<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 18, 2017 at 10:42 AM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Yep, I am fixing that too.</div></blockquote><div><br></div><div>Okay, I fixed the -lrt and commit, but the stuff to fix the shared link did not work.</div><div><br></div><div>I pushed knepley/fix-configure-pragmatic. Could you look at it?</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>   Matt</div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 18, 2017 at 10:36 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On Mac - with prgmatic 'master' - I get:<br>
<br>
/usr/local/Cellar/cmake/3.7.1/<wbr>bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/jpeg2mesh.dir/link.<wbr>txt --verbose=1<br>
/usr/bin/g++   -fstack-protector -g -std=c++11 -Wno-literal-suffix -Wno-deprecated -DEIGEN_NO_DEBUG -Wl,-search_paths_first -Wl,-headerpad_max_install_nam<wbr>es  CMakeFiles/jpeg2mesh.dir/tools<wbr>/jpeg2mesh.cpp.o CMakeFiles/jpeg2mesh.dir/src/m<wbr>pi_tools.cpp.o CMakeFiles/jpeg2mesh.dir/src/t<wbr>icker.cpp.o  -o bin/jpeg2mesh  -lrt<br>
[ 92%] Linking CXX executable bin/coarsen_mesh_3d<br>
/usr/local/Cellar/cmake/3.7.1/<wbr>bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/coarsen_mesh_3d.dir<wbr>/link.txt --verbose=1<br>
/usr/bin/g++   -fstack-protector -g -std=c++11 -Wno-literal-suffix -Wno-deprecated -DEIGEN_NO_DEBUG -Wl,-search_paths_first -Wl,-headerpad_max_install_nam<wbr>es  CMakeFiles/coarsen_mesh_3d.dir<wbr>/tools/coarsen_mesh_3d.cpp.o CMakeFiles/coarsen_mesh_3d.dir<wbr>/src/generate_Steiner_ellipse_<wbr>3d.cpp.o CMakeFiles/coarsen_mesh_3d.dir<wbr>/src/mpi_tools.cpp.o CMakeFiles/coarsen_mesh_3d.dir<wbr>/src/ticker.cpp.o  -o bin/coarsen_mesh_3d  -lrt<br>
[100%] Linking CXX shared library lib/libpragmatic.dylib<br>
<snip><br>
ld: library not found for -lrt<br>
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)<br>
<br>
Satish<br>
<span><br>
<br>
On Wed, 18 Jan 2017, Matthew Knepley wrote:<br>
<br>
</span><div><div class="m_-4676074232994953597h5">> Yep, I am updating that (since it pointed to a branch that got munged), and<br>
> in doing so I wanted o fix this aswell.<br>
><br>
>    Matt<br>
><br>
> On Wed, Jan 18, 2017 at 10:32 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > BTW: wrong self.gitcommit in pragmatic.py?<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > -------<br>
> ><br>
> ><br>
> > balay@asterix /home/balay/petsc (master=)<br>
> > $ ./configure --with-mpi=0  --download-metis --download-eigen<br>
> > --download-pragmatic PETSC_ARCH=arch-pragmatic<br>
> > ==============================<wbr>==============================<br>
> > ===================<br>
> >              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> > ==============================<wbr>==============================<br>
> > ===================<br>
> > ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Trying to download hg://<a href="https://bitbucket.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/</a><br>
> > eigen/eigen/ for EIGEN<br>
> >                                           =============================<wbr>=<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Configuring EIGEN with cmake, this may take several<br>
> > minutes<br>
> >                                    ==============================<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Compiling and installing EIGEN; this may take several<br>
> > minutes<br>
> >                                  ==============================<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Trying to download git://<a href="https://bitbucket.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/</a><br>
> > petsc/pkg-metis.git for METIS<br>
> >                                           =============================<wbr>=<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Configuring METIS with cmake, this may take several<br>
> > minutes<br>
> >                                    ==============================<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >                  Compiling and installing METIS; this may take several<br>
> > minutes<br>
> >                                  ==============================<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> >  ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
</div></div>> >                  Trying to download git://<a href="https://github.com/" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/</a><br>
> > meshadaptation/pragmatic.git for PRAGMATIC<br>
> >                                             =============================<wbr>=<br>
> > ==============================<wbr>===================<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> >      ******************************<wbr>******************************<br>
<div class="m_-4676074232994953597HOEnZb"><div class="m_-4676074232994953597h5">> > *******************<br>
> >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > details):<br>
> > ------------------------------<wbr>------------------------------<br>
> > -------------------<br>
> > Unable to checkout commit: 2efa91b32a3b9954083ddf96f2ee81<wbr>889906543c in<br>
> > repository: /home/balay/petsc/arch-pragmat<wbr>ic/externalpackages/<br>
> > git.pragmatic.<br>
> > Perhaps its a git error!<br>
> > ******************************<wbr>******************************<br>
> > *******************<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="">-- <br><div class="m_-4676074232994953597gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>