<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">BTW,<div><br></div><div>PetscSortIntWithArrayPair is used in MatStashSortCompress_Private.<br></div><div><br></div><div>Any way to avoid to use PetscSortIntWithArrayPair in MatStashSortCompress_Private? </div><div><br></div><div>Fande,</div></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 2, 2019 at 11:09 AM Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Developers,<br><div><br></div><div>John just noticed that the matrix assembly was slow when having sufficient amount of off-diagonal entries. It was not a MPI issue since I was  able to reproduce the issue using two cores on my desktop, that is, "mpirun -n 2".</div><div><br></div><div>I turned  on a profiling, and 99.99% of the time was spent on PetscSortIntWithArrayPair (recursively calling).   It took THREE MINUTES  to get the assembly done. And then changed to use the option "-matstash_legacy" to restore </div><div>the code to the old assembly routine, and the same code took ONE SECOND to get the matrix assembly done. </div><div><br></div><div>Should write any better sorting algorithms?</div><div><br></div><div><br></div><div>Fande,</div></div></div></div></div>
</blockquote></div>