<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 20, 2017 at 3:08 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On Jan 20, 2017, at 3:01 PM, Zhang, Hong <<a href="mailto:hzhang@mcs.anl.gov">hzhang@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> We set C->submat_singleis = false as default.<br>
> User turns it on when he knows a single IS will be used for MatGetSubMatrices(), e.g., when asm is used.<br>
> User should turn the flag off after it is being used.<br>
<br>
</span>   Right, this is why I am confused why this is messing up Mat since presumably he is not setting it?</blockquote><div><br></div><div>ASM is turning this flag on, and it is corrupting my UNRELATED call to MatGetSubMatrices().</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5">
><br>
> This flag is for optimization -- avoid MPI_Allreduce, which is expensive for np>10k.<br>
> MatGetSubMatrices() works without this flag turns on.<br>
> I just merged the improved MatGetSubMatrices_MPIAIJ() which only calls MPI_Allreduce once<br>
> for repeated use. Previously, it calls MPI_Allreduce twice for each call of MatGetSubMatrices_MPIAIJ().<br>
><br>
> Hong<br>
><br>
> ______________________________<wbr>__________<br>
> From: Barry Smith [<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>]<br>
> Sent: Friday, January 20, 2017 1:11 PM<br>
> To: Matthew Knepley<br>
> Cc: Zhang, Hong; PETSc<br>
> Subject: Re: [petsc-dev] Bug introduced in MatGetSubmatrices()<br>
><br>
>> On Jan 20, 2017, at 12:45 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> On Fri, Jan 20, 2017 at 11:55 AM, Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> On Jan 20, 2017, at 11:49 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> On Fri, Jan 20, 2017 at 10:49 AM, Hong <<a href="mailto:hzhang@mcs.anl.gov">hzhang@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
>>> Matt,<br>
>>> By default, the flag C->submat_singleis = false.<br>
>>> In PCSetUp_ASM(), we set it as 'true' to use MatGetSubMatrices_MPIAIJ_<wbr>SingleIS().<br>
>>><br>
>>> Can you check the value of this flag in your case?<br>
>>><br>
>>> The problem is the following:<br>
>>><br>
>>>  1) We use MatGetSubMatrices() to extract small matrices in order to form a preconditioner<br>
>>><br>
>>>  2) We do this at each Newton iteration<br>
>>><br>
>>>  3) We use ASM as a preconditioner for the eventual Newton solve<br>
>>><br>
>>>  4) The second time we call MatGetSubMatrices(), it has this flag set, even though we are using multiple ISes<br>
>>><br>
>>> Solution: ALSO check that the user is in fact passing a single IS.<br>
>>><br>
>>    This requires a communication. I am confused, is the number of IS changing each time? If not why is the flag set?<br>
>><br>
>> ASM sets this flag because it knows that IT is going to call MatGetSubMatrices() later, but it unsafe if any user calls<br>
>> MatGetSubMatrices() as well. I think overall its a fragile design and should be scrapped.<br>
><br>
>   You mean the user calls the SAME MatGetSubMatrices with the same matrices, right? Not a completely different unrelated MatGetSubMatrices() which should not be affect by the previous unrelated call.<br>
><br>
><br>
>   Barry<br>
><br>
>><br>
>>  Matt<br>
>><br>
>><br>
>>   Barry<br>
>><br>
>>>  Matt<br>
>>><br>
>>> Hong<br>
>>><br>
>>> It comes from here:<br>
>>><br>
>>>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/c10200c1442b553b7ad65c70101560db4fa22e78" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/<wbr>petsc/commits/<wbr>c10200c1442b553b7ad65c70101560<wbr>db4fa22e78</a><br>
>>><br>
>>> If we ask for more than 1 matrix, it dispatches to<br>
>>><br>
>>>  MatGetSubMatrices_MPIAIJ_<wbr>SingleIS()<br>
>>><br>
>>> but then fails here<br>
>>><br>
>>>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/annotate/2e559809f9aee9c95ee79eb0939630cfe5502c8d/src/mat/impls/aij/mpi/mpiov.c?at=master&fileviewer=file-view-default#mpiov.c-1306" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/<wbr>petsc/annotate/<wbr>2e559809f9aee9c95ee79eb0939630<wbr>cfe5502c8d/src/mat/impls/aij/<wbr>mpi/mpiov.c?at=master&<wbr>fileviewer=file-view-default#<wbr>mpiov.c-1306</a><br>
>>><br>
>>> because ismax > 1. I think the ismax check needs to move up to here<br>
>>><br>
>>>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/annotate/2e559809f9aee9c95ee79eb0939630cfe5502c8d/src/mat/impls/aij/mpi/mpiov.c?at=master&fileviewer=file-view-default#mpiov.c-2012" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/<wbr>petsc/annotate/<wbr>2e559809f9aee9c95ee79eb0939630<wbr>cfe5502c8d/src/mat/impls/aij/<wbr>mpi/mpiov.c?at=master&<wbr>fileviewer=file-view-default#<wbr>mpiov.c-2012</a><br>
>>><br>
>>> but I don't know for sure. Please fix this since it is breaking PyLith.<br>
>>><br>
>>>  Matt<br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>> -- Norbert Wiener<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>> -- Norbert Wiener<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>> -- Norbert Wiener<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>