<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 16, 2017 at 8:37 PM, Adrian Croucher <span dir="ltr"><<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">hi<br>
<br>
When I read the attached gmsh mesh using DMPlexCreateFromFile(), I get the following error:<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message-----------------------<wbr>------------------------------<wbr>---------<br>
[0]PETSC ERROR: Invalid argument<br>
[0]PETSC ERROR: File is not a valid Gmsh file<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.7.4-2811-gfbb304f  GIT Date: <a href="tel:2016-11-09%2016" value="+12016110916" target="_blank">2016-11-09 16</a>:5<br>
2:07 +0300<br>
[0]PETSC ERROR: waiwera on a linux-gnu-c-opt named en-354401 by acro018 Tue Jan 17 11:52:23 201<br>
7<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-x --download-hdf5 --download-netcdf --download-exodusi<br>
i --download-triangle --download-ptscotch --download-chaco --download-hypre --with-debugging=0<br>
COPTFLAGS="-O3 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O3 -march=native -mtune=native" FOPTF<br>
LAGS="-O3 -march=native -mtune=native"<br>
[0]PETSC ERROR: #1 DMPlexCreateGmsh() line 207 in /home/acro018/software/PETSc/c<wbr>ode/src/dm/impl<br>
s/plex/plexgmsh.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 DMPlexCreateGmshFromFile() line 59 in /home/acro018/software/PETSc/c<wbr>ode/src/<br>
dm/impls/plex/plexgmsh.c<br>
[0]PETSC ERROR: #3 DMPlexCreateFromFile() line 1998 in /home/acro018/software/PETSc/c<wbr>ode/src/dm<br>
/impls/plex/plexcreate.c<br>
<br>
This mesh was created using the meshio Python library (<a href="https://github.com/nschloe/meshio" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/nschloe/me<wbr>shio</a>).<br>
<br>
Gmsh itself seems to think it is valid. What is PETSc's problem with it?<br>
<br>
It appears to be complaining about the $EndElements line not matching properly, but it looks ok to me.</blockquote><div><br></div><div>Its a DOS file and has no newline at the end. Thus, when I read $EndElements, it has no termination and you</div><div>can something weird. I put a newline on that line and its fine.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
- Adrian<br>
<br>
-- <br>
Dr Adrian Croucher<br>
Senior Research Fellow<br>
Department of Engineering Science<br>
University of Auckland, New Zealand<br>
email: <a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a><br>
tel: <a href="tel:%2B64%20%280%299%20923%204611" value="+6499234611" target="_blank">+64 (0)9 923 4611</a><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>