<div dir="ltr">Well, this did not work as you suspected ... FYI, it seems to work with-debugging=0.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 7, 2016 at 11:13 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
>>>>>>><br>
/bin/sh ./libtool  --tag=CC   --mode=link cc  -no-ipo -g -O0   -o libb64/sc_b64enc libb64/libb64_sc_b64enc-b64enc.o ./src/<a href="http://libsc.la" rel="noreferrer" target="_blank">libsc.la</a> -lgomp<br>
libtool: link: cc -no-ipo -g -O0 -o libb64/sc_b64enc libb64/libb64_sc_b64enc-b64enc.o  ./src/.libs/libsc.a /opt/gcc/5.2.0/snos/lib/../lib64/libgomp.so -lrt -ldl -Wl,-rpath -Wl,/opt/gcc/5.2.0/snos/lib/../lib64 -Wl,-rpath -Wl,/opt/gcc/5.2.0/snos/lib/../lib64<br>
<<<<<<<<br>
<br>
For some reason libtool is converting "-lgomp" into "/opt/gcc/5.2.0/snos/lib/../lib64/libgomp.so" - and giving an ld error.<br>
<br>
On my linux box - I see:<br>
>>>>>>><br>
/bin/sh ./libtool  --tag=CC   --mode=link mpicc  -g3   -o libb64/sc_b64enc libb64/libb64_sc_b64enc-b64enc.o ./src/<a href="http://libsc.la" rel="noreferrer" target="_blank">libsc.la</a> -lgomp -lpthread -lz -lm<br>
libtool: link: mpicc -g3 -o libb64/sc_b64enc libb64/libb64_sc_b64enc-b64enc.o  ./src/.libs/libsc.a -lgomp -lpthread -lz -lm<br>
<<<<<<<br>
<br>
I don't really understand libtool - or this error..<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Satish<br>
<br>
On Thu, 7 Jul 2016, Tobin Isaac wrote:<br>
<br>
> Nope, different error: p4est autotools found an openmp library and tried to link it, but there's a shared/static mismatch.  I'll try to get to the bottom of this.<br>
><br>
><br>
> On July 7, 2016 3:27:23 PM CDT, Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br>
> >I nuked and ran this twice:<br>
> ><br>
> >1013  rm -fr arch-xc30-dbg64-intel<br>
> > 1014  ../arch-xc30-dbg64-intel.py<br>
> > 1015  h<br>
> > 1016  ../arch-xc30-dbg64-intel.py<br>
> ><br>
> >Same error.<br>
> ><br>
> ><br>
> >On Thu, Jul 7, 2016 at 9:36 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> perhaps configure was not rerun - so a stale p4est was being used..<br>
> >><br>
> >> Satish<br>
> >><br>
> >> On Thu, 7 Jul 2016, Tobin Isaac wrote:<br>
> >><br>
> >> > p4est.py automatically pulls from whatever p4est branch I call<br>
> >'petsc'<br>
> >> > in my repo, so I don't see how this problem persists if you really<br>
> >> > nuked it.<br>
> >> ><br>
> >> > - Did you nuke the right directory?<br>
> >> > - Did you send me the right configure.log?<br>
> >> > - Is the new failure the same (the same stale p4est commit is being<br>
> >> >   used)?<br>
> >> ><br>
> >> > On Thu, Jul 07, 2016 at 08:33:57PM +0200, Mark Adams wrote:<br>
> >> > > It sounds like I have not merged your fix.  Should I pull from<br>
> >master?<br>
> >> > ><br>
> >> > > I have nuked this many times.<br>
> >> > ><br>
> >> > > On Thu, Jul 7, 2016 at 4:26 PM, Tobin Isaac <<a href="mailto:tisaac@uchicago.edu">tisaac@uchicago.edu</a>><br>
> >> wrote:<br>
> >> > ><br>
> >> > > ><br>
> >> > > > On Thu, Jul 07, 2016 at 03:16:40PM +0200, Mark Adams wrote:<br>
> >> > > > > p4est on Edison configures in w/o debugging, although I have<br>
> >to run<br>
> >> > > > > configure twice.<br>
> >> > > > > But with debugging it fails.  I can not see any difference<br>
> >between<br>
> >> the<br>
> >> > > > two<br>
> >> > > > > configures other than debugging.<br>
> >> > > > > Mark<br>
> >> > > ><br>
> >> > > > The log shows that you are configuring a p4est commit (3d3e1)<br>
> >that is<br>
> >> > > > before the one I pushed specifically to avoid the fortran<br>
> >> > > > configuration error (f54bb3).  Please clear the git.p4est<br>
> >directory,<br>
> >> > > > and confirm that you are configuring with the current 'petsc'<br>
> >branch<br>
> >> > > > of p4est (`grep 'checking Point version' configure.log` should<br>
> >show<br>
> >> > > > X.XXX-a9f22).<br>
> >> > > ><br>
> >> > > > Cheers,<br>
> >> > > >   Toby<br>
> >> > > ><br>
> >> ><br>
> >><br>
> >><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>