<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Valgrind info:<br><br>==32155== Invalid read of size 4<br>==32155==    at 0x885F62F: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:879)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885CA49: libmetis__Match_RM (coarsen.c:262)<br>==32155==    by 0x885BFBD: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:55)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155==  Address 0xee2502c is 0 bytes after a block of size 284 alloc'd<br>==32155==    at 0x4C2AB80: malloc (in /usr/lib/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so)<br>==32155==    by 0x8820179: gk_malloc (memory.c:147)<br>==32155==    by 0x883D92B: libmetis__imalloc (gklib.c:24)<br>==32155==    by 0x885BF6A: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:46)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155== <br>==32155== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<br>==32155==    at 0x885F651: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:880)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885CA49: libmetis__Match_RM (coarsen.c:262)<br>==32155==    by 0x885BFBD: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:55)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155== <br>==32155== Use of uninitialised value of size 8<br>==32155==    at 0x885F6F2: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:886)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885CA49: libmetis__Match_RM (coarsen.c:262)<br>==32155==    by 0x885BFBD: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:55)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155== <br>==32155== Use of uninitialised value of size 8<br>==32155==    at 0x885F710: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:886)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885CA49: libmetis__Match_RM (coarsen.c:262)<br>==32155==    by 0x885BFBD: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:55)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155== <br>==32155== Invalid read of size 4<br>==32155==    at 0x885F392: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:856)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885CA49: libmetis__Match_RM (coarsen.c:262)<br>==32155==    by 0x885BFBD: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:55)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155==  Address 0xee2502c is 0 bytes after a block of size 284 alloc'd<br>==32155==    at 0x4C2AB80: malloc (in /usr/lib/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so)<br>==32155==    by 0x8820179: gk_malloc (memory.c:147)<br>==32155==    by 0x883D92B: libmetis__imalloc (gklib.c:24)<br>==32155==    by 0x885BF6A: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:46)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155== <br>==32155== Invalid read of size 4<br>==32155==    at 0x885F62F: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:879)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885D3CC: libmetis__Match_SHEM (coarsen.c:403)<br>==32155==    by 0x885BFD2: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:57)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155==  Address 0xee27524 is 8 bytes after a block of size 76 alloc'd<br>==32155==    at 0x4C2AB80: malloc (in /usr/lib/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so)<br>==32155==    by 0x8820179: gk_malloc (memory.c:147)<br>==32155==    by 0x883D92B: libmetis__imalloc (gklib.c:24)<br>==32155==    by 0x88607CF: libmetis__SetupCoarseGraph (coarsen.c:1107)<br>==32155==    by 0x885F16A: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:826)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885D3CC: libmetis__Match_SHEM (coarsen.c:403)<br>==32155==    by 0x885BFD2: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:57)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155== <br>==32155== Invalid read of size 4<br>==32155==    at 0x885F392: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:856)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885D3CC: libmetis__Match_SHEM (coarsen.c:403)<br>==32155==    by 0x885BFD2: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:57)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155==    by 