<div dir="ltr">Thanks this helped. I am now getting METIS errors.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 4, 2014 at 6:30 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ah - didn't check the configure comand closely enough..<br>
<br>
> --with-mpicc=/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/bin/mpicc" target="_blank">5.0.1.035/intel64/bin/mpicc</a><br>
> --with-mpicxx=/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/bin/mpicxx" target="_blank">5.0.1.035/intel64/bin/mpicxx</a><br>
> --with-mpif90=/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/bin/mpif90" target="_blank">5.0.1.035/intel64/bin/mpif90</a><br>
<br>
petsc configure doesn't provide any such options..<br>
<br>
> --with-mpi-lib=/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/lib" target="_blank">5.0.1.035/intel64/lib</a><br>
<br>
This would be the wrong way to provide MPI lib.<br>
<br>
<br>
The correct way to use Intel MPI is:<br>
<br>
--with-cc=mpiipc --with-cxx=mpiicpc --with-fc=mpiifort [i.e no --with-mpi-include or --with-mpi-lib options]<br>
<br>
But as Richard mentioned - the wrappers in intel impi-5 are<br>
broken. Alternative is to use impi-4 as suggested.<br>
<br>
Or something like the following (for compilers/mpi):<br>
<br>
./configure --with-cc=icc --with-fc=ifort --with-cxx=0 --with-mpi-include=/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/include" target="_blank">5.0.1.035/intel64/include</a> --with-mpi-lib="-L/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/lib/release" target="_blank">5.0.1.035/intel64/lib/release</a> -L/global/babbage/nsg/opt/intel/impi/<a href="http://5.0.1.035/intel64/lib" target="_blank">5.0.1.035/intel64/lib</a> -lmpifort -lmpi -lmpigi -ldl -lrt -lpthread"<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Tue, 4 Nov 2014, Richard Mills wrote:<br>
<br>
> Hi Mark,<br>
><br>
> I noticed that you are using the wrong compiler wrappers.  Instead of<br>
> 'mpicc', 'mpif90', and 'mpicxx' (which will invoke GNU compilers), you<br>
> probably want 'mpiicc', 'mpiifort', and 'mpiicpc' (invoke the Intel<br>
> compilers).<br>
><br>
> You will probably also want to unload the IMPI 5.x and load the IMPI 4.1.3<br>
> module right now because of a stupid bug in the compiler wrappers (for<br>
> which I've filed a bug report--will be fixed in next IMPI release, sometime<br>
> before SC14).<br>
><br>
> --Richard<br>
><br>
> On Tue, Nov 4, 2014 at 12:59 PM, Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > Thanks Victor,<br>
> ><br>
> > I am getting cc error.  Any ideas?<br>
> > Mark<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Tue, Nov 4, 2014 at 12:38 PM, Victor Eijkhout <<a href="mailto:eijkhout@tacc.utexas.edu">eijkhout@tacc.utexas.edu</a><br>
> > > wrote:<br>
> ><br>
> >><br>
> >> > On Nov 4, 2014, at 11:32 AM, Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br>
> >> ><br>
> >> > Has anyone built PETSc on KNC (Babbage at NERSC to be specific)?<br>
> >><br>
> >> At TACC under intel 14:<br>
> >><br>
> >> CEE_OPTIONS="-mmic -mkl -fp-model precise"<br>
> >> ./configure --PETSC_ARCH=mic --with-fc=0 --with-debug=0 \<br>
> >>     --with-batch=1 --CPPFLAGS=-mmic \<br>
> >>     --CFLAGS="${CEE_OPTIONS}" --CXXFLAGS="${CEE_OPTIONS}"<br>
> >> --FFLAGS="${CEE_OPTIONS}" \<br>
> >>     --with-mpi=1 --known-mpi-shared-libraries=1 \<br>
> >>         --with-mpi-include=${MPICH_HOME}/mic/include \<br>
> >>         --with-mpi-lib=${MPICH_HOME}/mic/lib \<br>
> >>         --with-mpicc=/opt/apps/intel13/impi/<a href="http://4.1.0.030/intel64/bin/mpicc" target="_blank">4.1.0.030/intel64/bin/mpicc</a> \<br>
> >>         --with-mpicxx=/opt/apps/intel13/impi/<a href="http://4.1.0.030/intel64/bin/mpicxx" target="_blank">4.1.0.030/intel64/bin/mpicxx</a><br>
> >> \<br>
> >>         --with-mpif90=/opt/apps/intel13/impi/<a href="http://4.1.0.030/intel64/bin/mpif90" target="_blank">4.1.0.030/intel64/bin/mpif90</a><br>
> >><br>
> >> That first line is still giving me problems. Just nix the fp-model.<br>
> >><br>
> >> Victor.<br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>