ls<br>
> /opt/local/sbin/<br>
> knepley/feature-plex-multiple-hybrid *$:/PETSc3/petsc/petsc-pylith$ ls<br>
> /opt/local/bin/<br>
> a2p                     envsubst                libnetcfg-5.12<br>
>  perlivp-5.8             prove<br>
> a2p-5.12                find2perl               libnetcfg-5.8<br>
> perlthanks              prove-5.12<br>
> a2p-5.8                 find2perl-5.12          msgattrib<br>
> perlthanks-5.12         prove-5.8<br>
> autoconf263             find2perl-5.8           msgcat<br>
>  perlthanks-5.8          psed<br>
> <br>
> autoheader263           gettext                 msgcmp<br>
>  piconv                  psed-5.12<br>
> autom4te263             gettext.sh              msgcomm<br>
> piconv-5.12             psed-5.8<br>
> autopoint               gettextize              msgconv<br>
> piconv-5.8              pstruct<br>
> autoreconf263           ghc                     msgen<br>
> pl2pm                   pstruct-5.12<br>
> autoscan263             ghc-6.10.4              msgexec<br>
> pl2pm-5.12              pstruct-5.8<br>
> autoupdate263           ghc-pkg                 msgfilter<br>
> pl2pm-5.8               ptar-5.12<br>
> c2ph                    ghc-pkg-6.10.4          msgfmt<br>
>  pod2html                ptardiff-5.12<br>
> c2ph-5.12               ghci                    msggrep<br>
> pod2html-5.12           recode-sr-latin<br>
> c2ph-5.8                ghci-6.10.4             msginit<br>
> pod2html-5.8            reset<br>
> c_rehash                gm4                     msgmerge<br>
>  pod2latex               runghc<br>
> captoinfo               gperf                   msgunfmt<br>
>  pod2latex-5.12          runhaskell<br>
> clear                   h2ph                    msguniq<br>
> pod2latex-5.8           s2p<br>
> config_data-5.12        h2ph-5.12               ncurses5-config<br>
> pod2man                 s2p-5.12<br>
> corelist-5.12           h2ph-5.8                ncursesw5-config<br>
>  pod2man-5.12            s2p-5.8<br>
> corelist-5.8            h2xs                    ngettext<br>
>  pod2man-5.8             shasum-5.12<br>
> cpan                    h2xs-5.12               openssl<br>
> pod2text                splain<br>
> cpan-5.12               h2xs-5.8                perl<br>
>  pod2text-5.12           splain-5.12<br>
> cpan-5.8                haddock                 perl5<br>
> pod2text-5.8            splain-5.8<br>
> cpan2dist               hasktags                perl5.12<br>
>  pod2usage               tabs<br>
> cpan2dist-5.12          help2man                perl5.12.3<br>
>  pod2usage-5.12          tic<br>
> cpanp                   hp2ps                   perl5.8<br>
> pod2usage-5.8           toe<br>
> cpanp-5.12              hpc                     perl5.8.9<br>
> podchecker              tput<br>
> cpanp-run-perl          hsc2hs                  perlbug<br>
> podchecker-5.12         tset<br>
> cpanp-run-perl-5.12     iconv                   perlbug-5.12<br>
>  podchecker-5.8          wget<br>
> daemondo                idn                     perlbug-5.8<br>
> podselect               xgettext<br>
> dprofpp                 ifnames263              perlcc-5.8<br>
>  podselect-5.12          xmlwf<br>
> dprofpp-5.12            infocmp                 perldoc<br>
> podselect-5.8           xsubpp<br>
> dprofpp-5.8             infotocap               perldoc-5.12<br>
>  port                    xsubpp-5.12<br>
> enc2xs                  instmodsh-5.12          perldoc-5.8<br>
> portf                   xsubpp-5.8<br>
> enc2xs-5.12             instmodsh-5.8           perlivp<br>
> portindex<br>
> enc2xs-5.8              libnetcfg               perlivp-5.12<br>
>  portmirror<br>
> <br>
>   Thanks,<br>
> <br>
>      Matt<br>
> <br>
> <br>
> >   Thanks,<br>
> ><br>
> >      Matt<br>
> ><br>
> ><br>
> >> Satish<br>
> >><br>
> >><br>
> >> On Tue, 23 Nov 2021, Matthew Knepley wrote:<br>
> >><br>
> >> > Here it is.<br>
> >> ><br>
> >> >   Matt<br>
> >> ><br>
> >> > On Tue, Nov 23, 2021 at 11:44 AM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> >> wrote:<br>
> >> ><br>
> >> > > On Tue, 23 Nov 2021, Matthew Knepley wrote:<br>
> >> > ><br>
> >> > > > On Tue, Nov 23, 2021 at 11:28 AM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> >> wrote:<br>
> >> > > ><br>
> >> > > > > Well we don't have this issue on our (macos) CI boxes where both<br>
> >> c2html<br>
> >> > > > > and scotch build and run daily [in CI]<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > what 'flex' are you using? And why does it behave differently on<br>
> >> your<br>
> >> > > box?<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > main *$:/PETSc3/petsc/petsc-dev$ which flex<br>
> >> > > > /usr/bin/flex<br>
> >> > > > main *$:/PETSc3/petsc/petsc-dev$ flex --version<br>
> >> > > > flex 2.5.35 Apple(flex-32)<br>
> >> > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > > And what errors do you get?<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > Without the extra input define in PTScotch.py, I get the yylval<br>
> >> symbol<br>
> >> > > > undefined and the lexer symbol. When I give<br>
> >> > > > that define as input, only the lexer symbol is undefined.<br>
> >> > ><br>
> >> > > BTW: Can you send the log?<br>
> >> > ><br>
> >> > > Satish<br>
> >> > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > > Perhaps CI is using older xcode (command line tools) - and you are<br>
