<div dir="ltr">I ran with:<div><br></div><div><div>-snes_monitor_residual hdf5:res.h5</div><div>-snes_monitor_solution hdf5:sol.h5</div></div><div><br></div><div>and got h5 files that look OK:</div><div><br></div><div><div>-rw-r--r--  1 markadams  staff   19760 Dec 21 13:46 res.h5</div><div>-rw-r--r--  1 markadams  staff   19760 Dec 21 13:46 sol.h5</div></div><div><br></div><div>but then got this. Am I doing this wrong?</div><div><br></div><div><div>13:46 multi-species *+> ~/Codes/landaufem/Plex$ ~/Codes/petsc/bin/petsc_gen_xdmf.py res.h5</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "/Users/markadams/Codes/petsc/bin/petsc_gen_xdmf.py", line 241, in <module></div><div>    generateXdmf(f)</div><div>  File "/Users/markadams/Codes/petsc/bin/petsc_gen_xdmf.py", line 211, in generateXdmf</div><div>    geom      = h5['geometry']</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2405)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2362)</div><div>  File "/Users/markadams/homebrew/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 160, in __getitem__</div><div>    oid = h5o.open(<a href="http://self.id">self.id</a>, self._e(name), lapl=self._lapl)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2405)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2362)</div><div>  File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5o.c:3456)</div><div>KeyError: "Unable to open object (Object 'geometry' doesn't exist)"</div></div></div>