<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Nov 9, 2019 at 10:51 PM Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Mark,<div><br></div><div>Thanks for reporting this bug. I was surprised because we have sufficient heavy tests in moose using partition weights and do not have any issue so far.</div><div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>I have been pounding on this code with elasticity and have not seen this issue. I am now looking at Lapacianas and I only see it with pretty large problems. The example below is pretty minimal (eg, it works with 16 cores and it works with -dm_refine 4). I have reproduced this on Cori, SUMMIT and my laptop.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>I will take a shot on this.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Thanks, I'll try to take a look at it also. I have seen it in DDT, but did not dig further. It looked like a typical segv in ParMetis.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Fande,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Nov 9, 2019 at 3:08 PM Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">snes/ex13 is getting a ParMetis segv with GAMG and coarse grid repartitioning. Below shows the branch and how to run it.<div><br></div><div>I've tried valgrind on Cori but it gives a lot of false positives. I've seen this error in DDT but I have not had a chance to dig and try to fix it. At least I know it has something to do with weights.</div><div><br></div><div>If anyone wants to take a shot at it feel free. This bug rarely happens.<br><div></div><div><div><br></div><div>The changes use weights and are just a few lines of code (from 1.5 years ago):</div><div><br></div><div>12:08 (0455fb9fec...)|BISECTING ~/Codes/petsc$ git bisect bad<br>0455fb9fecf69cf5cf35948c84d3837e5a427e2e is the first bad commit<br>commit 0455fb9fecf69cf5cf35948c84d3837e5a427e2e<br>Author: Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com" target="_blank">fdkong.jd@gmail.com</a>><br>Date:   Thu Jun 21 18:21:19 2018 -0600<br><br>    Let parmetis and ptsotch take edge weights and vertex weights<br><br> src/mat/partition/impls/pmetis/pmetis.c | 7 +++++++<br> src/mat/partition/impls/scotch/scotch.c | 6 +++---<br> 2 files changed, 10 insertions(+), 3 deletions(-)<br><div><br></div><div>> mpiexec -n 32 ./ex13 -cells 2,4,4, -dm_refine 5 -simplex 0 -dim 3 -potential_petscspace_degree 1 -potential_petscspace_order 1 -pc_type gamg -petscpartitioner_type simple -pc_gamg_repartition true -check_pointer_intensity 0</div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>