<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 2, 2017 at 8:38 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> On Fri, Jun 2, 2017 at 7:55 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
><br>
>> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
>><br>
>> > On Fri, Jun 2, 2017 at 5:04 PM, Alberto Paganini <<br>
>> > <a href="mailto:Alberto.Paganini@maths.ox.ac.uk">Alberto.Paganini@maths.ox.ac.<wbr>uk</a>> wrote:<br>
>> ><br>
>> >> Dear PETSc developers,<br>
>> >><br>
>> >> I'm Alberto and I'm a user of the finite element library Firedrake,<br>
>> >> which relies on DMPlex to import meshes.<br>
>> >><br>
>> ><br>
>> > Great.<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> >> In order to use higher-order FEs, it is desirable to import higher-order<br>
>> >> meshes.<br>
>> >><br>
>> ><br>
>> > I really do not like that term. Let me try and convince you that it is<br>
>> > wrong. The topology of the<br>
>> > mesh is unchanged. You are only talking about the order of the<br>
>> > representation of the geometry<br>
>> > field. Thus, it is not the mesh that is "higher order", but the geometry.<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> >> I've been told that DMPlex does not offer this future (at present).<br>
>> >><br>
>> ><br>
>> > Toby just merged this to master, so I think we can say that we have alpha<br>
>> > support for this. How<br>
>> > does it work? We already have a coordinateDM and coordinates Vec, so you<br>
>> > just choose a<br>
>> > higher order discretization for the DS inside the coordinateDM. Does that<br>
>> > make sense?<br>
>><br>
>> Can it load quadratic geometry from a file (ExodusII or otherwise)?<br>
>><br>
><br>
> If someone requests a given file format, we can do it. That's how we always<br>
> proceed.<br>
<br>
Okay.  When people ask about higher order geometry for unstructured<br>
finite elements, I think that about 90% of the time they're really<br>
asking whether it can read quadratic geometry from a file.  I hate that<br>
ExodusII is a cumbersome dependency, but it might be the most useful to<br>
add.  This wouldn't be just cosmetically checking a box because this can<br>
make a big accuracy difference -- quadratic elements have a really hard<br>
time paying off for engineering problems if you don't also have<br>
quadratic geometry.<br>
</blockquote></div><br>ExodusII is perhaps the shittiest mesh format in existence. For example, if we</div><div class="gmail_extra">start reading ExodusII files with high order geometry, that fucks up their definition</div><div class="gmail_extra">of the topology because now they only report C, the number of cells, and V+E+F,</div><div class="gmail_extra">the number of vertices and edges and faces. We could get lucky and have vertices</div><div class="gmail_extra">contiguous, but I cannot find anything in the manual that mandates this. So we would</div><div class="gmail_extra">overallocate, then reduce down to the right topology, screwing up our fairly straightforward</div><div class="gmail_extra">code right now.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I would recommend the only non-stupid format I can name right now, the MED format</div><div class="gmail_extra">from the French CAD guys. Gmsh has switched over to using it since their own format</div><div class="gmail_extra">sucked worse than ExodusII. That is the only one that it makes sense to write new code for.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">    Matt<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">http://www.caam.rice.edu/~mk51/</a><br></div></div></div>
</div></div>