<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Am Do., 28. März 2019 um 09:10 Uhr schrieb Patrick Sanan <<a href="mailto:patrick.sanan@gmail.com">patrick.sanan@gmail.com</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Agreed that <div>- these viewers should prioritize being quick and viewable with as little post-processing as possible</div><div>- this change is bad in throwing away the field name metadata<br><div><br></div><div>The trick here seems to be knowing what the user is representing with a multi-dof DMDA, and being faithful to that in the output file. This could be</div><div>1. a single scalar field</div><div>2. multiple scalar fields (which the user wants to store interlaced, as opposed to using a DMComposite)</div><div>3. a single vector-valued field</div><div>4. multiple scalar or vector fields, of arbitrary dimensions (adding up the total dof of the DMDA), interlaced</div><div><br></div><div>Case 4 can be approximated by case 2, as in Jed's initial example.</div><div>I believe that the PetscSection / PetscField framework was introduced to more generally support this, at least for DMPlex.<br></div></div></div></blockquote><div>PetscField isn't a thing - I meant the various PetscSection*Field*() functions. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div><br></div><div>My PR broke (or at least harmed) case 2, to allow for more-convenient handling of case 3. </div><div>As Jed says, this was motivated by requiring less post-processing to view a vector field in Paraview,</div><div>but it created the need for more post-processing for the multiple-scalar-field approach.</div><div><br></div><div>Options to fix this include</div><div>a. Revert to the old behavior </div><div>b. Provide options to the user to distinguish between cases 2 and 3 (multiple scalar fields vs vector field)</div><div>c. Try to automatically detect which type of output (say, check if any field names have been set)</div><div>d. Investigate supporting case 4 (arbitrary fields of arbitrary dimension) by using PetscSection</div><div>e. (If even possible) Properly name the components of a vector in a VTK file</div><div><br></div><div>Before I start poking around, I'm shaky on assessing options d and e!</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Am Do., 28. März 2019 um 08:21 Uhr schrieb Dave May via petsc-dev <<a href="mailto:petsc-dev@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-dev@mcs.anl.gov</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, 28 Mar 2019 at 15:42, Jed Brown via petsc-dev <<a href="mailto:petsc-dev@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-dev@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> On Wed, Mar 27, 2019 at 10:56 PM Jed Brown via petsc-dev <<br>
> <a href="mailto:petsc-dev@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-dev@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
>> Prior to this PR, which was merged for 3.10<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/pull-requests/1029/dmda-vtk-viewing-output-multiple-dof/diff" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/pull-requests/1029/dmda-vtk-viewing-output-multiple-dof/diff</a><br>
>>   <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/ea2d7708fa6" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/ea2d7708fa6</a><br>
>><br>
>> we could have files that look like the following, and thus were easy to<br>
>> navigate in Paraview and Visit.<br>
>><br>
><br>
> Tell me if I am wrong (since I do not run it this way). I think the point<br>
> of Patrick's change is a good one, and<br>
> necessary to view things with DMStag. <br>
<br>
Or maybe just necessary to avoid needing to use multiple files or add<br>
filters.<br>
<br>
> What Jed dislikes, rightly, is that some metadata has gone missing.<br>
> Does Xdmf allow you to name the components? The way I do this<br>
> petsc_gen_xdmf.py is to write the whole thing as Patrick does, but<br>
> then create views into the data using the component names. It sound<br>
> like this should be doable here.<br>
<br>
Perhaps.  A key reason for using VTK viewers is that they're relatively<br>
quick and foolproof compared to formats that need libraries and/or<br>
auxiliary files.</blockquote><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I completely agree with the above comment. I consider these files as "instant and usable viz".</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I'd like both the dm field names and the vec name to be used to define the vtk field names.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">One idea:</div><div dir="auto">  vecname_fieldname</div><div dir="auto">falling back to</div><div dir="auto">  "field"%d_fieldname, where %d is the index of the vector to be written (we can determine this as all vectors are cached to support appended data)</div><div dir="auto">faillng back to</div><div dir="auto">  "field"%d_%d</div><div dir="auto">where the last index here is the block index.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">These names should work with unnamed dm fields, multiple vectors obtained from DMCreateGlobalVector or VecDuplicate. It does not account immediately address what happens if two vectors produce identical fieldname - code should be added for that using the last fall back. I think this would be better than using the stringifed memory address which was used before Patrick's PR. That suffered from the same issue Jed raised at the start of this thread (users must remember the order vecs were written)</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks</div><div dir="auto">Dave</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>