<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 5, 2017 at 8:04 AM, Blaise A Bourdin <span dir="ltr"><<a href="mailto:bourdin@lsu.edu" target="_blank">bourdin@lsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
Do you have a link for the MED format description and implementation?<br></blockquote><div><br></div><div><a href="http://www.code-aster.org/outils/med/html/index.html">http://www.code-aster.org/outils/med/html/index.html</a><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
The problem with FE file format is that unless they are supported by mesh generators and visualization software, they are just nice toys...<br></blockquote><div><br></div><div>The Gmsh and Cascade people seem pretty committed. I, of course, believe in supporting everything people use,</div><div>even if its terrible. However, MED is the only thing that we have found which has a prayer in parallel.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Blaise<br>
<br>
<br>
> On Jun 2, 2017, at 11:21 PM, Vijay S. Mahadevan <<a href="mailto:vijay.m@gmail.com">vijay.m@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>>> Can Cubit produce MED or be converted to MED?  I haven't used it, but it<br>
>>> sounds like there is some mesh generation software available for it.<br>
><br>
> Cubit does not support MED out of the box (as of 15.0). They may have<br>
> a plugin, not sure.<br>
><br>
>> Gmsh can convert anything it can read to MED I believe.<br>
><br>
> I have not used meshes in MED format but I think it doesn't<br>
> handle/represent solid geometries.<br>
><br>
> GMsh uses OpenCascade primarily under the hood. AFAIK, they've been<br>
> using it for a while. So they should be able to load step/brep/iges<br>
> format through the OCC interface. But if we are talking about meshes,<br>
> then they may have a MED format writer that preserves second-order<br>
> accuracy in meshes. In which case, their native "msh" format may<br>
> support this too.<br>
><br>
> Vijay<br>
><br>
> On Fri, Jun 2, 2017 at 9:56 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> On Fri, Jun 2, 2017 at 9:45 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
>>><br>
>>>> On Fri, Jun 2, 2017 at 8:38 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>>> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
>>>>><br>
>>>>>> On Fri, Jun 2, 2017 at 7:55 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
<div><div class="gmail-h5">>>>>>><br>
>>>>>>> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>>> On Fri, Jun 2, 2017 at 5:04 PM, Alberto Paganini <<br>
>>>>>>>> <a href="mailto:Alberto.Paganini@maths.ox.ac.uk">Alberto.Paganini@maths.ox.ac.<wbr>uk</a>> wrote:<br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> Dear PETSc developers,<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> I'm Alberto and I'm a user of the finite element library<br>
>>>>>>>>> Firedrake,<br>
>>>>>>>>> which relies on DMPlex to import meshes.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> Great.<br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> In order to use higher-order FEs, it is desirable to import<br>
>>>>> higher-order<br>
>>>>>>>>> meshes.<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> I really do not like that term. Let me try and convince you that<br>
>>>>>>>> it is<br>
>>>>>>>> wrong. The topology of the<br>
>>>>>>>> mesh is unchanged. You are only talking about the order of the<br>
>>>>>>>> representation of the geometry<br>
>>>>>>>> field. Thus, it is not the mesh that is "higher order", but the<br>
>>>>> geometry.<br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>>> I've been told that DMPlex does not offer this future (at<br>
>>>>>>>>> present).<br>
>>>>>>>>><br>
>>>>>>>><br>
>>>>>>>> Toby just merged this to master, so I think we can say that we<br>
>>>>>>>> have<br>
>>>>> alpha<br>
>>>>>>>> support for this. How<br>
>>>>>>>> does it work? We already have a coordinateDM and coordinates Vec,<br>
>>>>>>>> so<br>
>>>>> you<br>
>>>>>>>> just choose a<br>
>>>>>>>> higher order discretization for the DS inside the coordinateDM.<br>
>>>>>>>> Does<br>
>>>>> that<br>
>>>>>>>> make sense?<br>
>>>>>>><br>
</div></div>>>>>>>> Can it load quadratic geometry from a file (ExodusII or otherwise)?<br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> If someone requests a given file format, we can do it. That's how we<br>
>>>>> always<br>
>>>>>> proceed.<br>
>>>>><br>
>>>>> Okay.  When people ask about higher order geometry for unstructured<br>
>>>>> finite elements, I think that about 90% of the time they're really<br>
>>>>> asking whether it can read quadratic geometry from a file.  I hate that<br>
>>>>> ExodusII is a cumbersome dependency, but it might be the most useful to<br>
>>>>> add.  This wouldn't be just cosmetically checking a box because this<br>
>>>>> can<br>
>>>>> make a big accuracy difference -- quadratic elements have a really hard<br>
>>>>> time paying off for engineering problems if you don't also have<br>
>>>>> quadratic geometry.<br>
>>>>><br>
>>>><br>
>>>> ExodusII is perhaps the shittiest mesh format in existence.<br>
>>><br>
>>> NASTRAN, ABAQUS, and the like are a pleasure by comparison?<br>
>><br>
>><br>
>> It seems there is room at the top of the mountain of shit.<br>
>><br>
>>><br>
>>>> For example, if we start reading ExodusII files with high order<br>
>>>> geometry, that fucks up their definition of the topology because now<br>
>>>> they only report C, the number of cells, and V+E+F, the number of<br>
>>>> vertices and edges and faces. We could get lucky and have vertices<br>
>>>> contiguous, but I cannot find anything in the manual that mandates<br>
>>>> this. So we would overallocate, then reduce down to the right<br>
>>>> topology, screwing up our fairly straightforward code right now.<br>
>>>><br>
>>>> I would recommend the only non-stupid format I can name right now, the<br>
>>>> MED format from the French CAD guys. Gmsh has switched over to using<br>
>>>> it since their own format sucked worse than ExodusII. That is the only<br>
>>>> one that it makes sense to write new code for.<br>
>>><br>
>>> Can Cubit produce MED or be converted to MED?  I haven't used it, but it<br>
>>> sounds like there is some mesh generation software available for it.<br>
>><br>
>><br>
>> Gmsh can convert anything it can read to MED I believe.<br>
>><br>
>>   Matt<br>
<div class="gmail-HOEnZb"><div class="gmail-h5">>><br>
>> --<br>
>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments<br>
>> is infinitely more interesting than any results to which their experiments<br>
>> lead.<br>
>> -- Norbert Wiener<br>
>><br>
>> <a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.caam.rice.edu/~<wbr>mk51/</a><br>
<br>
</div></div><span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Department of Mathematics and Center for Computation & Technology<br>
Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA<br>
Tel. <a href="tel:%2B1%20%28225%29%20578%201612" value="+12255781612">+1 (225) 578 1612</a>, Fax  <a href="tel:%2B1%20%28225%29%20578%204276" value="+12255784276">+1 (225) 578 4276</a> <a href="http://www.math.lsu.edu/~bourdin" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.math.lsu.edu/~<wbr>bourdin</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">http://www.caam.rice.edu/~mk51/</a><br></div></div></div>
</div></div>