> >> > > using<br>
> >> > > > > newer? Or something else?<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > Probably the other way around. I am on Catalina 10.15.6<br>
> >> > > ><br>
> >> > > >    Matt<br>
> >> > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > > Barry - do you have this issue on your machine?<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > balay@ypro ~ % which flex<br>
> >> > > > > /usr/bin/flex<br>
> >> > > > > balay@ypro ~ % /usr/bin/flex --version<br>
> >> > > > > flex 2.5.35 Apple(flex-32)<br>
> >> > > > > balay@ypro petsc % clang -v<br>
> >> > > > > Apple clang version 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)<br>
> >> > > > > Target: x86_64-apple-darwin19.6.0<br>
> >> > > > > Thread model: posix<br>
> >> > > > > InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin<br>
> >> > > > > balay@ypro ~ % balay@ypro petsc % ./configure<br>
> >> > > > > --with-mpi-dir=$HOME/mpich-3.4.2 --download-c2html<br>
> >> --download-ptscotch<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > <log attached><br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > Satish<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > On Tue, 23 Nov 2021, Matthew Knepley wrote:<br>
> >> > > > ><br>
> >> > > > > > This is the same flex problem as I had for c2html, but I was<br>
> >> more<br>
> >> > > > > > determined tracking it down this time. The first problem is<br>
> >> that we<br>
> >> > > were<br>
> >> > > > > > not renaming in the parser,<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > > main *$:/PETSc3/petsc/petsc-dev$ git diff<br>
> >> > > > > > diff --git a/config/BuildSystem/config/packages/PTScotch.py<br>
> >> > > > > > b/config/BuildSystem/config/packages/PTScotch.py<br>
> >> > > > > > index d1c277b6e9f..e046804c17f 100644<br>
> >> > > > > > --- a/config/BuildSystem/config/packages/PTScotch.py<br>
> >> > > > > > +++ b/config/BuildSystem/config/packages/PTScotch.py<br>
> >> > > > > > @@ -70,7 +70,7 @@ class Configure(config.package.Package):<br>
> >> > > > > >      if self.libraries.add('-lrt','timer_create'): ldflags += '<br>
> >> -lrt'<br>
> >> > > > > >      self.cflags = self.cflags + ' -DCOMMON_RANDOM_FIXED_SEED'<br>
> >> > > > > >      # do not use -DSCOTCH_PTHREAD because requires MPI built<br>
> >> for<br>
> >> > > > > threads.<br>
> >> > > > > > -    self.cflags = self.cflags + ' -DSCOTCH_RENAME<br>
> >> > > > > > -Drestrict="'+self.compilers.cRestrict+'"'<br>
> >> > > > > > +    self.cflags = self.cflags + ' -DSCOTCH_RENAME<br>
> >> > > -DSCOTCH_RENAME_PARSER<br>
> >> > > > > > -Drestrict="'+self.compilers.cRestrict+'"'<br>
> >> > > > > >      # this is needed on the Mac, because common2.c includes<br>
> >> common.h<br>
> >> > > > > which<br>
> >> > > > > > DOES NOT include mpi.h because<br>
> >> > > > > >      # SCOTCH_PTSCOTCH is NOT defined above Mac does not know<br>
> >> what<br>
> >> > > > > > clock_gettime() is!<br>
> >> > > > > >      if self.setCompilers.isDarwin(self.log):<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > > Second, they were not treating this case completely correctly:<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > ><br>
> >> > ><br>
> >> (93454e8...):/PETSc3/petsc/petsc-dev/arch-master-debug/externalpackages/git.ptscotch/src/libscotch$<br>
> >> > > > > > git diff HEAD~1<br>
> >> > > > > > diff --git a/src/libscotch/parser_yy.h<br>
> >> b/src/libscotch/parser_yy.h<br>
> >> > > > > > index 931315d..95b8160 100644<br>
> >> > > > > > --- a/src/libscotch/parser_yy.h<br>
> >> > > > > > +++ b/src/libscotch/parser_yy.h<br>
> >> > > > > > @@ -62,6 +62,9 @@<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > >  #if ((defined SCOTCH_RENAME_PARSER) || (defined yylex)) /* If<br>
> >> prefix<br>
> >> > > > > > renaming    */<br>
> >> > > > > >  #define scotchyyparse               stratParserParse2 /* Parser<br>
> >> > > function<br>
> >> > > > > > name    */<br>
> >> > > > > > +#if !defined(yylex)<br>
> >> > > > > > +#define yylex                       scotchyylex<br>
> >> > > > > > +#endif<br>
> >> > > > > >  #ifndef yylval<br>
> >> > > > > >  #define yylval                      SCOTCH_NAME_MACRO3<br>
> >> (scotchyy,<br>
> >> > > > > > SCOTCH_NAME_SUFFIXC, lval) /* It should be Yacc/Bison's job to<br>
> >> > > redefine<br>
> >> > > > > it!<br>
> >> > > > > >  */<br>
> >> > > > > >  #endif /* yylval              */<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > > How should we go about getting this fix in? Do you need to have<br>
> >> our<br>
> >> > > own<br>
> >> > > > > > branch of PTScotch?<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > >   Thanks,<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > >      Matt<br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > > ><br>
> >> > > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > ><br>
> >> > ><br>
> >> ><br>
> >> ><br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
> > --<br>
> > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> > experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> > experiments lead.<br>
> > -- Norbert Wiener<br>
> ><br>
> > <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
> > <<a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a>><br>
> ><br>
> <br>
> <br>
> <br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>