<div dir="ltr">Adrian,<div>Adding option '-mat_type aij', do you still see this problem?</div><div><br><div>Is possible to send us a simple code that produces this error?</div><div>I cannot reproduce it using petsc examples.</div><div><br></div><div>Hong</div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 17, 2017 at 10:50 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
   Adrian,<br>
<br>
    There is a good chance this is a bug that got introduced while optimizing the scalability of the ASM preconditioner.<br>
<br>
   Hong,<br>
<br>
     Can you try to reproduce the crash by using the options below on one of the PETSc test examples.<br>
<br>
   Thanks<br>
<span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    Barry<br>
</font></span><div class="gmail-HOEnZb"><div class="gmail-h5"><br>
> On May 17, 2017, at 10:47 PM, Adrian Croucher <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz">a.croucher@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br>
><br>
> hi,<br>
><br>
> I just pulled the latest 'next' branch and am getting a segfault in SNESDestroy(), which didn't used to happen.<br>
><br>
> It looks like it is having trouble destroying submatrices in the Jacobian sub-preconditioner. The KSP in the SNES is using BCGS with ASM preconditioner.<br>
><br>
> The error goes away if I run in serial, or if I set the ILU fill-in greater than zero using e.g. -sub_pc_factor_levels 1.<br>
><br>
> The error message is below. Any clues?<br>
><br>
> - Adrian<br>
><br>
> --<br>
> [0]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a><br>
> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
> [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [1]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a><br>
> or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
> [1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
> [0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------<wbr>------<br>
> [0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [1]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------<wbr>------<br>
> [1]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] MatDestroy_SeqBAIJ_Submatrices line 220 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/mat/impls/baij/seq/<wbr>baij2.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] MatDestroy line 1160 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/mat/interface/matrix.<wbr>c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] PCReset_ILU line 23 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/impls/factor/<wbr>ilu/ilu.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] PCReset line 75 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/interface/<wbr>precon.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] KSPReset line 955 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/ksp/interface/<wbr>itfunc.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] PCReset_ASM line 595 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/impls/asm/asm.<wbr>c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] PCReset line 75 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/interface/<wbr>precon.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] KSPReset line 955 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/ksp/interface/<wbr>itfunc.c<br>
> [0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [1]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [1]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] MatDestroy_SeqBAIJ_Submatrices line 220 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/mat/impls/baij/seq/<wbr>baij2.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] MatDestroy line 1160 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/mat/interface/matrix.<wbr>c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] PCReset_ILU line 23 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/impls/factor/<wbr>ilu/ilu.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] PCReset line 75 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/interface/<wbr>precon.c<br>
> [0] SNESReset line 2796 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/snes/interface/snes.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] SNESDestroy line 2852 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/snes/interface/snes.c<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
> [0]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: [1] KSPReset line 955 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/ksp/interface/<wbr>itfunc.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] PCReset_ASM line 595 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/impls/asm/asm.<wbr>c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] PCReset line 75 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/pc/interface/<wbr>precon.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] KSPReset line 955 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/ksp/ksp/interface/<wbr>itfunc.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] SNESReset line 2796 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/snes/interface/snes.c<br>
> [1]PETSC ERROR: [1] SNESDestroy line 2852 /home/acro018/software/PETSc/<wbr>code/src/snes/interface/snes.c<br>
> [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
><br>
> --<br>
> Dr Adrian Croucher<br>
> Senior Research Fellow<br>
> Department of Engineering Science<br>
> University of Auckland, New Zealand<br>
> email: <a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz">a.croucher@auckland.ac.nz</a><br>
> tel: <a href="tel:%2B64%20%280%299%20923%204611" value="+6499234611">+64 (0)9 923 4611</a><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div>