0x6387033: PCGAMGCreateLevel_GAMG (gamg.c:226)<br>==32155==    by 0x638BCA5: PCSetUp_GAMG (gamg.c:593)<br>==32155==    by 0x64746B1: PCSetUp (precon.c:894)<br>==32155==    by 0x65D388A: KSPSetUp (itfunc.c:377)<br>==32155==  Address 0xee274cc is 4 bytes before a block of size 76 alloc'd<br>==32155==    at 0x4C2AB80: malloc (in /usr/lib/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so)<br>==32155==    by 0x8820179: gk_malloc (memory.c:147)<br>==32155==    by 0x883D92B: libmetis__imalloc (gklib.c:24)<br>==32155==    by 0x88607CF: libmetis__SetupCoarseGraph (coarsen.c:1107)<br>==32155==    by 0x885F16A: libmetis__CreateCoarseGraphNoMask (coarsen.c:826)<br>==32155==    by 0x885E2B9: libmetis__CreateCoarseGraph (coarsen.c:636)<br>==32155==    by 0x885D3CC: libmetis__Match_SHEM (coarsen.c:403)<br>==32155==    by 0x885BFD2: libmetis__CoarsenGraph (coarsen.c:57)<br>==32155==    by 0x8869A4C: libmetis__MultilevelBisect (pmetis.c:240)<br>==32155==    by 0x88696F6: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:183)<br>==32155==    by 0x88698D7: libmetis__MlevelRecursiveBisection (pmetis.c:207)<br>==32155==    by 0x886951E: METIS_PartGraphRecursive (pmetis.c:133)<br>==32155==    by 0x885650B: libmetis__InitKWayPartitioning (kmetis.c:194)<br>==32155==    by 0x8856147: libmetis__MlevelKWayPartitioning (kmetis.c:121)<br>==32155==    by 0x8855FD3: METIS_PartGraphKway (kmetis.c:71)<br>==32155==    by 0x85E7611: libparmetis__PartitionSmallGraph (weird.c:478)<br>==32155==    by 0x85D00F3: ParMETIS_V3_PartKway (kmetis.c:91)<br>==32155==    by 0x5515C19: MatPartitioningApply_Parmetis_Private (pmetis.c:147)<br>==32155==    by 0x5516F7D: MatPartitioningApply_Parmetis (pmetis.c:221)<br>==32155==    by 0x550DD7F: MatPartitioningApply (partition.c:332)<br>==32155== <br><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sun, Nov 10, 2019 at 2:24 PM Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr">Fande, It looks to me like this branch in ParMetis must be taken to trigger this error. First <b>Match_SHEM</b> and then CreateCoarseGraphNoMask.<div><br><div>   /* determine which matching scheme you will use */<br>    switch (ctrl->ctype) {<br>      case METIS_CTYPE_RM:<br>        Match_RM(ctrl, graph);<br>        break;<br>      case METIS_CTYPE_SHEM:<br>        if (eqewgts || graph->nedges == 0)<br>          Match_RM(ctrl, graph);<br>        else<br><b>          Match_SHEM(ctrl, graph);<br></b>        break;<br>      default:<br>        gk_errexit(SIGERR, "Unknown ctype: %d\n", ctrl->ctype);<br>    }<br></div><div><br></div><div>-----------------------</div><div><br></div><div>  /* Check if the mask-version of the code is a good choice */<br>  mask = HTLENGTH;<br>  if (cnvtxs < 2*mask || graph->nedges/graph->nvtxs > mask/20) { <br>    CreateCoarseGraphNoMask(ctrl, graph, cnvtxs, match);<br>    return;<br>  }<br></div><div><br></div></div><div>------------</div><div><br></div><div>The actual error is in CreateCoarseGraphNoMask, graph->cmap is too small and this gets garbage. parmetis coarsen.c:856:</div><div><br></div><div>    istart = xadj[v];<br>    iend   = xadj[v+1];<br>    for (j=istart; j<iend; j++) {<br><b>      k = cmap[adjncy[j]];<br></b>      if ((m = htable[k]) == -1) {<br>        cadjncy[nedges] = k;<br></div><div><br></div><div> Anyway, this is what I have so far,</div><div>Mark</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sun, Nov 10, 2019 at 10:34 AM Mark Adams <<a target="_blank" href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div>Fande, the problem is k below seems to index beyond the end of htable, resulting in a crazy m and a segv on the last line below.</div><div><br></div><div>I don't have a clean valgrind machine now, that is what is needed if no one has seen anything like this. I could add a test in a MR and get the pipeline to do it.</div><div><br></div>void CreateCoarseGraphNoMask(ctrl_t *ctrl, graph_t *graph, idx_t cnvtxs, <br>         idx_t *match)<br>{<br>  idx_t j, k, m, istart, iend, nvtxs, nedges, ncon, cnedges, v, u, dovsize;<br>  idx_t *xadj, *vwgt, *vsize, *adjncy, *adjwgt;<br>  idx_t *cmap, *htable;<br>  idx_t *cxadj, *cvwgt, *cvsize, *cadjncy, *cadjwgt;<br>  graph_t *cgraph;<br>ine <br>  WCOREPUSH;<br><br>  dovsize = (ctrl->objtype == METIS_OBJTYPE_VOL ? 