<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,sans-serif">On Wed, Oct 7, 2015 at 2:32 PM, Jed Brown </span><span dir="ltr" style="font-family:arial,sans-serif"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span><span style="font-family:arial,sans-serif"> wrote:</span><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">"Andrs, David" <<a href="mailto:david.andrs@inl.gov">david.andrs@inl.gov</a>> writes:<br>
> ​It looks like it​ when the compiler is invoked from an interpreter (like<br>
> bash or python). If we run clang from the command line directly, it works<br>
> fine.<br>
<br>
</span>From the documentation page, it sounds like<br>
<br>
DYLD_LIBRARY_PATH=x ./foo.py<br>
<br>
will not propagate the variable, but<br>
<br>
DYLD_LIBRARY_PATH=x /usr/bin/python foo.py<br>
<br>
will propagate it because /usr/bin/python is not a script (starting with<br>
#!).  Is this true?<br>
<br>
<br>
How are you invoking the compiler from Python?  (In particular, is<br>
Python calling execve directly or is it passing a command line to a<br>
shell to expand and execute?)<br>
</blockquote></div><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Our binary links against libomp.dylib, but it is not linked with absolute path, thus we need to set DYLD_LIBRARY_PATH. Running the binary from a command line, all is fine, because the environment variable is set.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">If we are trying to build PETSc (and I do not know how you guys are testing that the complier works), it fails, because the build system no longer sees the environment variable, because El Capitan removes that from the environment of the child processes.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">As I said before the fix here is to link libomp.dylib using the absolute path, i.e. we need to do something on our end. It is not a bug in PETSc's build system. I just wanted to give you guys a heads up, because some users might run into a similar issue...</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hope that it is more clear,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">--</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​David​</div><br></div><div class="gmail_extra"><br></div></div>