<div dir="ltr">I cannot reproduce it, even with same configure options on petsc machine:<div><br><div>Configure Options: --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=config.compilerOptions --download-metis --download-openmpich --with-debugging=0 --with-cc=mpicc.openmpi --with-cxx=mpicxx.openmpi --with-fc=mpif90.openmpi --with-mpiexec=mpiexec.openmpi --download-fblaslapack=1 --download-mumps --download-parmetis --download-scalapack --download-elemental --with-cxx-dialect=C++11 --download-cmake PETSC_ARCH=arch-openmpi-o</div><div><br></div><div>Any suggestion?</div><div><br></div><div>Hong<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 2, 2015 at 2:34 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><a href="http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/nightlylogs/archive/2015/03/01/examples_master_arch-linux-pkgs-opt_crank.log" target="_blank">http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/nightlylogs/archive/2015/03/01/examples_master_arch-linux-pkgs-opt_crank.log</a><br>
<br>
******* Testing: testexamples_ELEMENTAL *******<br>
0a1,55<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>
> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>
> [1]PETSC ERROR: C != D<br>
> [1]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
> [1]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.5.3-2131-g5620d6d  GIT Date: 2015-02-28 21:26:35 -0600<br>
> [1]PETSC ERROR: ./ex104 on a arch-linux-pkgs-opt named crank by petsc Sun Mar  1 14:11:43 2015<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 --with-cc=mpicc.openmpi --with-cxx=mpicxx.openmpi --with-fc=mpif90.openmpi --with-mpiexec=mpiexec.openmpi --download-fblaslapack=1 --download-hypre=1 --download-cmake=1 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --download-ptscotch=1 --download-suitesparse=1 --download-triangle=1 --download-superlu=1 --download-superlu_dist=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --download-elemental=1 --with-cxx-dialect=C++11 --download-spai=1 --download-parms=1 --download-moab=1 --download-chaco=1 --download-saws --with-no-output -PETSC_ARCH=arch-linux-pkgs-opt -PETSC_DIR=/sandbox/petsc/petsc.clone<br>
> [1]PETSC ERROR: #1 main() line 67 in /sandbox/petsc/petsc.clone/src/mat/examples/tests/ex104.c<br>
> [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
> [2]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>
> [2]PETSC ERROR: C != D<br>
> [2]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
> [2]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.5.3-2131-g5620d6d  GIT Date: 2015-02-28 21:26:35 -0600<br>
> [2]PETSC ERROR: ./ex104 on a arch-linux-pkgs-opt named crank by petsc Sun Mar  1 14:11:43 2015<br>
> [2]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 --with-cc=mpicc.openmpi --with-cxx=mpicxx.openmpi --with-fc=mpif90.openmpi --with-mpiexec=mpiexec.openmpi --download-fblaslapack=1 --download-hypre=1 --download-cmake=1 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --download-ptscotch=1 --download-suitesparse=1 --download-triangle=1 --download-superlu=1 --download-superlu_dist=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --download-elemental=1 --with-cxx-dialect=C++11 --download-spai=1 --download-parms=1 --download-moab=1 --download-chaco=1 --download-saws --with-no-output -PETSC_ARCH=arch-linux-pkgs-opt -PETSC_DIR=/sandbox/petsc/petsc.clone<br>
> [2]PETSC ERROR: #1 main() line 67 in /sandbox/petsc/petsc.clone/src/mat/examples/tests/ex104.c<br>
> [2]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
> [2]PETSC ERROR: -display 140.221.10.20:0.0<br>
> [2]PETSC ERROR: -malloc_dump<br>
> C != D<br>
> [0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.5.3-2131-g5620d6d  GIT Date: 2015-02-28 21:26:35 -0600<br>
> [0]PETSC ERROR: ./ex104 on a arch-linux-pkgs-opt named crank by petsc Sun Mar  1 14:11:43 2015<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 --with-cc=mpicc.openmpi --with-cxx=mpicxx.openmpi --with-fc=mpif90.openmpi --with-mpiexec=mpiexec.openmpi --download-fblaslapack=1 --download-hypre=1 --download-cmake=1 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --download-ptscotch=1 --download-suitesparse=1 --download-triangle=1 --download-superlu=1 --download-superlu_dist=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --download-elemental=1 --with-cxx-dialect=C++11 --download-spai=1 --download-parms=1 --download-moab=1 --download-chaco=1 --download-saws --with-no-output -PETSC_ARCH=arch-linux-pkgs-opt -PETSC_DIR=/sandbox/petsc/petsc.clone<br>
