<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 1, 2018 at 9:49 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> On Fri, Jun 1, 2018 at 5:40 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> On Fri, Jun 1, 2018 at 7:09 PM, Smith, Barry F. <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>><br>
>> wrote:<br>
>><br>
>>><br>
>>>    Fande,<br>
>>><br>
>>>        This is a great question. I am forwarding it to Mike Heroux who<br>
>>> has a high level position in the ECP; because I have similar concerns and<br>
>>> also don't have a good answer. ParMetis does indeed have a poor license and<br>
>>> essentially no support. Perhaps Mike has some ideas.<br>
>>><br>
>><br>
>> Also, the parallel scalability is crappy (sorry George).<br>
>><br>
><br>
> Do we know the underneath reason why the parallels scalability is poor?<br>
> Poor algorithm? Poor implementation?<br>
<br>
</span>My recollection is that the k-way refiner has an O(k^2) data structure.</blockquote><div><br></div><div> Theoretically speaking, does the data structure have to be O(k^2)? Any existing algorithm to avoid that? </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class=""><br>
> Here is a list of partitioning packages<br>
> <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_partition#cite_note-patoh-16" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.wikipedia.org/wiki/<wbr>Graph_partition#cite_note-<wbr>patoh-16</a><br>
><br>
> Anybody has experiences on any of the listed packages?<br>
<br>
</span>Many of them are unmaintained.  KaHIP is the most interesting in my<br>
opinion. </blockquote><div><br></div><div>Why KaHIP is the most interesting? The algorithm is novel or better than ParMetis or PTScotch? </div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> It is GPLv2 which is an issue for some users, though I recall<br>
the lead developer might consider a more permissive license.  I chatted<br>
with John Peterson about this a few months ago, but I don't know if he<br>
installed and tested it.  I suspect there would be interest if you could<br>
contribute toward --download-kahip and a MatPartitioning implementation.<br></blockquote><div><br></div><div>I definitely will take a try. </div><div><br></div><div><br></div><div>Fande,</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div class="h5"><br>
> Fande,<br>
><br>
><br>
>> Bill Gropp has proposed in the past developing a new<br>
>> partitioner along more scalable lines, such as the Teng algorithm used in<br>
>> Padma's 2013 SC paper<br>
>> (<a href="https://dl.acm.org/citation.cfm?id=2503280" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.acm.org/citation.<wbr>cfm?id=2503280</a>). Jed favors a multilevel<br>
>> approach which I do not understand.<br>
>> Its a shame that all the development time that went into PT-Scotch could<br>
>> not produce a scalable, open<br>
>> partitioner. Also, the label-push stuff seems only to work well for highly<br>
>> connected graphs, not meshes.<br>
>><br>
>>    Matt<br>
>><br>
>><br>
>>><br>
>>>    Barry<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> On Jun 1, 2018, at 5:46 PM, Kong, Fande <<a href="mailto:fande.kong@inl.gov">fande.kong@inl.gov</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi Developers,<br>
>>><br>
>>> I have introduced MatPartitioning interface to MOOSE. It is working<br>
>>> great, and we can use all external partitioning packages via a simple<br>
>>> interface.<br>
>>><br>
>>> But here is a concern. Almost all the packages are not under development<br>
>>> any more. Does this make a bug fix more difficult in the future.  Also some<br>
>>> of them have bad licenses.<br>
>>><br>
>>> I was wondering there is any other partitioning package in the community?<br>
>>><br>
>>> Thanks,<br>
>>><br>
>>> Fande,<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>> experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
>> experiments lead.<br>
>> -- Norbert Wiener<br>
>><br>
</div></div>>> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a> <<a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.caam.rice.edu/~<wbr>mk51/</a>><br>
>><br>
</blockquote></div><br></div></div>