<div dir="ltr">P.S: I was also mucking with cray-petsc. However, I could not use it in my application. Cray-petsc is built with <div>parallel hdf5 and some of the libraries I need use serial hdf5. At runtime, the application picks parallel hdf5</div><div>and the application crashes :-(. I tried this on my laptop also and got the same result. </div><div><br></div><div>I think the only way out is to build my own version of PETSc without (parallel) hdf5.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 1, 2018 at 7:52 AM, Amneet Bhalla <span dir="ltr"><<a href="mailto:mail2amneet@gmail.com" target="_blank">mail2amneet@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">OK, I am now trying with INTEL compilers (as the GNU didn't seem to run the snes example manually). <div>Now I am getting error with fortran and C++ linkage. See the configure.log<div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 29, 2018 at 9:13 PM, Smith, Barry F. <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span><br>
<br>
> On Jan 29, 2018, at 11:11 PM, Amneet Bhalla <<a href="mailto:mail2amneet@gmail.com" target="_blank">mail2amneet@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> I see. It compiled and linked on the frontend quickly. although with a warning<br>
> /global/homes/a/apbhalla/softw<wbr>ares/PETSc-BitBucket/PETSc/<wbr>linux-opt/lib/libpetsc.a(send.<wbr>o): In function `PetscOpenSocket':<br>
> send.c:(.text+0x346): warning: Using 'gethostbyname' in statically linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking<br>
> /usr/bin/rm -f ex3.o<br>
<br>
</span>  Sadly this message will still be there long after we are all dead, assuming Cray is still in business.<br>
<div class="m_2259792295723662253HOEnZb"><div class="m_2259792295723662253h5"><br>
><br>
> Not sure how to get rid of this.<br>
><br>
> However, the executable is stuck in the interactive session.  I wonder if something is up with the interactive session itself.<br>
> I am using the command salloc -N 1 -q debug -L SCRATCH<br>
> to create one, and running the example is<br>
><br>
> apbhalla@nid00108:~/softwares/<wbr>PETSc-BitBucket/PETSc/src/snes<wbr>/examples/tutorials$ srun -n 3 ./ex3<br>
><br>
><br>
> On Mon, Jan 29, 2018 at 9:01 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> You should be able to compile/link on the frontend - and then run on the interactive node.<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
> On Tue, 30 Jan 2018, Amneet Bhalla wrote:<br>
><br>
> > It's way too long. The interactive session expired :-(. I think the default<br>
> > time is ~30 minutes.<br>
> > I will let it link in a new session and see if that works.<br>
> ><br>
> > On Mon, Jan 29, 2018 at 8:55 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > > On Tue, 30 Jan 2018, Amneet Bhalla wrote:<br>
> > ><br>
> > > > The configure and build worked. When I do make test, it asks to run<br>
> > > > snes examples manually as nersc does not<br>
> > > > provide mpiexec command. I tried an interactive session and tried<br>
> > > building<br>
> > > > snes/examples/tutorials/ex3<br>
> > > ><br>
> > > > % make VERBOSE=1 ex3<br>
> > > ><br>
> > > > I am getting stuck at<br>
> > ><br>
> > > Perhaps its taking a long time to link - and you need to wait for it [to<br>
> > > complete]?<br>
> > ><br>
> > > Satish<br>
> > > ><br>
> > > > apbhalla@nid03377:<br>
> > > > ~/softwares/PETSc-BitBucket/PE<wbr>TSc/src/snes/examples/tutorial<wbr>s$ make<br>
> > > > VERBOSE=1 ex3<br>
> > > ><br>
> > > > cc -O3  -o ex3 ex3.o<br>
> > > > -L/global/homes/a/apbhalla/sof<wbr>twares/PETSc-BitBucket/PETSc/<wbr>linux-opt/lib<br>
> > > > -Wl,-rpath,/global/homes/a/apb<wbr>halla/softwares/PETSc-<br>
> > > BitBucket/PETSc/linux-opt/lib<br>
> > > > -lpetsc -lHYPRE -ldl -lstdc++<br>
> > > ><br>
> > > > I am not sure what's going on as there is no return after that.<br>
> > > ><br>
> > > > On Mon, Jan 29, 2018 at 8:27 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > > ><br>
> > > > > On Tue, 30 Jan 2018, Smith, Barry F. wrote:<br>
> > > > ><br>
> > > > > >    Master now should not require this horrible flags. Could you do a<br>
> > > > > > test build with master on edison without these flags and see what<br>
> > > > > > happens?<br>
> > > > ><br>
> > > > > It does not work. Will move this thread (with logs) to petsc-maint.<br>
> > > > ><br>
> > > > > Satish<br>
> > > > ><br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> --Amneet<br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div class="m_2259792295723662253gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>--Amneet <br><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>--Amneet <br><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div>
</div>