<div dir="ltr">Please post to <a href="https://lists.01.org/mailman/listinfo/memkind">https://lists.01.org/mailman/listinfo/memkind</a><div><br></div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 31, 2016 at 3:56 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><br><div><br><blockquote type="cite"><div>Begin forwarded message:</div><br><div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif;color:rgba(0,0,0,1.0)"><b>From: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif">Hong Zhang <<a href="mailto:hongzhang@anl.gov" target="_blank">hongzhang@anl.gov</a>><br></span></div><div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif;color:rgba(0,0,0,1.0)"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif"><b>hbw_malloc on KNL</b><br></span></div><div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif;color:rgba(0,0,0,1.0)"><b>Date: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif">August 31, 2016 at 5:00:44 PM CDT<br></span></div><div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif;color:rgba(0,0,0,1.0)"><b>To: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,Helvetica Neue,Helvetica,sans-serif">"Smith, Barry F." <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>>, "Balay, Satish" <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>>, "Schanen, Michel" <<a href="mailto:mschanen@anl.gov" target="_blank">mschanen@anl.gov</a>><br></span></div><br><div>



<div>
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div>Hi all,<br>
<br>
I am experimenting with hbw_malloc() in PETSc. I used it to replace the default malloc() in PETSc. But I got the following error messages on the screen when running my PETSc example:<br>
<br>
map size mismatch; abort<br>
: No such file or directory<br>
<br>
Each process threw out the above message twice. After that, the program continued to run to the end. But it took way more time than expected.<br>
<br>
The good news is, if I call hbw_malloc() to allocate a bit memory, e.g. 1 byte, before PetscInitialize(), the error will disappear and the example runs almost as fast as using the numactl option (which automatically put everything on MCDRAM). Although it works
 somehow, adding a test call to how_malloc() like this is just absurd. I am wondering if you have any clue on why this happens and how to fix it. FYI, I attached the driver for the PETSc example.<br>
<br>
Thanks,<br>
Hong<br>
</div>
</span></font></div>
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div> </div>
</span></font></div>
</div>

</div></blockquote></div></div><br><div style="word-wrap:break-word"><div><blockquote type="cite"><div></div></blockquote></div><br></div><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Jeff Hammond<br><a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a><br><a href="http://jeffhammond.github.io/" target="_blank">http://jeffhammond.github.io/</a></div>
</div>