<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>Thanks for your reply. </div><div><br></div><div>The sparsity pattern is slightly different from one Newton iteration to another. We preallocate  enough memory at the beginning, and want to use that memory for the following iterations. </div><div><br></div><div>Does PETSc accutally free the preallocated (extra) memory? I so cannot use it during the second iteration. </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Fande,</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 25, 2017 at 9:43 AM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Mon, Sep 25, 2017 at 11:39 AM, Kong, Fande <span dir="ltr"><<a href="mailto:fande.kong@inl.gov" target="_blank">fande.kong@inl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi All,<div><br></div><div>A matrix is created with the right preallocation, and then MatAssembly is called. The preallocation info will be removed. We insert any values then, and will encounter an malloc error.</div><div><br></div><div>My question is that we was intending to design like this way? Attached simple example demonstrates what I am talking about. </div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Yes, this is the intent. Why are you assembling? Could you use MAT_ASSEMBLY_FLUSH?</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class="m_-870850231962854569HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Fande,</div></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-870850231962854569gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.caam.rice.edu_-7Emk51_&d=DwMFaQ&c=54IZrppPQZKX9mLzcGdPfFD1hxrcB__aEkJFOKJFd00&r=DUUt3SRGI0_JgtNaS3udV68GRkgV4ts7XKfj2opmiCY&m=WrDpQnak7wiz1D4Pyx_jvRGpFKeNDwW2WOH8cIlxrP0&s=7NvRav6CET5Eqpsg7MAiCne1LJ1h2RYKf-OgP6trMkE&e=" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>