<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Jul 12, 2018 at 6:20 AM Lawrence Mitchell <<a href="mailto:lawrence.mitchell@imperial.ac.uk">lawrence.mitchell@imperial.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear petsc-dev,<br>
<br>
I am attempting to understand how Plex reads GMSH files with<br>
periodicity.  In particular, what happens to the coordinate localisation.<br></blockquote><div><br></div><div>Stefano wrote this so he will have to help.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Here's what I expect:<br>
<br>
When reading a periodic mesh, the coordinate section will not only<br>
associate dofs with mesh vertices, but instead where the "periodic<br>
boundary" is (at least), the vertices have no dofs associated with<br>
them, and instead the cell has the coordinate dofs for that cell.<br></blockquote><div><br></div><div>No, I think vertices still have dofs, but only for one side, but this could have been</div><div>changed and I missed it.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hence, for a triangular mesh, I expect that for every cell, if I call:<br>
<br>
DMPlexVecGetClosure(dm, coordSection, coords, cell, ...);<br>
<br>
That I will always get back an array with 6 entries.<br>
<br>
However, this is not the case.  For those cells that have been<br>
identified as periodic, the vertices still have dofs associated with<br>
them, and so I get back 12 entries when calling VecGetClosure, with<br>
each coordinate repeated twice.<br></blockquote><div><br></div><div>Yes.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Am I misunderstanding what's going on?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes. If it is periodic, we skip the vertex dofs and just look at the cell dofs. All the vertex</div><div>dofs are still meaningful, they just might not be on the chart that you want.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Cheers,<br>
<br>
Lawrence<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div>