<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 21, 2016 at 12:56 PM, Mark Adams <span dir="ltr"><<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I ran with:<div><br></div><div><div>-snes_monitor_residual hdf5:res.h5</div><div>-snes_monitor_solution hdf5:sol.h5</div></div><div><br></div><div>and got h5 files that look OK:</div></div></blockquote><div><br></div><div>That will stash vectors in the HDF5 file, but you still need to put in the DM as well</div><div><br></div><div>  -dm_view hdf5:ex1.h5</div><div> -snes_monitor_residual hdf5:ex1.h5::append</div><div><div> -snes_monitor_solution hdf5:ex1.h5::append</div></div><div><br></div><div>    Matt</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>-rw-r--r--  1 markadams  staff   19760 Dec 21 13:46 res.h5</div><div>-rw-r--r--  1 markadams  staff   19760 Dec 21 13:46 sol.h5</div></div><div><br></div><div>but then got this. Am I doing this wrong?</div><div><br></div><div><div>13:46 multi-species *+> ~/Codes/landaufem/Plex$ ~/Codes/petsc/bin/petsc_gen_<wbr>xdmf.py res.h5</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "/Users/markadams/Codes/petsc/<wbr>bin/petsc_gen_xdmf.py", line 241, in <module></div><div>    generateXdmf(f)</div><div>  File "/Users/markadams/Codes/petsc/<wbr>bin/petsc_gen_xdmf.py", line 211, in generateXdmf</div><div>    geom      = h5['geometry']</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.<wbr>wrapper (/Users/travis/build/<wbr>MacPython/h5py-wheels/h5py/<wbr>h5py/_objects.c:2405)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.<wbr>wrapper (/Users/travis/build/<wbr>MacPython/h5py-wheels/h5py/<wbr>h5py/_objects.c:2362)</div><div>  File "/Users/markadams/homebrew/<wbr>lib/python2.7/site-packages/<wbr>h5py/_hl/group.py", line 160, in __getitem__</div><div>    oid = h5o.open(<a href="http://self.id" target="_blank">self.id</a>, self._e(name), lapl=self._lapl)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.<wbr>wrapper (/Users/travis/build/<wbr>MacPython/h5py-wheels/h5py/<wbr>h5py/_objects.c:2405)</div><div>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.<wbr>wrapper (/Users/travis/build/<wbr>MacPython/h5py-wheels/h5py/<wbr>h5py/_objects.c:2362)</div><div>  File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/travis/build/<wbr>MacPython/h5py-wheels/h5py/<wbr>h5py/h5o.c:3456)</div><div>KeyError: "Unable to open object (Object 'geometry' doesn't exist)"</div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>