1 : 0);<br><br>  IFSET(ctrl->dbglvl, METIS_DBG_TIME, gk_startcputimer(ctrl->ContractTmr));<br><br>  nvtxs   = graph->nvtxs;<br>  ncon    = graph->ncon;<br>  xadj    = graph->xadj;<br>  vwgt    = graph->vwgt;<br>  vsize   = graph->vsize;<br>  adjncy  = graph->adjncy;<br>  adjwgt  = graph->adjwgt;<br>  cmap    = graph->cmap;<br><br><br>  /* Initialize the coarser graph */<br>  cgraph = SetupCoarseGraph(graph, cnvtxs, dovsize);<br>  cxadj    = cgraph->xadj;<br>  cvwgt    = cgraph->vwgt;<br>  cvsize   = cgraph->vsize;<br>  cadjncy  = cgraph->adjncy;<br>  cadjwgt  = cgraph->adjwgt;<br><br>  htable = iset(cnvtxs, -1, iwspacemalloc(ctrl, cnvtxs));<br><br>  cxadj[0] = cnvtxs = cnedges = 0;<br>  for (v=0; v<nvtxs; v++) {<br>    if ((u = match[v]) < v)<br>      continue;<br><br>    ASSERT(cmap[v] == cnvtxs);<br>    ASSERT(cmap[match[v]] == cnvtxs);<br><br>    if (ncon == 1)<br>      cvwgt[cnvtxs] = vwgt[v];<br>    else<br>      icopy(ncon, vwgt+v*ncon, cvwgt+cnvtxs*ncon);<br><br>    if (dovsize)<br>      cvsize[cnvtxs] = vsize[v];<br><br>    nedges = 0;<br><br>    istart = xadj[v];<br>    iend   = xadj[v+1];<br>    for (j=istart; j<iend; j++) {<br>      k = cmap[adjncy[j]];<br>      if ((m = htable[k]) == -1) {<br><div>        cadjncy[nedges] = k;<br>        cadjwgt[nedges] = adjwgt[j];<br>        htable[k] = nedges++;<br>      }<br>      else {<br>        cadjwgt[m] += adjwgt[j];<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sun, Nov 10, 2019 at 1:35 AM Mark Adams <<a target="_blank" href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sat, Nov 9, 2019 at 10:51 PM Fande Kong <<a target="_blank" href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr">Hi Mark,<div><br></div><div>Thanks for reporting this bug. I was surprised because we have sufficient heavy tests in moose using partition weights and do not have any issue so far.</div><div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>I have been pounding on this code with elasticity and have not seen this issue. I am now looking at Lapacianas and I only see it with pretty large problems. The example below is pretty minimal (eg, it works with 16 cores and it works with -dm_refine 4). I have reproduced this on Cori, SUMMIT and my laptop.</div><div> </div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div></div><div>I will take a shot on this.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Thanks, I'll try to take a look at it also. I have seen it in DDT, but did not dig further. It looked like a typical segv in ParMetis.</div><div> </div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Fande,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sat, Nov 9, 2019 at 3:08 PM Mark Adams <<a target="_blank" href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr">snes/ex13 is getting a ParMetis segv with GAMG and coarse grid repartitioning. Below shows the branch and how to run it.<div><br></div><div>I've tried valgrind on Cori but it gives a lot of false positives. I've seen this error in DDT but I have not had a chance to dig and try to fix it. At least I know it has something to do with weights.</div><div><br></div><div>If anyone wants to take a shot at it feel free. This bug rarely happens.<br><div></div><div><div><br></div><div>The changes use weights and are just a few lines of code (from 1.5 years ago):</div><div><br></div><div>12:08 (0455fb9fec...)|BISECTING ~/Codes/petsc$ git bisect bad<br>0455fb9fecf69cf5cf35948c84d3837e5a427e2e is the first bad commit<br>commit 0455fb9fecf69cf5cf35948c84d3837e5a427e2e<br>Author: Fande Kong <<a target="_blank" href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>><br>Date:   Thu Jun 21 18:21:19 2018 -0600<br><br>    Let parmetis and ptsotch take edge weights and vertex weights<br><br> src/mat/partition/impls/pmetis/pmetis.c | 7 +++++++<br> src/mat/partition/impls/scotch/scotch.c | 6 +++---<br> 2 files changed, 10 insertions(+), 3 deletions(-)<br><div><br></div><div>> mpiexec -n 32 ./ex13 -cells 2,4,4, -dm_refine 5 -simplex 0 -dim 3 -potential_petscspace_degree 1 -potential_petscspace_order 1 -pc_type gamg -petscpartitioner_type simple -pc_gamg_repartition true -check_pointer_intensity 0</div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>