> [0]PETSC ERROR: #1 main() line 67 in /sandbox/petsc/petsc.clone/src/mat/examples/tests/ex104.c<br>
> [0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
> [0]PETSC ERROR: -display 140.221.10.20:0.0<br>
> [0]PETSC ERROR: -malloc_dump<br>
> [0]PETSC ERROR: -mat_type elemental<br>
> [0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------<br>
> [1]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
> [1]PETSC ERROR: -display 140.221.10.20:0.0<br>
> [1]PETSC ERROR: -malloc_dump<br>
> [1]PETSC ERROR: -mat_type elemental<br>
> [1]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------<br>
> [2]PETSC ERROR: -mat_type elemental<br>
> [2]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> MPI_ABORT was invoked on rank 2 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
> with errorcode 73.<br>
><br>
> NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
> You may or may not see output from other processes, depending on<br>
> exactly when Open MPI kills them.<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> mpiexec.openmpi has exited due to process rank 2 with PID 21714 on<br>
> node crank exiting without calling "finalize". This may<br>
> have caused other processes in the application to be<br>
> terminated by signals sent by mpiexec.openmpi (as reported here).<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> [crank:21711] 2 more processes have sent help message help-mpi-api.txt / mpi-abort<br>
> [crank:21711] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages<br>
/sandbox/petsc/petsc.clone/src/mat/examples/tests<br>
Possible problem with ex104_elemental_2, diffs above<br>
=========================================<br>
6c6,30<br>
<  Test LU Solver<br>
---<br>
> terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error'<br>
>   what():  A was not numerically HPD<br>
><br>
> [crank:21810] *** Process received signal ***<br>
> [crank:21810] Signal: Aborted (6)<br>
> [crank:21810] Signal code:  (-6)<br>
> [crank:21810] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0) [0x2b997a66bcb0]<br>
> [crank:21810] [ 1] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(gsignal+0x35) [0x2b997a8af0d5]<br>
> [crank:21810] [ 2] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(abort+0x17b) [0x2b997a8b283b]<br>
> [crank:21810] [ 3] /nfs/software/linux-ubuntu_precise_amd64/apps/packages/gcc-4.9.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZN9__gnu_cxx27__verbose_terminate_handlerEv+0x175) [0x2b9976a592d5]<br>
> [crank:21810] [ 4] /nfs/software/linux-ubuntu_precise_amd64/apps/packages/gcc-4.9.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x5e336) [0x2b9976a57336]<br>
> [crank:21810] [ 5] /nfs/software/linux-ubuntu_precise_amd64/apps/packages/gcc-4.9.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x5e381) [0x2b9976a57381]<br>
> [crank:21810] [ 6] /nfs/software/linux-ubuntu_precise_amd64/apps/packages/gcc-4.9.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x5e598) [0x2b9976a57598]<br>
> [crank:21810] [ 7] /sandbox/petsc/petsc.clone/arch-linux-pkgs-opt/lib/libEl.so(_ZN2El10LogicErrorIJPKcEEEvDpT_+0xaa) [0x2b9974d9dffa]<br>
> [crank:21810] [ 8] /sandbox/petsc/petsc.clone/arch-linux-pkgs-opt/lib/libEl.so(_ZN2El8CholeskyIdEEvNS_14UpperOrLowerNS12UpperOrLowerERNS_6MatrixIT_EE+0x281) [0x2b997557b391]<br>
> [crank:21810] [ 9] /sandbox/petsc/petsc.clone/arch-linux-pkgs-opt/lib/libEl.so(_ZN2El8cholesky5UVar3IdEEvRNS_18AbstractDistMatrixIT_EE+0x20c) [0x2b997558460c]<br>
> [crank:21810] [10] /sandbox/petsc/petsc.clone/arch-linux-pkgs-opt/lib/libpetsc.so.3.05(+0x56fd37) [0x2b9973546d37]<br>
> [crank:21810] [11] /sandbox/petsc/petsc.clone/arch-linux-pkgs-opt/lib/libpetsc.so.3.05(MatCholeskyFactor+0x230) [0x2b99732a79aa]<br>
> [crank:21810] [12] ./ex145(main+0x24b7) [0x4044ff]<br>
> [crank:21810] [13] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xed) [0x2b997a89a76d]<br>
> [crank:21810] [14] ./ex145() [0x401f59]<br>
> [crank:21810] *** End of error message ***<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> mpiexec.openmpi noticed that process rank 5 with PID 21810 on node crank exited on signal 6 (Aborted).<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
/sandbox/petsc/petsc.clone/src/mat/examples/tests<br>
Possible problem with ex145_2, diffs above<br>
=========================================<br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div>