<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 7, 2017 at 11:44 AM, Vaclav Hapla <span dir="ltr"><<a href="mailto:vaclav.hapla@erdw.ethz.ch" target="_blank">vaclav.hapla@erdw.ethz.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Nico Schlömer just introduced MED support into his meshio tool, based on my issue request. When I convert blockcylinder-50.exo directly to the MED format with meshio, the result can be loaded into GMSH and looks reasonable. But DMPlexCreateMedFromFile denies to open it with the following error:<div><br></div><div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [285] : Erreur de valeur invalide du filtre </div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [285] : </div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [286] : geotype = 0</div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [286] : meshname = "mesh0"</div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [286] : _datagroupname2 = "NOE"</div><div>_MEDmeshAdvancedRd236.c [287] : (*_filter).storagemode = 2</div><div>[0]PETSC ERROR: #1 DMPlexCreateMedFromFile() line 86 in /scratch/petsc-dev/src/dm/<wbr>impls/plex/plexmed.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #2 DMPlexCreateFromFile() line 2815 in /scratch/petsc-dev/src/dm/<wbr>impls/plex/plexcreate.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #3 main() line 38 in /scratch/petsc-dev/src/dm/<wbr>impls/plex/examples/tutorials/<wbr>ex5.c</div></div><div><br></div><div>Can you see whether it's a bug in DMPlexCreateMedFromFile or the MED file is broken?</div></div></blockquote><div><br></div><div>It appears to be an MED incompatibility</div><div><br></div><div>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/17bd883d72f40a596f2d89b5afda5a233b621464/src/dm/impls/plex/plexmed.c?at=master&fileviewer=file-view-default#plexmed.c-86">https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/17bd883d72f40a596f2d89b5afda5a233b621464/src/dm/impls/plex/plexmed.c?at=master&fileviewer=file-view-default#plexmed.c-86</a></div><div><br></div><div>We should ask Nico about it.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>Thanks</div><div><br></div><div>Vaclav</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>5. 11. 2017 v 18:48, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>:</div><br class="gmail-m_4979144052757038927Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr" style="font-family:Menlo-Regular;font-size:11px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 2, 2017 at 12:08 PM, Vaclav Hapla<span class="gmail-m_4979144052757038927Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr"><<a href="mailto:vaclav.hapla@erdw.ethz.ch" target="_blank">vaclav.hapla@erdw.ethz.<wbr>ch</a>></span><span class="gmail-m_4979144052757038927Apple-converted-space"> </span>wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">It seems that DMPlexCreateMedFromFile leaves out some mesh elements. I found it out when investigating why ParMetis redistribution crashes.<br><br>I attach the datafile $PETSC_DIR/share/petsc/datafil<wbr>es/meshes/blockcylinder-50.exo converted to GMSH and MED format.<br>The conversion EXO to GMSH was done by meshio (<a href="http://github.com/nschloe/meshio" rel="noreferrer" target="_blank">github.com/nschloe/meshio</a>), and GMSH to MED by GMSH itself.<br><br>I did:<br><br>cd $PETSC_DIR/src/dm/impls/plex/e<wbr>xamples/tutorials<br>make ex5<br>FILE=blockcylinder-50.exo && ./ex5 -filename $FILE -dm_view hdf5:$FILE.h5 && $PETSC_DIR/bin/petsc_gen_xdmf.<wbr>py $FILE.h5<br>FILE=blockcylinder-50.msh && ./ex5 -filename $FILE -dm_view hdf5:$FILE.h5 && $PETSC_DIR/bin/petsc_gen_xdmf.<wbr>py $FILE.h5<br>FILE=blockcylinder-50.med && ./ex5 -filename $FILE -dm_view hdf5:$FILE.h5 && $PETSC_DIR/bin/petsc_gen_xdmf.<wbr>py $FILE.h5<br><br>While the output from blockcylinder-50.exo and blockcylinder-50.msh looks OK, that from blockcylinder-50.med is corrupted.<br><br>I also attach my HDF5/XDMF outputs and screenshots from ParaView.</blockquote><div><br></div><div>It appears that MED, at least coming from GMsh, inverts hexes just like GMsh does. I have fixed this in branch</div><div><br></div><div>  knepley/fix-plex-med-<wbr>orientation</div><div><br></div><div>If you run your test in this, everything should be fine.</div><div><br></div><div>Michael, can you check whether this is a general fix, or it only applied to MED from GMsh?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span class="gmail-m_4979144052757038927HOEnZb"><font color="#888888"><br>Vaclav<br><br></font></span><br><br><br><br><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>--<span class="gmail-m_4979144052757038927Apple-converted-space"> </span><br><div class="gmail-m_4979144052757038927gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a></div></div></div></div></div></font></span></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>