<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 20, 2017 at 4:32 PM, Blaise A Bourdin <span dir="ltr"><<a href="mailto:bourdin@lsu.edu" target="_blank">bourdin@lsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
Recent versions of exodus are implemented with netcdf4, which is based on hdf5.<br>
Instead of going through the process of rewriting exodus viewers, I would like to use PETSc’s HDF5 I/O operations.<br>
Problem is that as far as I can understand, exodus / netcdf does not use hdf5 time steps. Instead, it writes a single vector containing all values of a field at all time steps.<br>
(i.e. if vij denotes the i^th component of v at time step j, v is written as a single array v11, v21, v31, . . ., v12, v22, v32, . . ., v13, v23,  . . .) and so on).<br>
Is there a way to use VecView hdf5 to read/write only entries kn:(k+1)n-1 in an hdf5 file?</blockquote><div><br></div><div>This is exactly what HDF5 does. You write a 'hyperslab' of the array corresponding to that time step.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Blaise<br>
<br>
--<br>
Department of Mathematics and Center for Computation & Technology<br>
Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA<br>
Tel. <a href="tel:%2B1%20%28225%29%20578%201612" value="+12255781612">+1 (225) 578 1612</a>, Fax  <a href="tel:%2B1%20%28225%29%20578%204276" value="+12255784276">+1 (225) 578 4276</a> <a href="http://www.math.lsu.edu/~bourdin" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.math.lsu.edu/~<wbr>bourdin</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>